目前臨牀學院雖然相應制定了一些教學管理規則制度，但是這些制度存在很多不足，並且這些規章制度在實際的實施操作過程中並不完善，實際實施過程存在一些不規範的做法，給教學管理監控工作帶來了諸多困難。比如在教學監控體系方面、教職員工教學任務完成方面、教師成績考覈方面、職稱評定的標準和範圍方面、教學質量與職稱方面、教學積極性的調動方面、教學事故處理方面等，這些方面都存在着不少教學管理問題，留給教務部許多工作要做。另外，無論是院校的管理理念還是管理方式以及師資隊伍等，都多多少少地存在不足。
臨牀學院實際的教學過程中，教師多是身兼多職，不但要完成教學工作還要完成醫療、科研等工作，這些工作多多少少地都會分散教師的精力，給教師工作帶來很大壓力，所以不少教師在權衡利弊之後，選擇報酬多的工作而倦怠教學工作。造成這個現象的原因很多，比如很多教師根本沒有正確認識到教學工作的重要性，只是片面地認爲教學工作報酬低，工作勞累。無論院校還是醫院對教學工作不夠重視，激勵措施太少，導致教師在教學的意識和慾望上不強烈。另外，目前多數高校已經突破了教育部設定的“黃牌”底線（1∶22），擴招造成的生源多樣化給現有的師資隊伍帶來壓力，使許多老師身心疲憊，難以招架。
臨牀學院教學管理工作方法實施：
1改善教學方法，提高教學質量。教學方法是教學之根本，好的方法是做好臨牀教學工作的重點。改變原有教學方法，實行學生主動參與爲主的方法，改革教學、實習教學、模擬教學等，在教學中除強調學生紮實的基礎知識之外，更要強調學生隨機應變和評判、決策、解決能力。在實際教學的師生配比方面，儘量滿足“質量”的要求，實行定人帶教，讓學生跟隨導師再實際操作中學習知識。另外“走出去學和請進來教”是目前臨牀教學工作中比較有效的一種教學方法。讓學生走出去，在學生掌握足夠基礎知識的'前提下，由導師帶領，走出校門進入醫院。亦可將醫院經驗豐富的醫師請入學生課堂，或者透過網絡與國內外先進機構交流，吸收經驗，因人而異地制定教學模式。
2嚴格管理，確保管理質量標準。醫學院與其他院校相比，在管理上有自己的特點，分級管理是醫學生管理的重要模式和手段。一般採取院校、醫院、科室這種三級管理是目前較爲有效的方法，加強醫學生教育，從嚴管理，獎罰分明。在平時教學中培養醫學生的自律和自我約束能力，在實習中，嚴格要求醫學生遵守規章制度。各科室認真對待，嚴格依據制度管理，把各項工作落實到位。
3加強教師隊伍培養、建設。在以往的醫學院校的教學中，每名教師帶領的學生數量有限，使學生能夠有足夠的時間嚮導師學習，但是隨着最近幾年一些年高校不斷擴招，生源擴大，學生的數量明顯增多，造成很多臨牀學院教師隊伍不足以滿足學生增長的速度，使教師隊伍參差不齊。爲了滿足專業增多和學生增多對教師的要求，學院師資隊伍建設一定要加快，在加快的同時提高師資隊伍的質量。學院結合醫院共同對教師隊伍進行在職培訓，使教師快速轉變角色，提高教學認識和教學能力。對不同年齡段和不同經驗水平的教師進行分開培訓，以老帶青，啓發教師的授課藝術性和實用性。
4做好教學督導工作，嚴格考評工作管理。聘請一批資深的老教授和老專家組織成立精幹的教學督導組，專門針對教師的各種問題進行督導，嚴格分工，明確職責，積極開展各項教學管理工作，制定並實施完善的教學質量評價體系，形成配套的教學資訊反饋監控體系。定期召開教研、教學管理會議，要求嚴格、嚴肅地對待考試工作及評分標準，教務處嚴格要求把試卷的質量統一統計，對於不同層次的試卷分批處理，對不符合要求的試卷責令相關部門立即修改，從而實現考務工作的良性發展。