一、事業單位預算管理存在的問題
（一）預算編制方面存在的問題
認爲編制預算是財務部門的事，與領導無關。如我院今年召開預算佈置大會，要求分管財務的領導、會計主管、預算編制相關人員參加，可是有個別單位僅僅是會計主管參加，所以有個別單位到預算彙總也不知道自己的上繳收入應是多少。
（二）預算執行的問題
1．由於預算批覆慢，預算批覆的時間與實際工作不相適應，影響正常工作開展。項目任務書籤署時間較晚，造成執行進度較慢。例如農技推廣與體系建設專項經費項目2012年7月的應執行進度爲51.99%，實際執行進度爲16.64%，執行慢的最根本原因就是，該項目任務書籤署時間爲2012年4月，簽署時間較晚，造成執行進度較慢。
2．由於做農業科研受氣候季節的影響較大，進而影響了預算執行進度。首先，由於一些熱帶植物的研究，季節性非常明顯，受氣候影響較大，如1到3月份橡膠樹尚未開始割膠，相關實驗和科學研究也就無法開展下去，影響了項目執行進度。其次，海南陰雨天氣偏多，很多涉及大田的.項目都無法按正常進度執行，致使項目執行起來進度緩慢。
3．內部財務管理制度不健全。事業單位內部財務管理制度主要包括內部財務管理體系、財會人員崗位責任制度、內部牽制稽覈制度、收支審批制度和資產管理制度等。而有的事業單位不重視內部控制制度的建立健全工作，或者尚未設立上述制度，或者是雖然制定了內部財務管理制度但並不規範，一直沿用許多年前制定的制度沒有更新沒有完善過，難以適應當前形勢下事業單位財務管理的需要。當然，有些單位建立了一整套管理制度，相對比較健全，但執行起來卻差強人意，往往只是爲了應付上級檢查、考覈工作業績的需要，這就使得在預算管理的執行方面也力度不足，影響了預算執行效率和效果。
4．編制預算之時不嚴謹、前期調研取證的時間短，編制的質量不高，預算批覆與實際工作差距太大，無法按預算執行。
5．有些項目負責人對預算認識不正確。在申報項目前期，按照預算的要求做了大量細緻的工作，嚴格依據程序和規範申報，然而，一旦項目申請到了，項目負責人及相關工作人員就將之置之腦後，真正執行起來就缺乏了當初申請項目時的嚴謹性，認爲錢是他申請來的，想怎麼花就怎麼花，想什麼時候花就什麼時候花，缺乏了通盤考慮和統籌安排。這影響了預算的有序進行，還導致科研經費的不規範使用。
6．有些單位領導是以申請到更多的經費爲目的，不是以部門預算作爲指揮棒，全面考慮下一年度的工作，使得經費申請下來並不能按預算執行進度進行。
二、改進預算管理的建議
（一）要科學編制部門預算
要做到科學編制，必須做到全員參與，把單位第二年要做的大事都考慮周全，不能盲目申請經費。要讓全體人員提高對部門編制預算的認識，作爲單位領導層應認真學習《預算法》、《會計法》，要組織學習我院出臺的有關預算方面的檔案，使全院上下都認識到部門預算的嚴肅性，使各部門要相互協調，促進預算工作的順利開展。同時，近年來公衆對事業單位的財務資訊公開顯得越來越迫切，因此，既要做到科學編制還要滿足預算的公開。
（二）完善預算執行的管理控制
預算執行是整個預算管理工作的中心環節。如果預算不能落到實處，那麼即便它編制的再好，也不能取得應有的效果。因此預算經上級批覆後，單位必須嚴格按照預算批覆執行。第一，要建立嚴格的經費開支審批制度和經費開支報銷程序，以確保預算資金使用的安全性、合理性以及有效性。第二，要完善單位內部控制機制，充分利用不相容職務分離控制、會計系統控制等方法對預算執行過程進行自我檢查、制約和調整，保障預算得以良好實施。第三，要積極推進預算執行的資訊化管理，透過網絡科技對預算資訊進行快速反饋並及時糾正預算執行偏差，促使預算順利完成。第四，要對資金的使用效益進行考覈。
（三）加大預算監督力度
預算監督事項包括預算執行的進度以及使用經費的合理性。財務部門每個季度要對每個大項目的執行率按照排名先後進行公開公示，對於預算執行處於末位的項目，要公佈該項目的負責人、成員、以及執行率低的原因；要加大審計監督力度，從對預算編制的監督、對預算執行的監督和對財務決算的監督三個方面對預算進行監督管理，做到事前、事中、事後有機結合，力爭將問題消滅在萌芽狀態。總之，預算監督不到位，在單位預算執行上沒有起到促進作用，會影響預算管理的效果。因此，要充分發揮內部審計的職能，讓本單位的審計部門一起參與到資金使用活動過程中來，利用內部審計對預算執行過程進行監督控制。