一、公立醫院面臨的新挑戰
（一）健全和改革公立醫院的成本機制
現階段，有很多醫療機構透過藥品銷售、調整醫院各種醫療服務價格以及檢查費用來維持醫院的正常運轉，爲了改變這種現狀，公立醫院對大型機器的檢查費用進行了適度降低，各種藥物的價格差距也有所降低。財政補助政策的完善，控制了公立醫院各項費用的增長，增強了成本的合理性，不斷完善醫院經濟管理的水平，推動了公立醫院科學合理的發展。
（二）公立醫院財務、會計制度的制定及其推行
新的醫院財會制度的建立，推動了醫院財務會計制度的發展。早在2011年，一些城市的公立醫院就已經開始試執行新的財務、會計制度了。2012年，這種新政策正式在全國範圍內的醫院進行了大力推廣。新的醫院財會制度充分展現了公立醫院的公益性，真實準確地反映了公立醫院資產的價值，改進了醫院財務覈算和成本覈算的管理體制，完善了公立醫院的績效考覈制度，對醫院的財務會計科目及財務報告體系的建設都有很大的推動。
（三）醫院績效考覈的建立
績效考覈是公立醫院改革的重點，2012年新醫改中所倡導的公立醫院要對醫務人員實行合理的績效考覈，同時不但要維護公立醫院本身的公益性特點，還要積極地調動公立醫院中每一個醫務人員對醫院工作的積極性，讓其發揮主動性，注重提高醫院人員的專業技術，重心放在提高公立醫院的服務上，推行有事實依據、材料依據的績效考覈制度。綜合考慮了不同崗位工作量的不同，對於不同年資、不同專業、不同職稱的醫務人員推行不一樣的考覈標準，將醫院的工資與實際的工作效率以及所做的貢獻掛鉤。績效考覈的結果將作爲年終獎金、支付酬薪的重要依據，是對那些重要崗位職工和業務骨幹對醫院所做貢獻的肯定。
二、公立醫院經濟管理的發展現狀及其存在的問題
（一）公立醫院預算制度執行不到位，目標模糊
現在很多公立醫院的預算缺乏科學性，主要是爲了達到上級下達的各項指令和實現上級預算撥款的目標，存在諸多不合理的地方；預算管理僅僅是財務部門的管理行爲，沒有上升爲整個醫院全局性的管理；財務預算制度編制的.方法和流程也不科學、不合理、不規範，責任制在公立醫院的預算體系中沒有體現出來，對於制度的執行也缺乏嚴格的剛性要求，執行相對較鬆，基本上只是走形式。這些不科學的方面都沒有使得預算管理髮揮其應有的權威性，對整個醫院的發展當然也就沒有任何促進作用了。
（二）醫院成本覈算有待完善
公立醫院在現階段的成本覈算尚不完全，僅僅是對每個科室的收入及費用進行了簡單核算，將收入、費用數據進行簡單的彙總，並沒有在整個醫療行爲的過程中進行成本的合理科學控制。對於醫療醫技及其他附屬科室的間接費用和成本，諸如醫院醫療輔助科室的費用，醫院的後勤部門、綜合行政部門等發生的各項耗費及其指出如何透過合理的途徑來進行均攤，怎麼進行分配並沒有可以參考的合理建議。
（三）公立醫院績效的分配基本以利潤爲導向
公立醫院目前的成本覈算體系還缺乏系統的制度基礎，醫院的成本覈算還是參照企業成本覈算制度來執行，已經不再適用於現在的市場經濟體系了。新型的成本覈算不僅僅是收入減去成本以及其他支出後再按照比例提成的績效進行分配，更應該參照不同崗位、不同工作量、不同工作效率和績效，實現全方位的績效考覈和分配，以此來提高工作人員工作的積極性，增強對於科技創新的熱情。
（四）在會計覈算中推廣財務資訊化管理
現階段，公立醫院尚未建立一個系統的、規範的綜合財務資訊網，會計資訊的傳遞速度慢，不同部門和工作人員之間的資訊共享程度低，系統之間缺乏統一的劃分標準。現行的資訊化僅僅在一定程度上減輕了人工勞動，真正的財務資訊化是運用計算機和網絡通訊技術等資訊化手段對醫院財務進行管理和控制，藉助現代資訊技術，結合現代管理方式、以醫院價值增值、利潤最大化爲目標，以企業價值成本爲核心。財務資訊化有利於醫院降低運營成本，提高醫院系統之間數據的可比性和參照性，有利於管理者的管理和監督。
三、提升醫院財務管理水平的措施
（一）建立和完善醫院預算管理體系
預算是醫院在一定時期內的總體計劃，是醫院整體發展目標和年度計劃的細化。預算編制可以協調醫院內部資源，使得醫院達到資源最優化配置，並透過預算的分析調整達到利潤最大化。具體預算計劃編制可以參考前年度的具體情況來調整本年度收支的增減因素，對各個科室、部門、項目的具體預算進行細化，然後進行逐級彙總，以此來提高醫院的效率。財務管理部門對董事會透過的年度總預算分解成一系列的指標體系，由財務預算管理層逐級下達各部門執行。醫院每年的預算制度不可隨意調整，對於超出預算的部分要進行嚴格的審批，同時對醫院的各項事業都要做到合理的事前安排，並在事後進行正確的分析，獎懲分明，從而提高公立醫院成本覈算的水平。
（二）改善醫院成本管理體系
成本管理體系不僅僅是預算管理體系的加強，要在儘可能降低成本的基礎上，更加詳細地分析計算考察各個方面成本的具體情況。醫院的部門、科室、服務項目等比較複雜，所以成本覈算管理體系必須詳細開展各個科室的核算工作，對於全過程、各個部門實行完整的控制。每個服務項目的成本覈算都要覈算好患者的住院天數和門診等相關的成本；另外，對於間接成本以及管理相關費用進行分攤，是根據有創收部門的人均創收進行平均分擔的。計算機成本報表系就是利用計算機對財務等數據進行整合，得到的成本管理報表和成本覈算數據對經濟管理層的一些管理分析和重要決策都十分重要。
（三）建立合理科學的績效考評體系
醫院的績效考覈要做到科學合理，就需要考慮不同崗位工作量的差異，需要承擔責任的大小不同，技術、勞動複雜程度，所要承擔的風險、勞動量等各個方面也有一定程度的差異，一些公正的考覈準則至關重要。各個醫院都要秉承着“多勞多得，優勞優得和兼顧公平”的原則，建立相關績效考覈。對於員工收入，要提高那些高能力人才、一線工作人員及高風險崗位的人員收入，拉開分配檔次，以提高員工的積極性和創造性，從而促進醫院的發展。（四）建立組織機構組織機構的功能是實現財務管理部門與經濟管理部門的統一，實現經濟成本和經濟管理的高效統一。公立醫院的組織機構不同於分散的管理小組委員會，應當高度集中，所以醫院經濟管理組織直接歸屬於醫院的管理者（組織形式有經濟辦公室或人力經濟管理小組委員會），組織機構集中各種經濟資訊和決策，各個經濟責任中心負責具體的經濟管理工作，這種高度集中和相對分散相結合的體制和組織結構能實現資訊的溝通共享，使得醫院這個龐大而又複雜的組織協調高效地執行，促進醫院的發展。
（五）建立綜合資訊化管理平臺
醫院的資訊化管理分爲前臺和後臺業務，前臺業務處理是基礎，處理醫生、收費、護理、電子病歷等，透過會計覈算、預算、成本覈算、績效考覈等，後臺運營管理可以對前臺業務進行補充，實現資源共享、數據整合，可以將工作重心轉移到參與經營決策上來。對經濟資訊的綜合管理，大大提高了工作質量、工作效率及領導的決策水平。
（六）提升會計制度
公立醫院的會計制度是以權責發生製爲覈算基礎的雙核心會計模式。實現醫院資產的透明清晰化，解決了固定資產折舊的問題，滿足了預算管理的要求，財務收支更加健全，收支管理更加科學，更加具有實用性。這種雙核心是以財務管理和預算管理爲核心目標，同時體現了預算和財務兩種資訊。會計制度的提升使得整個醫院的報表體系更加完整，公立醫院的報表體系接近於企業的會計報表。總的來說，在新醫改背景下，醫院應對人力資源和財務資源進行現代化管理，運用先進的經驗、理念、策略對工作中遇到的複雜問題的進行簡單化處理，簡化流程處理，在新醫改和新會計制度的促進下，大力提高公立醫院的經濟管理水平。