1.目前影響我國交叉學科發展的障礙
在我國嚴峻的學科割據形勢下，科研人員的學科觀念單一，他們研究內容往往只涉及到單一學科或者學科方向，且各學科都只在本學科領域內開展研究；而以院（系）爲單位考覈和評價機制，也使得其學科交叉意識比較淡薄，影響了學科之間的互動交流。同時，學科帶頭人在超越本學科的戰略思維、交叉學科的拓展和綜合能力上受到各種限制，從某種程度上也阻礙了交叉學科的深遠發展。在交叉學科研究的能力上，科研人員應同時在兩個或以上專業領域均具有較深厚的學識功底，這是我國傳統的學科培養模式所不及的。
2.借鑑國內外發展經驗，加強交叉學科建設的建議
2.1切入點：改革學科分類機制，制定利於交叉學科發展的政策法規
目前國家已在學科建設上積極探索，如2009年，國務院學位辦已允許有條件的高校可按一級學科學位授權權限，在二級學科目錄內，開設具有交叉學科特徵的專業。下一步應加快促進學科門類的設定和調整辦法改革，建立規定性與自主性相結合、相對穩定和動態調整相結合的管理機制。可儘快在學科專業目錄的12個學科門類下，增加“交叉學科”這一學科門類，以給交叉學科提供更大發展機遇，推動交叉學科的蓬勃發展。
2.2前提：轉變傳統觀念，形成學科交叉共識
根據現有學科情況，高校可透過多種形式和渠道，營造良好的學科交叉的學術環境和氛圍。如開展交叉學科研討會、學術交流會等，透過牽線搭橋，促進學術層之間的溝通與碰撞，形成學科交叉共識，發展創新性思維，爲培育不同學科間交叉融合提供有力的思想基礎。如麻省理工學院設定多種促進學科融合的品牌活動項目，如實驗性小組學習和跨學科非常規學術活動，活動人員由不同學術背景的專家教授及不同學科的學生組成，透過開展試驗性討論班、獨立研究計劃、進階計劃和研究會等，來促進交叉學科環境下的教與學，推動跨學科的學術交流，深入開展交叉學科的融合和實踐。
2.3關鍵：加強交叉學科組織管理，組建靈活高效的交叉學科團隊
爲了更好的推動和促進交叉學科的組織管理，高校可以制定適合本校的交叉學科發展規劃戰略和平臺建設方案，組建專門的交叉學科管理機構，並積極開展促進交叉學科長遠建設的.理論研究。如北京大學醫學部在2008年就專門成立了交叉學科管理小組，依託醫學部科研處專門負責交叉學科的發展規劃和組織管理。同時，可積極借鑑國內外高校交叉學科實踐經驗，並結合我國國情，搭建不同層次、不同形式的前沿學科交叉領域的平臺，如高校交叉學科研究中心。據此，高校跨學科研究中心可以項目爲依託，以技術滲透爲前提，以科研攻關爲任務，在宏觀管理上要結合我國現有實際，處理好交叉學科平臺、院系和研究人員三者之間的關係。中心內研究人員可具有相對流動性，其在編制上可隸屬於原學科院系，而在中心只負責交叉學科的科研創造；而中心內工作人員具有相對固定性，負責設施維護和後勤服務管理等工作，以此促進人員合理流動和資源優化配置，形成良性競爭激勵機制。在高校交叉學科平臺內可以以導師負責製爲管理組織模式，充分發揮學科帶頭人的作用，加強交叉學科建設。在平臺內部，不同學科研究人員要本着相互信任和理解的原則展開長期的磨合與合作。同時，培育高層次、複合型、創新型人才是交叉學科團隊的核心。
2.4保障：合理優化資源配置，建立充分的學術保障體系
應合理優化資源配置，要創造鼓勵創新、允許失敗的創新環境，組織高校各方面力量，在政策和人員、空間、設備、經費等多方面給予交叉學科重點的投入和保障，進一步形成高校科研優勢。在資金保障上，國家可以組織自然科學基金和社會科學基金的協同合作，劃撥部分資金用於交叉學科課題的資助。因此，在構築交叉學科研究平臺基礎上，高校可設立交叉學科研究項目，劃撥交叉學科專項經費，保證資源的合理、有效到位，以較好地實現各要素間的優化配置，並使各要素間得以和諧發展。同時，高校可採取多方籌資的方式，充分利用社會資本參與交叉學科的建設。可與企業開展戰略合作，形成多元化的科研發展專用資金；積極搭建產學研平臺，促進學科成果的轉化，構建雙向促進的學科與產業發展模式。