一、哲學思維與流行病學研究方法
流行病學研究方法主要有觀察法和實驗法。在觀察法中，主要採用描述流行病學研究方法對疾病或健康現象進行描述，揭示疾病或健康現象的三間分佈情況，這種方法體現了哲學認識事物的最初過程。在具體的描述流行病學中，利用已有的資料或特殊調查的資料，按照不同地區、不同時間及不同人羣特徵分組，把疾病或健康狀況的分佈情況如實地展現出來，即疾病的三間分佈。透過仔細分析疾病的三間分佈特徵，分析疾病現象在不同人羣之間的差異並找出導致差異的可能原因，進而在此基礎上提出病因假設，爲分析流行病學研究提供病因線索。從哲學的角度看，首先觀察疾病的流行病學分佈現象，是利用調查或已有資料這一實踐過程，由表及裏、由此及彼，仔細分析現象，在此過程中，我們觀察到的“流行病學現象”並不是偶然的，是由一些本質因素導致該現象的產生，而這個本質因素恰恰就是流行病學工作者苦苦尋找的病因線索。分析流行病學，就是對描述流行病學提出的病因假設進行檢驗。其具體方法也體現出哲學思維，如設立對照組，採用對比的方法透過現象觀察是否存在本質差異，尋找導致差異的原因，這是對描述性研究提出的假設採用檢驗的方法進一步認識的過程。對流行病學分佈現象的描述、觀察、分析、對比的過程體現了哲學思維：即實踐、認識，再實踐，再認識的過程。
二、流行病學病因假設的提出與哲學思維
透過現場流行病學調查，瞭解研究疾病發生或流行的狀況，對收集到的資料歸納、分析、推理，在此基礎上提出病因假設。正確的病因假設應該能合理地解釋發生的疾病現象，同時還能夠對疾病的未來趨勢做出預測，並能指導人們有意識地去驗證。病因假設的提出主要的有兩種方法，一種是直覺思維；另一種是採用富有哲學思維的邏輯方法，主要有歸納法、求同法、求異法、排除法和類比法。病因假設的提出是病因研究中極其重要的一步，這一步與哲學思維的有機結合，可以幫助流行病學工作者在錯綜複雜的線索中準確地尋找病因假設。在實際的研究中，如地方性氟中毒的病因研究中就滲透着哲學思維，體現出哲學思維與流行病學的有機融合。
三、假設證明與哲學思維
判斷假設是否正確需要進行驗證，一般從兩方面着手：一是對假設及其推論進行分析，判斷其內容是否科學，邏輯是否嚴謹，結構是否完整，這是理論檢驗；二是在實際工作中進行驗證，即實踐檢驗。形成假設和驗證假設的過程往往是一個哲學思考和邏輯推理的過程，在這個過程中，應本着實事求是的原則，不斷地去修正假設，甚至推翻原來的假設，建立並繼續驗證新的假設，直至其符合客觀事實。流行病學研究對於病因假設的證明要靈活運用哲學的否定之否定規律，在否定中探求真理，直至對事物形成科學的理解和認識。對於一個原因未明的疾病，可從多個角度提出假設，但是真正的病因是哪一個或哪幾個，則需要驗證。所以在提出假設及驗證的假設的過程中，要經過提出假設，檢驗，否定；再提出假設，再檢驗，再否定……這個過程反覆進行，直至真正地解決這個問題。事實上，這個過程是否定之否定規律這種哲學思維的充分體現。
四、論證研究結果真實性與哲學思維
在流行病學的抽樣研究中，樣本的研究結論是否符合目標人羣，即流行病學研究結果是否是真實的，與客觀實際情況符合程度如何，研究結果是否存在誤差，這是流行病學工作者應該關心的問題。研究結果與客觀實際不符，就稱爲誤差。在醫學研究中，誤差分兩類：一類是抽樣誤差；另一類是偏倚。前者是由隨機因素引起的，是不可避免的，但誤差大小可以精確計算，而且可以採用增大樣本含量的方法來降低誤差。而偏倚是由固定因素造成的，具有方向性，是在流行病學研究整個過程中包括設計階段、資料收集階段、數據分析階段均可能出現的.誤差，它的存在影響着流行病學研究的質量，甚至得出錯誤的結論，流行病學工作者必須採用一些質量控制方法加以控制。所以流行病學研究的結果是否真實，必須加以檢驗。在原因不明疾病病因的論證上，流行病學採用因果推斷的邏輯方法，它包括演繹法和Mill準則，主要有以下病因論證標準：（1）因素與疾病的關聯強度。關聯強度越大，該因素成爲某疾病病因的可能性越大，採用RR或OR值的大小來反映。（2）因素與疾病聯繫的普遍性。即不管什麼人、不管在什麼時間、在什麼人羣做出的研究，結果均應一致。（3）時間順序。就是前因後果的時向關係。（4）因素與疾病分佈一致。即因素的地理分佈應與疾病的地理分佈一致。（5）因子的去除帶來了發病率的下降。反證這個因素與疾病可能存在因果關係。（6）劑量反映關係。如暴露某因素的劑量越大引起該病的危險性越大。（7）特異性。如結核病是由結核桿菌引起的，是一對一的特異。（8）關聯的合理性。主要指符合醫學及生物學知識和原理。從這裏可以看出，這幾條標準充分體現出哲學思維，說明哲學思維已融入了原因不明疾病病因推斷的整個過程之中。實踐是檢驗真理的唯一標準，隨着人們對病因認識的不斷深入，判斷病因的難度越來越大，這給流行病學工作者提出了更高的要求。流行病學病因研究就是因果的判定，而因果關係的判斷原本就是一門深奧的思維科學，所以有人把流行病學說成是醫學中的哲學，實際上就是在流行病學研究中充分運用哲學思維來解決醫學複雜問題。
五、流行病學研究數據分析的哲學思維
事物的本質和客觀規律都是透過各種現象表現出來的。對真理的認識是一個漸進的過程，對流行病學現象的認識也應是由表及裏、由此及彼和深入淺出，從錯綜複雜的現象中總結出事物的內部規律，掌握其本質。對於流行病學研究數據，如何分析，也體現出哲學思維。在分析過程中要學會抓住主要矛盾，應用對立統一規律，分析事物的各種關係，梳理各種變量之間的關係。對於各種指標，要明確結局變量及目標因素，就是應變量和反應變量，同時分析它們之外的一些因素（外部因素）對於它們的影響，也就是說外部因素是否是構成混雜，分析這些因素的存在是否掩蓋或歪曲了研究因素與疾病之間的真實關係。在排除外部因素對目標因素與疾病關係的影響之後，抓住暴露某因素與未暴露某因素這對對立矛盾，隨訪觀察暴露組人羣和非暴露組人羣一段時間，追蹤其各自的結局，比較不同組之間結局的差異，從而判定暴露因素與結局之間有無因果關聯及關聯程度大小，它是一種觀察性研究方法。這種研究之所以能夠得出因果關係，就在於是因在前，果在後，設有對照組，是前瞻性由“因”觀察出現“果”的研究，在排除各種偏性因素的影響之後，就可以下因果結論。所以數據的分析完全體現了哲學上抓住主要矛盾，利用事物既對立又統一的思想，透過現象看本質的過程。從以上幾個方面，我們可以看出：好的流行病學研究實際上是哲學思維的具體應用和體現，完善的流行病學理論也始終有哲學思想如影隨形。所以，在實際中，流行病學工作者應該不斷地培養哲學思維，提高自身哲學素養，自覺地把哲學思維應用到流行病學研究的具體問題中去，應用得越靈活、越合理，越有利於實際問題的解決。