事業單位在中國是地位比較特殊的部門和單位，一方面代表政府承擔社會公共事務的管理、監督和服務職能，另一方面在很多領域也直接或間接地參與經濟建設。事業單位財務管理的目標主要是執行國家有關財經法規，厲行節約，量入爲出，降低行政事業成本，提高資金使用效益。
從2000年開始預算管理制度改革，事業單位預算作爲當前國家預算或地方政府預算的基本組成部分，深受政府預算管理體制的影響和制約，又由於事業單位不同於政府部門，從而形成了獨特的預算管理髮展路徑。其預算編制是否能夠達到統籌安排預算資金，以保障單位正常運轉，定期編制財務報告，如實反映行政事業單位預算執行情況，並進行財務活動分析，以促進其財務管理建立、健全內部財務管理制度，對單位經濟活動進行財務控制和監督。
由於目前預算各項改革都還處於起步階段，制度上尚不完善，加上受舊的慣性思維與習慣做法的影響，在預算執行的過程中，仍然存在着不科學、不規範的問題。
一、現行預算管理體制存在的問題
(一)預算編制時間晚
事業單位的預算，財政部門要求上年年末編制第二年的部門預算，也就是在上年的9月或10月纔開始編制下一年度預算，而且整個預算編制過程只有1—2個月時間，由此造成了下年年初單位預算批覆尚未下達，使得年初幾個月根本沒有預算可以執行。由於年初處於無預算狀態，許多資金只能夠參照上年度支出水平進行控制，缺乏應有的科學性，造成與事業的發展不同步。
(二)預算編制人員缺乏全局性，預算編制粗糙
預算編制人員在編制年度預算前，對全年工作缺乏充分的預測與詳細的規劃，編制的預算先天不足，再加上年度中間開展計劃外工作或上新項目時不考慮年初經費預算，致使年初預算失去了應有的約束力，更無什麼嚴密性可言，導致年度中間預算追加頻繁，使單位在很多時候面臨較大的資金壓力。
(三)項目預算編制不細
在編制項目預算時，有業務項目名稱，但無相應的預算經濟指標列支內容。致使在預算執行過程中缺乏相應的監控依據，一些項目經費成了預算單位調控預算經費的蓄水池，普遍存在擠佔項目預算補充經費預算的情況;同時預算編制的簡單粗糙和不確定性，給預算的審覈批准、預算的執行、預算的監督、預算業績考覈等帶來了很大的困難。
(四)無預算編制機構，人員不專業
編制預算的機構設定過於簡單，缺乏專業的預算人員，事業單位預算編制人員主要就是單位會計和出納，由於財務人員缺少對全局工作的把控，導致主觀理解在預算編制過程中佔據了主導地位，往往是按照往年的標準稍做修改，不考慮單位當年的日常收支活動，只是空有其表，行政事業單位的領導對預算管理也沒有給予足夠的重視，制約着單位預算工作質量的提高。
(五)預算管理缺乏有效的監督機制
對事業單位經費支出管理與效益考覈缺乏行之有效的監督機制。從目前事業單位整體上來看，支出預算分配模式及管理體制仍停留在粗放型水平，管理體制尚未理順，由此在支出管理上與監督考覈方面缺乏強有力的控制與行之有效的約束機制和激勵機制。
二、部門預算編制工作的幾點建議
(一)加強認識，轉變觀念
一方面要認識到實行財務預算管理是單位建立自我約束，自我控制，自我發展的良好機制的'有效辦法，能優化資源配置，強化單位管理，提高單位行政、辦事效益。另一方面要認識到預算管理不僅僅是財務部門的工作，儘管預算最終表現爲財務預算，但部門預算的基礎牽扯到業務、項目、財務、管理、人力資源等各方面，是整個系統或單位內部各項資源的最優整合，它的戰略性和系統性要求各職能部門共同參與，它是一個系統工程。同時，增強預算法制觀念，強化預算約束，實現預算管理的科學化、法制化是全面貫徹《預算法》的要求。
(二)提高預算編制時間、編制方法的科學性
事業單位的預算編制應該是一個嚴謹、認真的過程。財政部門應該設定充足的時間來編制預算。預算編制是個系統工程，是集業務、資金、費用等預算於一體的綜合性預算體系，它既要掌握單位本身方方面面的情況，又要考慮系統、行業狀況;既要着眼於年度需求，又要考慮歷史，預測未來;既要滿足單位業務發展需要，還要考慮國家財力;既要講求局部效果，還要考慮社會整體效益等等。這其中包含着調查研究、綜合分析、項目論證、目標預測、協調平衡等大量工作，充足合理的時間安排是其基本要求。
(三)完善部門預算績效考評制度
對事業單位資金使用效益，尤其是項目資金使用效益，建立考覈評價機制。效益評價應對項目實施的全過程進行綜合評審。對預算的執行過程和完成結果實行全面的追蹤問效，不斷提高預算資金的使用效益。在項目申報階段，在部門評審的基礎上，不斷擴大財政委託評審的範圍，以保障項目確實必需、可行;在項目執行階段，要對項目進程和資金使用情況進行監督，對階段性成果進行考覈評價;在項目完成階段，項目單位要及時組織驗收和總結;財政部門定期或專項考覈，並將績效考評結果記入項目庫，作爲以後年度安排立項的參考，實現對資金使用全過程的追蹤問效管理，促使預算資金真正從“重分配”向“重管理”轉變。
(四)加強預算執行管理，健全監督機制
應加強財務制度的建設，加強預算的執行與監督資金使用的管理，提高資金績效性和安全性。依據國家相關政策制定和完善單位預算管理的辦法、制度以及專項經費的管理辦法，完善內控機制，努力從機制、制度上預防各類違反財經法規問題的產生，保證資金使用有章可循、有制可依。單位預算經上級單位批覆後，嚴格按照預算批覆執行，並對預算執行情況進行監督是深化預算管理的關鍵。單位必須制定相應的內部制約監督機制和專項經費的預算審覈及財務審計制度，只有這樣才能對資金使用過程進行監督，讓單位監察、審計、業務等主辦部門參與到資金使用監督過程中來，對資金使用的各個環節進行全方位、多角度的監督。
加強事業單位的預算管理是一項系統工程，它必須以合理、完善的預算爲基礎，以多項配套措施爲依託，採取內部控制與外部控制相結合的多種監督管理手段，對整個預算過程實行全方位的控制。隨着部門預算制度、國庫集中收付制度與政府採購制度的全面推廣與日益完善，事業單位預算管理必將得到進一步規範和完善。