醫院檔案管理必須適應創新的管理環境、管理系統。管理環境是基礎，管理系統是手段及途徑，只有創新，才能實現醫院檔案管理的現代化，更好地服務於醫療、科研、教學等工作。
管理環境創新
管理環境就像土壤，管理系統就好比樹的枝幹，而服務工作就是樹枝上的枝葉、花朵和果實。沒有好的土壤，長不出茁壯的樹木，也就結不出好的果實。我們應努力爲醫院檔案管理營造良好的管理環境，構建規範的管理體系，提供優質的服務工作。
1.更新觀念，實現管理理念現代化
正確的現代化檔案管理理念對於檔案資源利用和醫院資訊化全局均具有重要的指導意義。檔案事業面臨着電子檔案的出現、資訊技術的應用、新型檔案載體的保管等諸多的挑戰，都亟待檔案工作者不斷學習、不斷創新。以新的觀念去迎接新的挑戰，努力從過去長期封閉、半封閉型向開放型轉變，從過去傳統的手工型向現代化管理型轉變，建立資源優勢、公共文化等檔案管理新理念。
一方面，檔案管理人員必須着眼於現實，不斷創新檔案管理理念，提高自身素質和工作水平，自覺加強檔案資源的存儲、加工、傳遞和共享工作，並且在資源優勢理念的作用下充分發揮檔案資源在管理、創新中的巨大潛能。另一方面，廣大醫務工作者應提高對醫院檔案管理的認識，尤其是資訊科、醫教科、人事科等職能科室的兼職檔案管理人員，要具備一定的檔案管理意識和技能。
2.加強硬件建設，促進管理技術現代化
傳統的檔案手工管理很難適應現代醫院建設發展的需要，應投入必需的基礎設施和辦公設備，實現電子化、自動化管理，發揮現代科技的優勢提高工作質量和效率。根據檔案館室建設標準，配置檔案集中管理所需要的辦公室、閱檔室、庫房，購置工作必備的計算機、複印機、裝具、檔案密集架;解決保護檔案必需的空調、除塵器、消防器材、安全監控器等設備裝置，爲目標管理工作創造物質條件。同時，選擇適合醫院檔案管理的軟件，並在檔案工作人員中開展計算機培訓，以掌握檔案計算機管理運用技術，提高檔案現代化管理水平。
管理系統創新
在爲醫院檔案管理努力營造良好的管理環境的基礎上，還應積極構建規範的管理體系，充分利用現代科技的優勢，用科學發展的眼光來對原有的體系進行完善和改革。
1.引入ISO9000質量管理體系
我國的一些檔案館根據檔案管理國家法律法規及本單位實際，結合ISO9000質量管理體系執行模式，按照ISO八項原則特別是圍繞以顧客爲關注的焦點與持續改進兩個基本原則，明確檔案管理目標，落實科室和個人責任，操作性評比性更強。醫院檔案管理引入全面質量管理體系是完全可行的。檔案室作爲醫院的一個部門，要參與到ISO9000國際質量管理體系的建設中，結合科技事業單位檔案管理的有關檔案、制度，編寫質量體系檔案，融合標準，實現管理程序檔案化，定期接受全院內審和外部評審，使檔案管理逐步走上正規化、科學化、現代化軌道。
2.完善制度，規範管理
建立完善的規章制度，可以減少檔案管理的隨意性，保證檔案管理工作的健康、持續發展。隨着資訊時代的來臨、科學技術的飛速發展，一些檔案管理制度需要進行修改和完善，可將檔案工作的三納入、四同步管理列入規章制度，付諸實施。制訂和完善醫院檔案管理實施辦法等制度;制定電子文檔、零散檔案收集歸檔制度;明確檔案工作職責範圍及專兼職檔案人員崗位責任制;完善醫院檔案的收集、整理、保密、保管、歸檔、利用、鑑定、銷燬、統計、庫房管理、檔案的補充修改等項制度，將檔案管理工作正式納入醫院工作議事日程，全面系統地納入規範化、制度化管理的軌道。
3.創新管理手段，實現檔案網絡化管理
醫院檔案科學化管理，不是各門類檔案簡單集中保管，而是一項實現醫院檔案管理工作規範化、科學化、制度化、現代化的高標準系統工程，是檔案工作人員面臨的新課題。檔案管理的現代化形勢，迫使檔案工作人員要採用系統工程、網絡技術目標管理等科學的管理方法。計算機是現代化管理手段必不可少的工具。用計算機管理醫院檔案方便利用者及時查找、利用和閱讀，節省人力、物力和財力，提高工作效率，又可以減少檔案的.有效佔用空間，儲存資訊方便簡單，也提高了保密工作水平。計算機的儲存量大而且可以編排檔案分類、主題等目錄，檢索系統方便快捷。
服務工作的創新
醫院檔案管理的最終目的就是利用、挖掘其潛在的經濟價值和社會價值，使之轉化爲現實的經濟效益和社會效益。醫院檔案部門必須由被動服務轉變爲主動服務，拓寬服務領域、擴大服務範圍、創新服務方式。透過網絡資訊系統，擴大資訊來源，及時準確的收集和整理各類資訊，注意各種資訊的積累，使醫院檔案內容得到進一步豐富，從而實現醫院檔案管理的資訊化。
1.擴大服務範圍，充分利用檔案資源
醫院檔案部門要充分應用現代科技技術，多渠道、多途徑地開發檔案資訊資源，將檔案管理範圍進一步延伸，讓更多有重要價值的科室檔案納入歸檔範圍，建立檔案資訊網絡，利用網絡環境和設施開展各項網絡檔案資訊服務，進一步擴大服務範圍。在不涉及單位機密、不影響個人隱私前提下，儘量向本單位甚至社會開放更多檔案資料，實現更多檔案資源的共享，讓檔案爲醫院發展服務、爲羣衆需要服務。同時，藉助於錄放機、多媒體電腦技術等手段，可以使檔案資訊在現代化的設備中快捷、準確、方便地再現，使檔案資訊的處理、傳輸獲得積極效果。醫院檔案部門要適應新形勢的要求，適應日益增長的社會需要，擺脫單純的業務觀點，充分利用檔案資源，努力拓展服務領域，多角度、多層次地爲醫院人員、患者及社會公衆服務。
2.創新檔案服務方式，提高檔案利用價值
在檔案工作由傳統向現代的轉型時期，傳統檔案服務方式與現代檔案服務方式之間並非是脫胎換骨，而是相輔相依。在傳統與現代檔案服務方式之間呈現出強烈的互補性，正確處理兩者間的相互關係有益於檔案資源的共享。應根據社會檔案需求發展演變的客觀趨勢，在不斷優化傳統檔案服務方式的基礎上與時俱進地促進檔案服務方式的創新：
檔案資訊加工服務。隨着社會的發展，檔案利用的憑證性需求已不再佔據絕對的主導地位，歷史、經濟等主題性檔案需求日益增長。檔案工作部門可以根據利用者的不同需求，利用自己佔有檔案資源，快速進行檔案資訊加工的能力優勢，有目的地將各類檔案資源予以歸納整理、組合，利用網絡環境，組織網上資訊，爲利用者提供完備、充實的檔案資訊服務。
檔案諮詢服務。檔案部門建立的多種形式的檔案諮詢服務中心、檔案事務所等均屬於檔案諮詢服務的範疇。以網絡化的技術手段支援檔案諮詢服務、提升檔案諮詢服務的水平將是未來的發展方向。
現行檔案閱覽服務。在檔案館建立現行檔案閱覽服務中心是檔案部門極富創新精神、最具時代氣息的服務措施之一，是對傳統檔案館工作範圍的突破，也是今後相當一段時間內檔案部門克服檔案資訊滯後的弱點，推動檔案資源共享的有效途徑之一。
此外，諸如檔案網絡服務、檔案展覽服務、檔案文化休閒服務等服務方式正在不斷涌現。醫院檔案部門，也可在一定範圍內採取有效的措施，挖掘檔案資訊資源，爲全院各項工作主動提供資訊服務，利用檔案積極開展編研工作，爲臨牀、科研、領導決策提供主動服務，收集利用反饋資訊，瞭解檔案資訊發揮作用的情況，總結經驗教訓，提高檔案利用率，以此提高醫院各項工作的效率，提高醫院社會效益和經濟效益。