一、我國現行主要稅種中存在的
１．增值稅。２０世紀９０年代初期，我國商品供不應求、投資膨脹、經濟過熱，國家一方面出於保證財政收入的需要，另一方面考慮到抑制投資膨脹，因此在稅制改革中選擇實行生產型增值稅。生產型增值稅只允許扣除購入的原材料等所含的稅金，不允許扣除外購固定資產所含的稅金。
隨着我國經濟的發展，生產型增值稅日益暴露其弊端，主要體現在：①不利於基礎產業和高新技術產業的發展。由於多數基礎產業和高新技術產業資金成本中的長期資本投入的費用所佔比重較大，實行生產型增值稅，外購的資本品所負擔的增值稅不得抵扣，這是對資本品的重複計徵，因而這部分產業的稅負必然較重。②與我國西部開發戰略不適應。西部地區在相當長的時期內具有重優勢，以國有大中型企業爲主，購進固定資產比重較大，因此西部經濟在企業資本積累與技術進步方面受生產型增值稅的負面影響要大於以輕工業爲主的東部經濟。由於對農產品、運費等採取１０％的扣除率，使得那些購進抵扣稅率低的、以農產品爲原料的企業以及運費比重大的企業的增值稅稅負偏高，導致以農產品初級加工和資源開發爲主的西部地區的增值稅稅負明顯高於東部地區。稅負的不平衡拉大了西部地區與東部沿海地區的差距。
２．企業所得稅。目前的企業所得稅不利於西部經濟的發展。首先，內資企業所得稅實行３３％的基本稅率和１８％、２７％的兩檔照顧稅率。所謂照顧稅率，主要是照顧應稅額較少的中小企業的稅率。由於西部地區以國有大中型企業爲主，應稅額較高，應稅額較少的鄉鎮企業及私營企業所佔比例較少，而東部地區應稅額較少的中小企業和鄉鎮企業居多，此規定在客觀上更有利於東部地區。其次，改革開放初期，爲了吸引外資，內資企業與外資企業實行兩套不同的所得稅制，外資企業所得稅稅率爲１５％，比內資企業享受着更多的優惠待遇。具體表現在：①應納稅所得額的確定標準不同。內外資企業資產的稅務處理、稅前費用扣除標準等方面不同，外資企業稅負較輕。②外資企業在享受稅收優惠待遇的廣度和深度方面比內資企業優越。外資企業享受減免稅優惠條件的行業多、範圍廣，執行１５％的稅率，享受的優惠稅率低；外資企業享受再投資退稅等優惠，這導致內外資企業稅負的不公平，不利於兩者之間的公平競爭。而外資企業主要集中於東部地區，在１９８５年至１９９５年的１０年間，我國實際利用外資的總額，東部沿海地區佔到８７．３％，西部地區只佔４．２％。上述原因客觀上造成內地與沿海的稅負差距越來越大，不利於地區間公平競爭，不利於西部不發達地區經濟的發展。
３．資源稅。我國西部蘊藏着豐富的礦產資源和動植物資源，有效地利用好這些資源是西部大開發的重要使命。以往我國的國民經濟建設承擔了很高的生態機會成本。由於環境惡化，目前我國水土流失面積已超過國土總面積的１／３，沙化土地約佔國土總面積的１／６。而西部地區原本脆弱的生態環境在開發程度並不高的情況下水土流失更爲嚴重。大部分省區的水土流失程度高於全國平均水平。西部地區的經濟增長，一方面依賴於對資源的開發，另一方面與這種較低層次的資源開發相伴的是較高的生態成本，它對西部地區生態環境的惡化起到了推波助瀾的作用。由於生態環境的退化，勢必對經濟基礎構成威脅，加之生態環境退化產生的破壞力外溢問題，因此西部大開發必須將生態安全體系的建設列爲首要目標，在此前提下，制定有利於保護生態環境的稅收政策。
二、深化稅種改革，促進西部開發
１．增值稅。①進一步完善稅收制度，實現生產型增值稅向消費型增值稅的轉型。消費型增值稅是所有外購項目（包括原材料、固定資產在內）所含稅金都允許扣除。其最大的優點是可以避免重複徵稅，鼓勵進行固定資產投資，使整個增值稅的抵扣鏈條更完整和統一，有利於增值稅徵收管理的簡便高效。②轉換增值稅類型。首先實行較窄範圍的消費稅稅基，然後再過渡到純粹的消費稅稅基。在西部地區進行“消費型”增值稅試點，推行有限制的或定向的“消費型”增值稅。西部地區的.主導產業是資源導向型，需要較先進的設備和專業技術。實行消費型增值稅可以從中得到更多的稅收抵扣，有利於推動產業建設。然後，將消費型增值稅全面推開，對當年新增生產性固定資產價值內所含稅額，本着“存量不扣、增量慢慢扣”的原則按一定比例進行抵扣，不提高稅率，使財政逐步適應消費型增值稅的執行。固定資產的“存量不予抵扣”，以保證財政收入的基數。“增量慢慢扣”是指對實施當年納稅人購入固定資產支付的增值稅稅額按一定比例抵扣，以後逐年提高抵扣的比例，數年後達到全額抵扣，完成轉型。