供給側結構性改革，就是從提高供給質量出發，用改革的辦法推進結構調整，矯正要素配置扭曲，擴大有效供給，提高供給結構對需求變化的適應性和靈活性，提高全要素生產率，更好滿足廣大人民羣衆的需要，促進經濟社會持續健康發展。
農業供給側結構性改革有哪些風險?農業的特殊性決定“去庫存、降成本”過程具不可控性，不能低估改革的複雜性，要切實搞好風險應對，做好爲改革付出成本的準備。
● 糧食減產甚至滑坡風險
糧食生產存在自然和市場雙重風險，實行最低收購價和臨時收儲政策，政府託市收購農民糧食，事實上替農民分擔了部分市場風險，這是近年來農民種糧積極性得以調動，糧食不斷增產的重要原因之一。但是，糧食“十二連增”是政策資源累積和透支生產環境基礎上取得的，糧食產能並不穩固，特別是隨着非農就業機會增多和農民收入主渠道變化，糧食供給彈性有所加大，需求剛性特徵隨總人口增長、城鎮化推進等更加明顯，發生產量和價格波動的基礎依然存在。
測算髮現，2009-2013年，玉米臨時收儲價格對種植面積的彈性係數從0.21增加到0.65，這就意味着，玉米臨時收儲政策對穩定種植行爲的效應在遞減，價格變動會帶來更大的生產波動。如果去庫存等結構性改革的力度和節奏把握不好，就可能帶來糧食產量的較大波動甚至多年下滑。
從歷史來看，我們有過不少教訓。1982-1984年，政府連續多年提高糧食收購價格，糧食連續幾年豐收後出現賣糧難問題，價格隨之走低，隨着1985年取消糧食統購改爲合同訂購，糧食種植面積減少6000萬畝，產量大幅減產6.9%，之後連續4年仍未恢復到1984年的產量水平;1998年糧食生產進行第二次結構調整，農民種糧意願下降，1999-2003年全國糧食播種面積和產量持續多年下降。2003年全國糧食產量較1998年減少15.9%，年均遞減3.4%。
● 區域性農民減收風險
近年來，政府持續加大對農業的支援力度，有效避免了糧食增產條件下“穀賤傷農”問題的發生，農民從糧食增產和糧價提升中得到雙重實惠，家庭經營性收入得以持續增長，成爲農民增收的主要引擎之一。爲了解決庫存高企等問題，2015年國家下調玉米臨儲價格，對玉米主產區農民收入帶來一定影響。2015年我國玉米單產785.6斤/畝，臨儲收購價降低0.13元/斤，農民種植玉米平均每畝收入就減少102元，初步估算使實施玉米臨時收儲的東北三省和內蒙古農民共減收251億元。
2016年國家開始按照市場定價、價補分離的原則和保障農民合理收益的要求，將玉米臨時收儲政策調整爲“市場化收購+補貼”，一定程度上有利於穩定農民收益，但在生產成本持續快速上漲和國際農產品價格持續走低的條件下，政府補貼對價格下降造成的減收的替代作用不能過高估計。特別是我國玉米生產和流通組織化程度滯後於市場化進程，小生產與大市場的.矛盾沒有根本緩解，取消政府託市收購後，很可能造成“賣糧難”問題重現。
從歷史上看，在糧食豐收集中上市時，容易出現加工企業不願收購甚至競相壓價的情況。目前我國農民收入在持續多年較快增長後疲態已經顯現，其中作爲增收主引擎的工資性收入受經濟減速影響，增速從“十二五”前兩年超過20%下降至目前的個位數，在這種情況下，如果家庭經營性收入再出現較大幅度減少，部分區域農民收入不排除陷入增長徘徊期的可能。
● 政策效果“漏損”風險
當前我國推進農業供給側結構性改革是在開放的經濟條件下進行的，這要求我們必須以全球視野和戰略眼光來理解並求解農業供給側結構性問題。加入WTO十多年來，我國農業對外開放水平不斷提升，農業發展已經深度融入國際市場，這既爲我們利用國際農業資源和國際農業市場調劑國內農產品供給，減緩農業資源環境壓力，參與全球供應鏈建設提升農業競爭力創造了條件，但同時也帶來國內產業和農民利益保護壓力加大的挑戰。在加入WTO之際，我們爲爭取對製造業、服務業薄弱領域和環節的保護支援，在農業方面作出過高承諾，導致目前在應對國外低價農產品進口衝擊上手段不多，國內農業宏觀調控效果受到影響。
目前我國農產品平均關稅水平只有15.2%，不足世界平均水平的1/4，糧食、食糖、棉花等重要農產品實行關稅配額管理，但配額外關稅最高也只有65%。從農業價格支援政策實踐看，由於關稅門檻過低，國外大量享有補貼的低價農產品涌入國內，打壓了國內農產品市場價格，侵蝕了支農惠農政策效果，這是導致農產品收益率下降的重要原因。2004-2014年，我國三種糧食平均每畝成本利潤率由49.7%下降到11.7%，兩種油料平均由54.6%下降到-0.8%，棉花由30%下降到-30.1%，糖料由11%下降到-7.1%。推進農業供給側結構性改革，如果生產支援、進口管理等政策工具不能形成合力，國外低價農產品衝擊和市場價格波動就可能擾亂國內改革的步伐和節奏，造成政策效果“漏損”。