基本醫療保險是以低水平、廣覆蓋、保基本、多層次、可持續、社會化服務爲基本原則的，是對人身健康醫療保障的具體實施政策。基本醫療保險從最初的城鎮職工基本醫療保障開始，逐步擴大保障範疇，對農村醫療實現保障。
一直來，我國都在不斷完善與擴充基本醫療保險制度。事實上，在基本醫療保險制度中都或多或少的存在一些問題，其中的農村醫療保險也是不例外的。下面就來具體分析一下其中存在的問題以及相關對策。
(一)繳費方式不夠靈活
參加新型農村合作醫療的農民個人繳費實行集中繳費的方式，部分外出打工的農民因錯過繳費期而無法享受翌年的合作醫療待遇。同時，還有一些外地的農民不能及時在遷入地交醫保，這樣在就醫時引起一些麻煩。
(二)報銷手續繁瑣
從票據上報、審批到取款需要很長時間，農民往往需要在指定醫院看病後,返回到用戶所在鄉鎮地審批，審批透過後再返回指定醫院報銷，加大了農民的交通費用開支，尤其是對偏遠地區的`農民更是存在諸多不便。
(三)完善農村醫療保險的對策
醫療保險是社會進步、生產發展的必然結果,反過來,醫療保險制度的建立和完善又進一步促進社會的進步和生產的發展。一方面，醫療保險解除了勞動者的後顧之憂，使其安心工作，從而可以提高勞動生產率、促進生產發展;另一方面，也保證了勞動者的身心健康。爲了調動農民參保的積極性,解決農民看病難、報銷難的現狀，應進一步完善農村醫療保險的基本措施。
(四)加大對鄉鎮衛生醫療機構的資金投入
一是政府應提高對農村醫療衛生事業的重視程度,進一步建立健全對農村公共衛生經費的投入機制，保證農村公共衛生費用不斷增加。政府每年增加的衛生投入要重點支援鄉鎮及村級衛生機構,配備必要的醫療設備，鞏固和完善農村三級預防保健醫療網絡建設。二是政府應積極鼓勵各鄉鎮醫院運用市場調節手段，注意吸引民間資本，採取合資入股、設備租賃等多種方式,改變醫療機構單一公有制的產權機構,進一步提高醫療機構的服務效率和經濟收益。
(五)提高鄉村醫療水平
一是加強對村衛生室的扶植和管理。強化鄉鎮衛生院對村衛生院的行政聯繫，在村衛生所人員的資格確認、管理及專業能力培訓等方面給予鄉鎮衛生院一定權力，這樣既增加了村衛生室對鄉鎮衛生院的向心力，又提高了村衛生室從業人員的專業素質。二是在業務及藥品採購方面應推動村醫療衛生所與鄉鎮衛生院之間的互利合作，以提高農村應對突發事件的能力。三是應加強農村衛生人才隊伍建設。一方面對現有衛生技術人員定期進行業務培訓和交流學習。另一方面有關部門應制定相關政策，積極改善農村醫療衛生條件，吸引大學畢業生或退休專家坐診或尋找對口扶持單位進行交流，從整體上提高農村醫療水平。四是爲鄉鎮衛生室配備必要的醫療設備，並邀請專業人員教授村醫正確使用和維修設備的方法，改變農村衛生所治病缺乏醫療設備的局面。
(六)大力普及各項衛生保健知識
一是在醫保進行初期,開展城鎮居民醫療保險宣傳活動，透過印製“醫保政策管理解答”等宣傳資料，並組織人員將宣傳資料發放到各鄉鎮每家每戶，同時透過在各鄉鎮、集市、交通要道等重要位置懸掛宣傳條幅，力爭居民醫保政策知曉率達到100%。二是在城鄉居民醫療保險宣傳活動期間和活動後期，工作人員向居民講解參加城鄉居民基本醫療保險的新政策和報銷流程，並耐心、細緻地就社區居民提出的相關問題做出解答，讓居民近距離了解城鄉居民醫保新政策，提高大家參保意識。三是定期組織市醫療機構的醫務工作者到鄉鎮衛生院及預防保健站進行宣傳和知識講座，現場解答農民關心的醫療熱點和難點問題，加深廣大農民對衛生常識和保健知識的瞭解。