國家中長期教育改革和發展規劃綱要（2010-2020）是21世紀我國第一個中長期教育發展規劃綱要，涉及面廣，第四部分第十八章要求保障經費投入，第（五十八）條是加強經費管理。堅持依法理財，嚴格執行國家財政資金管理法律制度和財經紀律。建立科學化精細化預算管理機制，科學編制預算，提高預算執行效率。在我國高等教育規模不斷擴大，國家財政性教育經費投入快速增長，並突破了佔GDP的4%的情況下，如何提高教育經費的管理水平，“綱要”提出了更高的要求。預算管理正是財政資金管理的前提和核心。
財政部和國家教育委員會發布的高等學校財務制度指出：高校預算是指高等學校根據事業發展規劃和任務編制的年度財務收支計劃。儘管高校預算管理無論是理論上還是實踐上取得了很大的進步，但仍然存在很多的問題。
（一）對高校預算的本質認識不清。對高校預算的概念，許多專家進行闡述，喬春華認爲：高校預算是指高等學校根據事業發展計劃和任務，依照高校預算管理體制，運用財權配置的方式編制的年度財務收支計劃。但在實際工作中，把預算簡單理解爲有多少錢辦多少事，預算編制的依據不是事業發展的計劃和任務，重心放在支上，對人事關係考慮較多。由於財政資金的性質，編制預算支出是重點，但對預算收入缺少應有的重視。注重預算的過程，即年度財務收支計劃，對編制預算的依據分析不夠，對預算完成的目標評價不足。
（二）編制預算的實力不強。由於受人事編制的限制，加上對預算工作的簡單認識，許多高校只是在財務處下設了一個預算科，預算的編制幾乎全部由預算科來完成，預算配備的人員不足，業務水平也不是很高。許多高校把原來的計劃財務處名稱改爲財務處，正是這種思想的反應。
（三）預算編制的方法簡單，也不夠科學。編制預算收入時，由於未來收入的不確定性，估計的數字較爲保守，甚至有隱匿收入現象。支出的預算對學校的發展和變化考慮不夠充分，一般是以上年度編制的預算或會計報表實際發生數爲依據，採用基數加增量的增量預算法。
（四）預算管理過程不夠完整。多數高校預算的管理僅指預算的編制、執行和決算，在編制預算前缺乏深入的調查分析，決算後缺少對預算編制、執行和決算過程的分析，缺乏對預算執行結果的評價。片面理解高校預算只是財務收支的年度計劃，缺少中長期預算的編制。
對高校預算管理的幾點思考：一是對高校的預算要有一個再認識。高校預算管理的根本目的是提高資源配置的效率以更好地實現人才培養的戰略目標，即將高校預算管理提高到戰略的高度。學校要結合國家教育發展目標，制定自己的發展目標。財政撥款是高校資金來源的主渠道，以在校學生人數爲準來進行撥款，但在整個地方高校辦學經費中的比例呈下降態勢。科研經費收入、校辦實業收入、對外服務收入以及參股控股等對外合作、捐贈等的收入未來應有極大的增長，是高校收入的戰略增長點。編制預算時，除滿足一般支出需要外，要考慮學校事業發展的重點和突破點，重點專業和學科可以投入較多的資金，新的學科和專業建設，需要專家的反覆研究和論證，謹慎地投入資金。高校教育科研事業的發展是一個長期的過程，依據其發展目標和計劃，除了應編制年度收支預算外，還應編制中長期預算，爲高校的長期發展提供資金保障。學校的支出是否合規、合理，主要取決於預算的編制這個大框架，一旦預算編制有問題，在預算執行中才發現，就很被動，所以預算是財務管理的核心，是財務管理的頂層設計，它雖然來源於財務活動的實踐，反過來又極大地影響財務管理活動。
二是提升預算管理機構的獨立性，提高預算管理機構的地位。目前，我國高校普遍以包含預算、會計、收費職能於一體的財務處機構設定形式。有學者提出把以上三個並列設定爲預算處、會計處和資金處的中層管理部門。我們認爲這樣設定可以提高預算的重要性，但由於預算與會計等部門聯繫密切，這樣劃分會削弱它們之間的聯繫，造成溝通上的困難。據瞭解，伯克利大學的學術委員會由學校全體教師組成，學術委員會下設預算委員會，該委員會負責全校人員經費預算的政策制定，委員會成員由主管計劃和預算工作的副校長、行政部門負責人以及院系教授組成。委員會的設定保證了在制定預算時既能反映行政權力的要求，也能反映學校力量的聲音。根據我國的實際情況，我國高校也可以設立一個預算管理委員會，由一名副校長分管，成員包括各行政部門和院系負責人、重大科研項目負責人及學校產業部門負責人組成，作爲學校預算管理的高層機構。強化預算編制的力量，在財務處設立預算科，由財務處的一名副處級人員分管，預算科由兩名負責預算的具體編制工作。學校各行政部門和院系等應由專門的人與預算科建立密切的工作關係，作爲預算科編制預算的具體資訊來源。由此該人員對本部門的收支必須瞭如指掌。這是學校預算管理的基層層次。
三是提高預算編制的水平。預算部門人員要有較強的政策水平，及時瞭解國家和上級預算管理方面的方針政策，透徹理解政策的內涵;預算部門人員還要有一定的理論水平，經常學習新的預算理論，用於指導預算管理的實踐;預算部門人員需要很強的溝通能力，經常到各職能部門瞭解情況，包括各職能部門執行、資金的使用、未來職能部門的變化發展等，科研項目的性質及進展。在編制預算前要做好調查研究工作，調查上年度預算執行情況，分析上年度預算中存在的問題。把基數法、零基預算和流動預算等編制方法結合起來，綜合運用。各種預算編制方法沒有絕對的優缺點，對項目變動不大的項目，可以採用基數法這種簡單高效的方法;零基預算法是以“零”爲起點，來分析判斷並編制預算，雖然工作量大，但對情況變動較大的項目非常有效，可以減少原來不合理的支出，充分考慮新增預算的合理性和必要性，提高資金使用的績效;預算部門人員還要了解學校近期工作目標和中長期的戰略規劃，使預算的.編制能滿足高校中長期的發展需要，這就要求負責預算的領導有着戰略眼光。
四是完善預算管理的職能。即事先調查、預算編制、執行、決算和預算的分析評價，而預算的分析評價又是預算管理工作的重點，關係到預算管理水平的高低，也關係到預算執行結果的好壞。
我們可以做以下一些工作：
1、結合審計，建立預算執行的誠信機制，一旦發現不合規的和不合理的支出，在經濟上和名譽上對其進行懲處;
2、不要迷信預算收支的平衡，其實不平衡纔是預算執行結果的常態，因爲預算一旦下達，財權就給了各職能部門，各部門爲了自己的利益，總是儘可能把錢花完，爲了把預算用完，就會產生不合理的甚至違規的開支。也有預算編制時考慮的情況不足，項目的實際支出超出了原來的估計，造成預算緊張;
3、預算完成後，預算資金有的消耗掉了，有的形成了無形資產（師資水平的提高、人才的培養、專利技術等），有的形成固定資產。有人認爲預算用完了，形成了固定資產，預算任務就完成了，其實固定資產是由預算資金轉化而來，是預算資金的另一種形態，對學校以後的事業發展和預算編制有很大的影響。固定資產是在使用過程中逐步發生損耗，資產價值也隨之減少，如果不計提折舊，就無法掌握高校固定資產的真實價值，也就無法編制高校的中長期預算。另外，計提折舊，就可以糾正目前會計報表上固定資產嚴重虛高的現象。不常用的固定資產可以考慮出租，清理不用的固定資產，增加預算收入，也可以採用租賃方式節約預算資金;
4、預算的分析評價不是決算出來以後才進行，而是貫穿預算管理的全過程，平時就應對預算的執行過程進行監控、分析，發現問題及時糾正，從而保證預算結果符合原來設定的目標;
5、採用比較分析法，能讓我們直觀地發現預算中存在的問題（包括好的、不足的方面）。可以與預算定額比較;可以與本學校歷史數據比較;可以與同類院校比較;甚至可以與學校未來的預定目標進行比較。比較法的優點是，透過差異，讓我們去挖掘出預算中不易發現的、非常規的問題。