近年來，審計部門陸續開展了土地整改、土地出讓金、標準農田建設、政府存量土地等方面的審計，雖然也取得了一些成效，但就績效評價而言，還存有許多不到位的地方，制約了對土地資源項目審計的績效評價，因此，需採用一系列指標對審計範圍內的項目績效進行評價。
一、相關性評價
是指項目立項時和績效審計評價時的項目目標與國內政策與當實際需求的相關性。主要檢視政策與國家產業發展規劃、地方政府發展規劃的符合程度是否緊密，與當地社會經濟發展實際需求是否相適應等;檢視徵地用地是否符合土地利用總體規劃、年度計劃並遵守相關審批制度;相看劃撥、出讓和轉讓土地使用權是否合法合規得出相關性評價。主要包含兩方面內容。一是與國家政策的相關性，就將項目目標與實施內容與當時國家發展規劃中土地資源發展政策的相關內容進行對比，得出相關程度。包括國家土地資源發展規劃的相關性和國家部門政策的相關性。二是與地方政府土地資源規劃的相關性，就是項目目標與實施內容與當時地方政府土地資源規劃和和政策的相符程度，評價項目在地方發展規劃和政策中的優先程度、是否由地方政府部門發起等內容進行對比，得出相關程度。
二、效率性評價
效率性是項目執行的效率，即對一個項目的一定的資源投入，力爭取得最大的產出。落實到具體指標上，評價土地資源項目效率性通常包含以下指標：
1.徵地環節常用評價指標。(1)徵地率，即已徵建設用地面積/已批建設用地面積。(2)徵用土地的週期率，指項目單位完成土地徵用工作的時間效率。評價目標是分析徵用土地效率性。即項目實際徵用土地週期/計劃徵用土地週期。(3)土地徵用移民週期率，指完成土地徵用涉及移遷工作的時間效率，主要分析移民動遷的效率性。即項目移民動遷週期率/計劃移民週期率。
2.土地儲備及供地常用評價指標。旨在利用相關指標與國家標準、上級區域控制指標或同類區域指標對比，評價政府職能部門節約集約利用土地和調控土地市場的能力，經營存量土地的能力以及土地出讓的合規合法性等。主要涉及到以下常用評價指標：(1)土地儲備規模、土地儲備計劃完成率(實際儲備土地面積/年度計劃儲備土地規模)。(2)土地供地率(已供建設用地面積/已批建設用地面積)。(3)土地招拍掛率(公開出讓土地面積/出讓土地總面積)。(4)被徵地農民參保率(已參保人數/被徵地農民總數)。(5)土地閒置率，(閒置建設用地面積/出讓建設用地面積)。(6)閒置土地處置率(已處置閒置土地面積/閒置土地總面積)。
3.土地利用評價指標。土地利用是人類爲經濟和社會目的，透過各種使用活動對土地長期或週期性的經營，土地利用分爲農用地、建設用地和未利用地。可選用的評價指標包括農業土地利用率(已利用的農業土地面積/農用地總面積)、耕地佔用率(耕地面積 /已利用農用地面積)、耕地拋荒率(未利用耕地/耕地總面積)、糧食播種率(糧食播種面積/農作物種植面積)、土地流轉率(土地流轉面積/農村承包經營總面積)等。
三、效果性評價
指土地資源項目投入轉化爲結果的能力，是從投入既定的情況下，如獲得最大產出、最好效果和影響來衡量績效。主要包括以下評價。
1.項目預期效果評價。依據批准的項目和評估報告確定的建設目標內容設定，與完成情況對比分析。可選用指土地資源開發項目完成率(已完成開發項目個數/計劃開發項目個數)、土地資源開發面積完成率(已開發土地面積/計劃開發土地面積)、項目完成及時性(實際開發時間/計劃實施時間)、項目完成達標率(透過驗收開發項目個數/已完成開發項目個數)等，與以前年度土地開發數量、面積作動態對比，根據土地開發總體規劃和年度開發計劃，評價年度內土地開發規模和開發能力，判斷土地資源開發能力的增減變化情況、預測今後幾年的土地資源開發趨勢。
2.項目成效評價。相關指標可選用的評價指標包括新增糧食生產能力(項目完成後糧食總產值/土地開發面積-項目實施前糧食總產值/土地開發面積)、新增土地利用率[(項目完成後土地利用面積-項目實施前土地利用面積)/開發面積]、新增耕地可供養人數(農業總人口/耕地總面積*新增耕地面積)等。
3.相關影響評價。一是對經濟的影響的評價，主要從對當地經濟發展的影響、財政安全的.影響、經濟產業結構的影響、投資環境的影響等方面進行評價;二是對社會的影響評價，主要指在土地開發利用等方面產生的效果，新增當地經濟收益方面和新增當地就業人數方面產生的效果進行評價，以及對管理方法、示範作用、成功經驗等方面進行評價。三是對環境影響的評價，土地資源的開發利用對提升自然資源安全方面和改善生態平衡等方面的評價，以及產生相關方面產生的不利影響等。四是對土地保護方面產生的影響評價。耕地保護方面重點關注耕地的數量、質量和地力提升情況。耕地數量：佔補平衡率(補充耕地面積/佔用耕地面積)。耕地質量：農轉用耕地平均等別、新建耕地平均等別、中低產田佔比(中等地、低等地面積/耕地總面積)。地力提升：測土配方耕地佔比(使用測土配方耕地面積/耕地總面積)、污染耕地佔比(污染耕地面積/耕地總面積)等。
四、可持續性評價
是指計劃和項目實施完成後，其獨立執行能力和產生效益的持續性，主要包括管理能力、財務的可持續能力可持續程度等評價。
1.管理的可持續性。即項目單位管理能力滿足項目執行需要的程度。主要包含管理能力和創新能力。對土地資源項目管理能力作出評價，主要向項目單位和相關部門調查瞭解，判斷項目單位管理能力是否適應項目執行的、管理制度創新能力是否滿足項目可持續發展的需要。
2.財務的可持續性。即土地資源開發項目財務狀況和收益滿足償還項目債務的要求，並保證項目持續運營的程度。主要的常用評價指標有：(1)資金到位率，指實際到位資金與計劃投入資金的比率，即實際到位資金/計劃投入資金。(2)資金利用率指實際使用資金與實際到位資金的比率，即實際使用資金/實際到位資金。(3)項目收益率。指項目收入與項目預算收入之比，即實現收益/項目預算收益，主要評估土地資源開發、利用項目收益情況。(4)項目成本率。指土地資源項目實際執行成本與預期日常成本之比，即項目日常執行成本/項目日常執行成本。新增耕地單位面積資金成本(總投資額/新增耕地面積)。(5)資產負債率。指項目負債總額與資產總額的比率。主要評估項目負債水平的綜合情況，即項目負債總額/資產總額。項目債務償還保障倍數。指項目可用於償還債務資金相對於與項目到期償還債務本息之比。即可用償還債務資金/項目到期償還本息。另外，還有項目還貸準備金制度的落實情況的評價。主查評估項目還貸準備制度的建立及執行情況，主要檢視是否已建立了貸款償債準備金制度並已落實。
五、合規性評價
是指土地資源項目在建設和運營的過程中遵循國內有關的法律法規的情況，是績效審計的基礎，落實到具體的評價上，評價的內容包括“審計查出的問題”和“整改情況”，通常使用以下評價指標：
1.違反國家法規資金率。指土地資源項目單位實施開發建設過程中違反國家財經法規的程度。評價公式：違反國家法規資金率=歷年查出的項目違反國家財經法律、法規問題總金額/項目投資總額。以下方面可以判斷是否屬於違規資金，如土地出讓金是否全額繳入地方金庫，有無坐支挪用行爲等;土地出讓金的使用是否符合政策規定，有無擠佔挪用擴大開支範圍，違規出借土地出讓金等行爲;被徵地農民的徵地補償費支付是否符合國家規定標準、是否全額到位、拆遷戶的拆遷補償費是否全額支付等等。
2.管理不規範問題資金率。是指項目單位在實施開發建設的過程中存在損失浪費等管理不規範問題的程度，是歷年查出的項目管理不規範問題資金總額與項目實際投資總額之比，即：歷年查出的項目管理不規範問題資金總額/項目實際投資總額。
3.違規用地方面的指標評價。違法違規佔用耕地比率，即違法違規佔用耕地面積/新增建設用地佔用耕地面積的;違法違規用地行爲變動率，即(當期面違法違規用地行爲件數-上期違法違規用地行爲件數)/上期違法違規用地行爲件數;另外還可以參考使用違法違規用地面積變動率、違法違規佔用耕地面積變動率等等。
4.查出立案方面的比率。可涉及的到指標有：立案率(立案件數/違法案件總數)、查處率(查處案件數/立案總數)、處罰執行率(處罰到位案件件數/下達土地行政處罰決定書件數)。移交大案資金率。即歷年查出要案資金總額/項目實際投資總額的比率。
5.整改落實率。是指對項目單位對審計查出問題的整改落實程度。其評價目標是審覈項目單位整改落實查出問題的情況，評價公式：整改落實率=已整改查出問題資金總額/查出問題資金總額。