合同管理的任務必須由一定的組織機構和人員來完成。要提高合同管理水平，必須使合同管理工作專門化和專業化，在承包企業和建築工程項目組織中應設立專門的機構和人員負責合同管理工作。
對不同的企業組織和工程項目組織形式，合同管理組織的形式不一樣，通常有如下幾種情況：
1．工程承包企業應設定合同管理部門(科室)，專門負責企業所有工程合同的總體的管理工作。主要包括：
參與投標報價，對招標檔案，對合同條件進行審查和分析；
收集市場和工程資訊；
對工程合同進行總體策劃；
參與合同談判與合同的簽訂，爲報價、合同談判和簽訂提出意見、建議甚至警告；
向工程項目派遣合同管理人員；
對工程項目的合同履行情況進行彙總、分析，對工程項目的進度、成本和質量進行總體計劃和控制；
協調項目各個合同的實施；
處理與業主，與其它方面重大的合同關係；
具體地組織重大的索賠；
對合同實施進行總的指導，分析和診斷。
2．對於大型的工程項目，設立項目的合同管理小組，專門負責與該項目有關的合同管理工作。在美國凱撤公司的施工項目管理組織結構中，將合同管理小組納入施工組織系統中，設立合同經理、合同工程師和合同管理員。
3．對於一般的項目，較小的工程，可設合同管理員。他在項目經理領導下進行施工現場的合同管理工作。而對於處於分包地位，且承擔的工作量不大，工程不復雜的承包商，工地上可不設專門的合同管理人員，而將合同管理的任務分解下達給各職能人員，由項目經理作總體協調。
4．對一些特大型的，合同關係複雜、風險大、爭執多的項目，在國際工程中，有些承包商聘請合同管理專家或將整個工程的合同管理工作(或索賠工作)委託給諮詢公司或管理公司。這樣會大大提高工程合同管理水平和工程經濟效益，但花費也比較高。
