就外部控制制度而言，即透過制訂、完善與註冊會計師相關法規體系，進一步完善獨立審計準則體系，加強治理制度的執行等措施來降低註冊會計師的審計風險。
內部控制制度，主要是註冊會計師有從事的審計業務即對合計會計報表的審計過程來實現。一般包括：審計預備、審計實施和審計終結三個階段。由於審計風險始終貫串其中，因此，有效地控制審計風險必須控制審計的三個階段。
一、審計預備階段審計風險的控制
審慎選擇被審單位，選擇一個好被審單位在很大程度上可以減少或部分降低審計風險。在決定承辦審計事項後，爲了做好審計計劃工作，註冊會計師應充分了解被審單位的經營業務及所屬行業的基本情況，以便弄清楚對會計報表具有重大的事項、交易及慣例。認真調查瞭解被審單位的內部控制制度。對被審單位的內控制度進行評價時，首先要調查瞭解被審單位的內控制度的執行情況，並做好記錄；其次，要對被審單位的內控制度實施符合性測試程序，證實有關內部控制制度的設計和執行效果；第三，要對被審單位內控制度的強弱程度進行評價，即評價被審單位的控制風險水平的高低。
若內控制度執行得好的被審單位，相應的控制風險也較低，反之亦然。瞭解被審單位內控制度的實施情況，可以確定在內控制薄弱的領域擴展審計程序，以便在實質性測試過程中採取相應的對策來降低審計風險。與業務委託人簽訂明確的審計業務約定書，並取得其治理當局聲明書。審計業務約定書具有法律效力，它是確定會計師事務所與委託人之間權利和義務的重要檔案。它規定了所執行業務的性質、審計對象、雙方的責任即會計責任和審計責任等事項。被審單位治理當局聲明書是一份表明其對所提供的會計報表及相關資料的真實性，並對審計工作不加以限制的書面證實，這對減輕註冊會計師的審計風險具有十分重要的作用。
二、審計實施階段審計風險控制
根據審計計劃確定的範圍、重點、步驟和方法等，進行取證、評價，藉以形成審計結論，這是實現審計目標的中間環節。它是審計全過程的中間不可缺少的步驟，其主要工作應包括：對被審單位內控制度的建立和遵守情況進行符合性測試，根據測試結果修訂審計計劃；對會計報表項目的數據進行實質性測試，根據其測試結果進行評價、鑑定。在這一階段中，註冊會計師不可能把全部的錯誤事項都審計出來，所以審計風險總是存在的。這就要求註冊會計師自己應嚴格遵循專業標準的要求執業，時刻保持慎重的警惕，儘量降低審計風險。
在審計過程中，註冊會計師應特別留意以下幾點：
（1）對於接近資產負債表日的大量產品銷售收進應執行有關的審計程序；
（2）對資產負債表日後一段時間的有關業務的執行必要的審計程序；
（3）公司的經營忽然與一貫方式不同（可能有實在際上的需要，企業爲適應環境的變化），但註冊會計師必須嚴防經營者借改變經營方式創造虛假的利潤；
（4）對於收益的確認必須留意有無其他附帶條件存在；
（5）對於不平常或分歧常規的交易，應保持謹慎態度，只憑合同上的法律文字或條款是不夠的`，註冊會計師需憑其敏銳的專業嗅覺，對於合同條款加以認真仔細查覈。對於合同上未列示的可能附帶的約定，應保持高度警覺。
在註冊師留意到表明可能存在違法行爲的跡象時，他應獲取對這種行爲及其產生環境的瞭解，並獲取充分、適當的審計證據來評價它對財務報表的可能。在進行這種評價時，註冊會計師應當考慮：
（1）潛伏的財務後果。如罰款、刑事處罰、被沒收財務的損失、強制停業及訴訟等；