一、稅收會計覈算現狀及存在的主要問題
隨着現行稅收徵管改革的深入，特別是近年來稅務資訊化建設的發展，現行稅收會計覈算日漸凸現出與稅收發展的不適應，嚴重地滯後於稅收徵管改革，突出表現在以下幾方面：
（一）稅收會計在會計體系中的地位不明確
按照我國現行對會計體系的分類方法，把會計分爲企業會計和預算會計兩類。一種觀點認爲，稅收會計是預算會計體系的組成部分；另一種觀點認爲，稅收會計並非預算會計的組成部分，稅收會計與預算會計是並列的關係。對於這一問題，國家有關的會計制度和準則中沒有明確說明，甚至在1997年預算會計制度改革中出臺的一系列預算會計準則和制度中也隻字未提稅收會計，給人的感覺似乎稅收會計不屬於預算會計。因此，從上個世紀後期開始，稅收會計總是獨立於預算會計之外，其在會計體系中的地位始終不明確。正是這種模糊定位使對稅收會計的研究無法上升到理論的高度和深度，制約了稅收會計的進一步發展。
（二）稅收會計覈算內容存在侷限性
從稅收會計的定義來看，稅收會計覈算的對象始終圍繞着稅收資金運動，實質上就是圍繞着稅收收入的實現、徵解、入庫、減免和提退進行覈算的，而對稅收成本這一問題卻視而不見。目前，因我國對稅收成本缺乏一個科學、規範、系統的核算體系，社會上對我國稅收成本率的高低說法不一。有的人士分析，目前我國的徵稅成本率高達5%～6%；有的人士則認爲。我國的稅收徵收成本率大約爲4.7%左右。而目前發達國家的稅收徵收成本率一般在1%～2%之間，低的如美國爲0.6%，日本爲0.8%；高的如加拿大爲1.6%，法國爲1.9%。相比之下，不論就高還是就低，我國的稅收成本都是一個突出問題，這在建設節約型社會、強調增產降耗的今天，已經成爲稅務機關必須面對的重大問題。
（三）稅收會計覈算功能趨於統計化
從現行稅收會計覈算科目設定和核算內容來看.歷次稅收會計覈算改革或會計報表的調整，都是根據稅收政策的變化而變化，覈算內容越改越複雜.覈算指標和核算體系越來越龐大，也使得稅收會計覈算的資訊化舉步維艱。目前，全國尚沒有一套成熟的稅收會計覈算軟件，其原因就在於對稅收會計覈算功能的定位不準，從目前的核算功能看，很多是屬於統計範疇的，會計與統計不分，所需的統計指標用會計覈算的方式反映和獲取，勢必加大會計覈算難度，也不利於稅收會計職能的發揮。
（四）現行稅收會計制度的`設計過於複雜
會計制度的設計是圍繞會計目標，依據基本會計法律法規來進行的。現行稅收會計制度設計除了要遵循一般會計法律法規之外，還要結合稅收法律法規的要求，符合稅收徵管工作的需要來設計。由於這個特殊性的存在，使得稅收會計覈算制度既要符合國家統一會計制度的要求，又要兼顧稅收管理本身的業務需求。從現行稅收會計制度的設計情況看，存在着會計覈算單位設定層次過多、會計科目設計繁雜、覈算程序不統一等問題，具體表現在：
1.會計覈算單位設定層次過多。稅收會計設定了上解單位、混合業務單位、雙重業務單位和入庫單位四種不同的會計覈算單位，四種覈算單位覈算範圍不盡相同，除了入庫單位完整地反映了稅收資金運動的整個過程之外，其他三種覈算單位只是部分反映了稅收資金的運動過程。這種多層次的會計覈算單位的設定，雖然與稅收徵管機構的設定比較接近，但從會計覈算體系上看並不科學，造成了對同一覈算對象多次重複覈算問題。