一、研發項目的界定與管理
研發項目在研發費用覈算中相當於一個成本計算對象，研發項目確定的研發範圍直接限定了研發費用的投入規模。
1.企業研發項目的界定。企業只要進行研發活動都必須對研發費用進行會計覈算，會計上覈算的研發項目範圍要遠遠大於高新企業認定和稅前加計扣除的認定中的範圍，即必須是有價值、有目標、可持續、符合目錄的研發項目對應的研發費用才能享受稅前加計扣除優惠。稅前加計扣除研發項目申報立項時應把握以下三點：①如果國家有關部門、國際性行業組織或全國性行業組織等具備相應資質的機構提供了最新的技術參數（標準），研發項目應當優於最新技術參數（標準）；②如果沒有相應的技術參數（標準），研發項目應當優於行業競爭對手，是該技術領域內真正的、有價值的進步；③如果很難說明是否有價值的進步，則至少應該同時符合三個要素，即創新的目的性很強、有計劃地投入資源、能形成以知識產權爲主要形式的最終成果或中間性成果。簡言之，就是要使研發活動具有“獨立時間、財務安排和人員配置”的特性，且不重複。即使生產過程與研發過程合在一起，也應當保證研發活動是有“獨立時間、財務安排和人員配置”的。
2.企業研發項目的管理。企業對研發項目一般應實行課題管理制。企業應儘可能建立獨立的研發部門，圍繞國家科技規劃確定的重點領域和關鍵技術，構建完整的研發項目體系，制定中長期研發規劃。要做好研發項目籌劃，無論是有計劃的還是在生產過程中臨時起意的研發活動，均應由技術研發人申請立項，組織專家團隊對可行性報告進行內部評價、評議，做到“六明確”：明確研發項目名稱、明確研發目標、明確研發方式、明確研發時限、明確研發人員、明確研發費用開支範圍。企業決策投入研發後，會計部門應向稅務部門備案。另外，建議研發項目應涵蓋技術、產品、工藝、材料、標準等，將工藝開發納入研發階段。
二、研發支出覈算的帳戶設定與使用
《企業會計準則》和《小企業會計準則》都要求進行研究與開發無形資產過程中發生的各項支出透過“研發支出”科目進行覈算。筆者認爲，在解讀會計、稅法、高新企業認定相關政策的基礎上，應理清三個方面需反映的會計資訊，以終定始，透過科學合理的帳戶設定，儘可能地同時滿足三方面的要求。“研發支出”專賬管理要求企業在一套總賬的基礎上，必須設定明細賬進行輔助覈算。
1.研發材料費用覈算項目設定。研發材料費用下可設“直接材料”、“直接燃料”、“直接動力”三個覈算項目，分別覈算從事研發活動直接消耗的材料、燃料和動力費用，會計覈算要求與稅前加計扣除規定範圍完全一致，高新企業認定該項費用歸集在“直接投入”欄目。研發活動的試製品或研發產品直接對外銷售或作爲企業用於銷售產品的組成部分的，其研發試製品或產品成本中的材料、燃料及動力等費用不能加計扣除；研發活動領用的材料、燃料等未消耗完尚有使用價值的，移交生產部門或對外轉讓，原已記入“研發支出”、“管理費用”等科目的費用，應按賬面價值或合理分攤價值作轉出處理，不得作爲研發費用扣除。無法確定價值的，按取得的轉讓收入衝減研發費用。
2.研發人工費用覈算項目設定。人才是最活躍的技術創新要素，也是決定技術創新成敗的最關鍵、最核心的要素，在研發費用中所佔比例通常較大。對於該項費用，會計覈算、稅前加計扣除、高新企業認定口徑差異很大，包括人員認定和薪酬項目歸集。實際覈算中可以設定“工資薪金”等覈算項目，分別與稅前加計扣除、高新企業認定對應。
3.固定資產費用和無形資產攤銷覈算項目設定。對於該項費用，會計覈算、稅前加計扣除、高新企業認定口徑差異也很大，實際覈算中可以設定“儀器設備折舊費”等覈算項目，分別與稅前加計扣除、高新企業認定對應。無形資產攤銷應將專門用於研發的無形資產和非專門用於研發活動的無形資產分開進行覈算，只有專門用於研發活動的軟件、專利權、非專利技術等所發生的費用攤銷才能在稅前加計扣除。
4.中試與試製費的核算。中試與試製費的核算需注意中試階段與生產階段的區分。專門用於中間試驗和產品試製的模具、工藝裝備等移交生產部門或對外轉讓的，原已記入“研發支出”、“管理費用”等科目的費用，應按賬面價值或合理分攤價值作轉出處理，不得作爲研發費用扣除。無法確定價值的，按取得的轉讓收入衝減研發費用。
5.研發成果費和其他研發費用的核算。只有研發成果的論證、評審、驗收、鑑定費用等可稅前加計扣除，企業可將這些項目設定爲輔助覈算項目。以下費用是不能稅前加計扣除的：①研發成果申請專利，知識產權的申請費、註冊費、代理費等；②研發成果評估費；③高新科技研發保險費。邀請外聘評審機構或專家參與論證、評審、驗收，需外聘評審機構或專家給出書面意見並蓋章或簽字。可加計費用包括外聘評審機構開具的論證、評審、驗收費用，或者邀請專家評審的專家費，但是不能包括邀請專家的差旅費、住宿費、業務招待費。其中，專家費要執行一定的標準。企業依法取得知識產權後,在境內外發生的知識產權維護費、訴訟費、代理費、“打假”及其他相關費用支出，從管理費用據實列支，不應納入研發費用。其他研發費用中與研發活動直接相關的圖書資料費、資料翻譯費、設計制定費、新產品設計費、新工藝規程制定費、勘探開發技術的現場試驗費、新藥研製的臨牀試驗費可稅前加計扣除，企業可以設定覈算項目分別進行覈算。但是實際覈算中，新產品設計費等費用因與研發人工費用、委託外部研發費等項目重疊，很難歸集，因此一般認定爲0。以下費用是不能稅前加計扣除的.：①其他進行工序、技術規範、操作特性方面的設計的費用；②會議費、差旅費、辦公費、外事費、研發人員培訓費、培養費、專家諮詢費等。
6.委託外部研發費用。委託外部研發項目的研發費用由委託方按照規定計算加計扣除，委託方可要求受託方按上述方法進行專賬覈算，並向其提供該研發項目的費用明細賬。委託方需分別覈算“委託境內單位研發費用”、“委託境外單位研發費用”、“其他委託外部研究開發費用”。委託外部研發費用中，委託個人的研發費用是不能加計扣除的。高新企業認定過程中，需單獨填列“境內的外部研發投入額”，委託外部研究開發費用發生額的80%計入研發費用總額。
三、研發支出會計覈算與稅前加計扣除需要注意的問題
1.研發方式的選擇與判斷。研發方式決定了享受加計扣除的主體。稅前加計扣除對研發方式的判斷不僅看法律形式，更重要的是看實質——研發成果由誰享受。自主研發：研發成果由企業獨佔，研發企業在一個納稅年度中實際發生的相關研發費用可加計扣除。合作研發：研發成果由合作方共享，由合作各方就自身承擔的研發費用分別按照規定計算加計扣除。委託研發：研發成果由委託方獨享，委託方按照規定計算加計扣除，由受託方提供清單。集團公司集中研發：研發成果由集團公司共享，其實際發生的研究開發費用，根據簽訂集中研發項目的協議或合同，按權利和義務、費用支出和收益分享一致的原則在受益成員企業間進行分攤。自主研發會計覈算是基礎、根本；合作研發雙方各自按自主研發方式進行覈算；委託研發由委託方出錢，受託方按自主研發方式進行覈算；集團公司集中研發，集團總部與各分公司分別按自主研發方式進行覈算。
2.研發階段與生產階段的區分。企業的研發活動一般可分爲全新型和改進型兩大類，總的來說都可分成調研設計、立項、試驗研究、小試中試、量產幾個階段。每個階段要達成什麼目標，一般由企業技術研發部門明確，一般來說量產以前是研發階段。例如：軟件產品《軟件著作權證書》登記證書取得前爲研發階段；新藥研發向藥監局取得新藥證書之前爲研發階段；用來出售的專利權獲得《專利證書》之前爲研發階段；如果是企業自己投入生產使用的專利權，在進行大規模商業生產之前都可視爲研發階段。
3.研發支出費用化和資本化的合理劃分。研發支出的費用化和資本化，與研究階段和開發階段的劃分相關。雖然《企業會計準則》對研究與開發階段的劃分做出了明確規定，但是實際操作中主要依賴於會計人員的職業判斷，因此爭議較大。一般業績好、研發項目多的企業費用化比例較高，當期加計扣除的金額較大。其實如果研發費用符合加計扣除條件，費用化和資本化帶來的只是時間性差異。因此，建議會計覈算中不要只考慮盈餘管理，還要從資產負債表角度進行綜合考慮。一般認爲中試以後屬於開發階段，符合條件的研發費用應當資本化，例如新藥研發進入臨牀實驗（志願者實驗、少數患者、大是患者）爲開發階段。採用委託研發方式的，如果研究開發費委託方是在合同簽訂時一次性支付給受託方的，企業無法劃分研究階段和開發階段的支出，則支付的研究開發費應全部費用化進入當期損益。如果委託方是根據受託方開發進度分期支付研究開發費的，委託方應密切關注受託方的開發進度：對於在研究階段支付的支出，費用化進入當期損益；對於開發階段支付的支出，資本化記入“研發支出——資本化支出”科目，待專利申請成功後，將申請註冊階段發生的各項支出連同開發階段的支出全部轉入無形資產的成本。
4.研發費用獨立覈算“四區分”。在企業賬套系統內對研發費用單獨設定總賬與明細賬進行會計覈算是稅前加計扣除基本前提，在此基礎上要做到“四區分”。（1）區分研發材料、燃料和非研發材料、燃料，材料、燃料需要有明確的領用指向，即在領料單上註明“××研發項目耗用”，材料費用所佔比重應合理，不能將生產材料擠入研發材料費用。（2）區分研發用動力費用和非研發用動力費用，研發部門動力費用最好是單獨設計量表，如電錶、燃氣表，稅務複覈有時會查驗計量依據。如果是總表分攤，稅務可能會認爲無法確定，很容易被剔除。（3）區分研發人員和非研發人工資薪金，對研發人員的薪酬分配模式要事先進行籌劃，例如：採用項目工資制模式、提成工資制模式還是技術承包工資制等模式；提高研發人員工資，會使與工資有關的三項費用（職工福利費、職工教育經費、工會經費）增加，這三項費用是不能稅前加計扣除的；研發人員的通訊費、汽油費一般不能稅前扣除，能否轉換爲貨幣補貼；次年發放給研發人員的年終獎當年不能加計扣除，能否改變發放辦法等。（4）區分研發設備與非研發設備等，在研發立項時就應註明研發需要購買的設備和研發活動所需的軟件、專利權、非專利技術等無形資產的名稱，購入時申購單、購入後製作固定資產卡片等也應註明是研發專用。專屬研發費用採用直接對應覈算辦法，公共費用採用總量計量再分攤的辦法，對不同的費用採用不同的分攤依據。例如：某一研發人員同時參與多個研發項目，其人工費用應當在研發項目間進行分配，分配標準可選擇各項目人月時。即先計算出所有研發項目總人員時（研發項目時間×平均參與研發人員數），然後計算出分配率（單位人月時的人工費=總人工費÷總人月時），最後計算出每個項目應分攤的人工費（該項目應分攤的人工費=每個項目的人月時×單位人月時的人工費）。其他各項費用的分配可參照研發項目人工費的分配，切忌平均分配。
5.研發過程證據檔案保管“分階段”。企業會計人員應當明確一個觀點：業務部門產生稅收，會計部門計算稅收。要想充分享受研發費用稅前加計扣除政策，必須抓好會計基礎工作，切實做到根據入賬原始憑證就能認定歸屬某一研發項目的經費支出，分階段設計保管好原始憑證等檔案材料。研發立項階段的檔案材料包括決議檔案、研究開發項目計劃書、研究項目預算報告（項目預算和年度預算）、研發團隊成員材料、委託研發決議、研發合同等；研發執行過程中的檔案材料包括研發人員勞動合同、出勤情況統計表、繳納“五險一金”的相關資料、工資發放記錄、獎金覈准及發放記錄、個人所得稅代扣代繳相關資料、人工費用在各研發項目之間的分攤計算表、研發領用材料領料單、以經營租賃方式租入的專門用於研發的儀器、設備合同或協議、租賃費付款記錄等。研發結束後的檔案材料包括研發項目的論證、評審、驗收、鑑作者:單位:定材料、研發費用決算、技術轉讓、承包、服務合同及收入證明記錄等。