會計報表審計程序按其目的不同可分爲了解內部控制程序、符合性測試程序和實質性測試程序。由於每一種審計程序均可採用不同的方式來組織實施，因此，爲完成各類審計程序所採用的不同方式之間的不同組合就形成了不同的審計程序模式。
一、會計報表審計程序及其實現方式
（一）瞭解內部控制程序及其實現方式
在會計報表審計中，審計人員爲了確認會計報表可能發生的潛在重要錯報的種類，覈定影響重要錯報風險的因素，應設計瞭解被審計單位內部控制的審計程序，關注會計和內部控制中與會計報表認定相關的那些政策和程序，並且將對會計和內部控制相關方面的瞭解同固有風險、控制風險的評價有機地結合起來。爲了完成這一程序，審計人員有三種方式可供選擇。
１．透過結構要素瞭解內部控制。內部控制結構分析理論認爲，內部控制結構是由控制環境、會計系統和控制程序三個要素組成。因此，瞭解內部控制程序可以透過瞭解內部控制結構要素來實現。按照有關規定，審計人員可以從控制環境、會計系統和控制程序等三個方面充分了解被審計單位的內部控制。
瞭解控制環境，主要是圍繞被審計單位管理層對內部控制及其重要性的認識和措施來進行。審計人員透過對被審計單位控制環境的瞭解應能對其做出合理的判斷。
瞭解會計系統，主要是圍繞以下事項進行：
①被審計單位交易和事項的主要類別；
②各類主要交易和事項的發生過程；
③重要的會計憑證、賬簿記錄以及會計報表賬目；
④重大交易和事項的會計處理過程。透過對被審計單位會計系統的瞭解，審計人員應能對上述事項有一個清醒的識別和理解。
瞭解控制程序應着重考慮以下事項：
①交易授權；
②職責劃分；
③憑證與記錄控制；
④資產接觸與記錄使用；
⑤獨立稽覈。
審計人員在瞭解控制程序這一要素時，比了解控制環境和會計系統要素更強調確定特定單項控制程序與特定認定之間的直接關係。
２．透過業務循環瞭解內部控制。業務循環理論認爲，一個企業的所有經濟業務按其性質差異、聯繫程度的不同，可以將其劃分成若干類別，同一類別的業務聯繫比較密切，且隨着企業的持續經營，這些業務也會周而復始地不斷髮生，從而形成了業務循環。審計中所謂的業務循環就是指處理某一類經濟業務的工作程序和先後順序。將企業的業務劃分成若干業務循環，再按每一業務循環去了解內部控制是瞭解內部控制程序的另一種方式。
３．透過賬項控制瞭解內部控制。會計報表的審計總目標是透過審計具體目標來實現的，審計具體目標可以分爲一般審計目標和項目審計目標，項目審計目標是針對會計報表中的每一具體項目結合被審計單位管理層在這些項目中的會計認定而形成的。因此，會計報表中每一項目都涉及一些認定，圍繞每一項目的幾個認定就應該有一些控制環節。透過賬項控制瞭解內部控制就是圍繞會計報表中每一項目所包含的會計認定涉及的控制點，瞭解被審計單位內部控制的設計狀況。
上述三種瞭解內部控制的方式各有特點：第一種方式充分考慮了現代內部控制理論的要求，這種方式不僅對被審計單位內部控制瞭解比較充分，而且能將對被審計單位的固有風險與控制風險的初步評價相結合。第二種方式能使審計人員的注意力集中在各業務循環的關鍵控制點上，提高審計程序的效率，也便於審計人員在以後的審計程序中按不同的業務循環採取不同的審計策略。但同時也由於這種方式在瞭解描述內部控制時侷限在每一業務循環的控制點上，因此，這種方式對控制程序瞭解得比較充分，而對控制環境、會計系統則容易忽略。第三種方式由於是圍繞會計報表中每一項目所包含的會計認定了解被審計單位內部控制的設計狀況，所以，這種方式相對來講比較簡單明瞭，易於操作。但由於內部控制中許多控制點會同時涉及若干會計報表項目，因此，這種方式容易引起工作重複，從而引起效率低下也是顯而易見的。
（二）符合性測試程序及其實現方式
符合性測試是在瞭解內部控制程序之後的可供選擇的程序。審計人員在瞭解內部控制後，只對那些準備信賴的內部控制執行符合性測試，並且只有當信賴內部控制而減少的實質性測試的工作量大於符合性測試的工作量時，符合性測試纔是必要和經濟的。
審計人員在執行符合性測試程序時有兩種方式可供選擇：①按交易種類的有關控制進行符合性測試，即按照業務循環組織符合性測試工作，這種方法一般被稱爲“符合性測試的業務循環法”；②按照有關賬項及其相關的控制安排符合性測試，即按照會計報表中每一項目涉及的相關控制點進行符合性測試，這種方法一般被稱爲“符合性測試的分項法”。
符合性測試採取哪一種方式應該由瞭解內部控制的不同方式來決定。瞭解內部控制如果採用第一種方式，由於控制環境、會計系統一般是針對整個企業而很少直接涉及某一具體的會計認定，所以對這兩個要素的瞭解測試，一般是把它們作爲兩個系統來進行，而對於控制程序，符合性測試的方法則取決於審計人員對其瞭解和描述的方式。至於瞭解內部控制的第二、第三種方式，符合性測試的方式應該與之相匹配，即：如果對內部控制按業務循環瞭解，則符合性測試也應按業務循環來組織實施；如果對內部控制按賬項控制瞭解則符合性測試也應該按“分項法”來組織實施。
（三）實質性測試程序及其實現方式
實質性測試又稱數據真實性測試。這種測試主要是透過對會計報表所反映的交易、事項的檢查來判斷會計報表所提供的資訊是否真實、公允。
實質性測試程序既可按業務循環“分塊”來組織進行，也可按會計報表項目“分項”來組織進行。實質性測試如果是按業務循環“分塊”來組織進行亦被稱爲“實質性測試的業務循環法”。實質性測試程序如果是按照會計報表項目“分項”來組織進行，這種方法也被叫做“實質性測試的分項法”。
實質性測試的兩種方式也各有特點：實質性測試按業務循環組織進行的優點是，便於審計人員的合理分工，將特定業務循環所涉及的會計報表項目分配給一個或數個審計人員，使其能夠對不同會計報表項目進行交叉複覈，可提高審計的效率與效果；而實質性測試按分項法組織進行，與多數被審計單位帳戶設定體系及會計表格相吻合，所以具有操作方便的優點，但這種方式容易割裂經濟業務的內在聯繫，任何一筆經濟業務都會與兩個或兩個以上的會計項目發生聯繫，而這些不同的、有聯繫的會計項目的審計，在實質性測試的.方式下往往是由不同的審計人員來完成。
二、典型的會計報表審計程序模式及其選擇
１．分項模式。這種模式從瞭解內部控制到符合性測試直至實質性測試，均針對會計報表中的項目以及這些項目所對應的內部控制措施分別組織實施。這種模式操作簡便，但效率太低，屬於審計程序模式中的初級模式，這種模式早期被動一些會計師事務所採用，現在基本上已被許多會計師事務所摒棄，但應該認識，到即使是現在乃至將來這種模式依然有它的用武之地。對一些規模比較小、內部控制不健全的企業，如果會計師事務所對該企業準備整體上採用“主要證實法”審計策略，則採用這種簡便的審計程序模式依然可以在審計效率、效果方面取得一定的成效。對於這一點我們應該有一個基本的認識。
２．業務循環模式。這種模式從瞭解內部控制到符合性測試直至實質性測試均按照企業的經濟業務循環組織實施。這種模式是當今審計實務中比較流行的模式，我國衆多會計師事務所近幾年也開始將此模式應用於審計實務之中。但這種模式也有不足之處，即此模式在理論上與內部控制結構理論有脫節之嫌，屬於一種尚待完善的會計報表審計程序模式。
３．結構分析＋業務循環模式。此模式在瞭解內部控制時從內部控制結構要素入手，對控制環境、會計系統按整個企業進行了解和描述，對控制程序、控制政策等與會計認定有直接關係的控制則按業務循環進行了解和描述，在以後的符合性測試程序、實質性測試程序中亦採用業務循環方式，因此這種模式可稱爲“結構分析＋業務循環模式”。由於這種模式在瞭解內部控制時，對控制環境、會計系統以及控制程序的瞭解都比較充分，加之這種模式本身已經把審計程序的業務循環模式全部包容在內，所以，這種模式應該是會計報表審計程序中比較完善的模式。但是這種模式並非適用於所有企業的審計，這種模式在大型企業或上市公司中使用是一種比較理想的選擇。
４．混雜模式。所謂混雜模式是指除上述模式以外的審計程序方式間種種組合所形成的模式。如符合性測試按業務循環組織實施，實質性測試則按分項方式組織實施或者相反等等。混雜模式割裂了會計報表審計程序之間的有機聯繫，審計中如果按“混雜模式”操作，結果或是影響到審計的效率，或是影響到審計的效果，其是審計理論與審計實務均應摒棄的模式。