隨着醫院發展規模的壯大和業務的日益複雜，全面預算在統籌醫院各種事項、提高經濟效益進而提高經營管理水平方面發揮着越來越重要的作用。提升醫院經營管理水平，可以透過預算管理來實現。
一、醫院實施全面預算的重要性
全面預算作爲醫院管理者對未來生產經營活動的總體規劃，不僅能夠有效地協調各部門之間的工作，明確責任，而且有助於考覈各部門的經營業績，從而提高醫院的整體管理水平。
1.明確各部門的工作目標和任務。全面預算的過程就是將醫院的總體目標分解、落實到各個部門的過程，從而使各部門都明確自己的工作目標和任務。總體目標只有在各部門的共同努力之下才能得以實現，這樣就可避免各部門忽視總體利益，片面追求部門利益的現象。
2.協調各部門的工作。預算的編制使部門負責人都瞭解到本部門與醫院總體的關係、本部門與其他部門間的關係。在努力實現醫院總體目標的前提下，各部門便能夠自覺地調整好自己的工作，配合其他部門共同完成企業的總體目標，同時部門之間也有了交換意見的基礎。
3.控制各部門的經濟活動。各部門在執行任務過程中，要經常將工作量與預算相對比，隨時發現差異並分析查找原因，儘量使本部門的經濟活動符合預算的要求。因爲預算是企業的整體戰略方案，一經確定就具有執行的權威性，對於沒有預算支援的經濟活動，在決策時應當慎重考慮。
4.考覈各部門的業績。醫院將定期按照預算的要求，對各部門的工作進行考覈，因爲只有當所有部門都按照預算的要求完成自己的任務時，才能實現總體目標。對各部門而言，完不成計劃會影響總體目標的實現，超額完成計劃，同樣也可能造成積壓和浪費而影響整體利益。
二、醫院在實施全面預算管理中出現的問題
全面預算作爲一項重要的管理工具，在幫助管理者進行計劃、執行、控制和考覈績效方面發揮的作用越來越重要。然而，實際中由於醫院實施全面預算管理時理解不夠深入以及缺乏相應的經驗，使得全面預算實施過程中存在不少問題。
1.對全面預算的認識不足。全面預算具有全員性，預算的具體編制應當採用自上而下、自下而上反覆結合的形式。但是在管理層對全面預算的實施比較重視，大部分員工還不是很理解全面預算的內涵，認識較淺，認爲這是管理層的職責所在，與己無關，而且員工在某種程度上存在牴觸情緒。另外，企業對員工缺乏足夠的信任，把預算的具體編制限定在進階管理者之間，從而使得最瞭解企業實際情況的基層工作者被排除在外。這樣做出的預算沒有得到全員的積極參與，有可能是不合理的，進而導致預算管理只是流於形式，浪費了人力、物力、財力，不僅收不到顯着的成效，甚至可能與實際脫節，達不到預算經營的目標，嚴重影響企業的經營水平，阻礙醫院的成長髮展。
2.缺乏有效的全面預算組織。科學合理的全面預算組織是全面預算得以順利實施的重要保障，然而許多醫院沒有建立行之有效的全面預算組織，只把預算管理看作是純財務行爲，把預算的編制和控制交由財務部門負責。但是事實上，醫院全面預算是集業務收入預算、成本費用預算、科研預算、工程投資項目預算、財務預算等於一體的綜合預算體系，包含了業務、財務、資訊、人力資源、管理等多方面內容。而這些部門的基礎預算恰好是財務部門進行彙總預算的資訊來源，並非是財務部門單獨完成和獨立決定的。財務部門只是從財務的角度對其他各部門預算及各項業務預算提供預算制定方法上的支援，並對各種預算進行綜合分析。如果醫院沒有一個科學的`全面預算組織，不僅不能實現預算應有的效果還會給經營帶來不好的影響，甚至降低醫院的經濟利益。