一、總體構想
專項資金的管理核心是一個滾動項目庫，一套數量化指標體系。主要目的是透過建立依公共財政的思想設立的量化指標體系，將單位報送的若干年專項項目，按照指標體系的要求進行量化評價，將評價的結果按照分值由高到低進行排序，並依次提供資金安排意見，以利於提高財政資金使用的透明度，優化財政資金的使用效率，爲領導科學決策和外部有效監督提供重要的依據。
一個滾動項目庫。各單位申報財政補助的所有專項項目，均納入項目庫管理，項目庫本身具備項目維護、項目評價、項目排序、財力控制、審批流程管理等多項功能，並與行政事業單位部門預算編審系統相結合，將專項資金預算納入整個部門預算，並將明確的財政補助專項轉入財政預算執行系統進行管理。
一套量化指標體系。作爲專項項目庫管理的基礎，專項指標評價體系要按照公共財政的原則進行設立，將審批專項資金的思維過程予以細化、量化，分解爲若干指標，並對應相應的分值。將申請財政補助的所有專項項目全部納入此指標體系進行量化評價，得出相應的分值，供項目庫進行排序。
二、細化指標，建立體系
從各角度全方位地評價每一個專項資金項目，就必須根據可能涉及的專項資金的情況，設立一整套科學合理的指標體系，其結果纔有說服力，也才能據以提出科學的項目取捨和資金撥付的決策參考意見。因此，細化指標和建立指標體系是專項資金項目庫工作的重中之重。
專項資金項目庫指標體系遵從全面評價原則、財政效率原則和項目優先原則。接項目的性質分爲（l）建設性項目；（2）車輛、設備購置項目；（3）維修、小型改造及租賃項目；（4）會議、活動項目；（5）業務費、培訓費、開辦費、手續費、臨時人員費等項目；（6）三項、挖潛改造支出等6大類進行分類排序。鑑於支農項目有其特殊性，暫不列入專項項目評價指標體系。
在專項項目分類的基礎上，將項目評價指標分爲兩大類分別對項目進行評價：項目基本評價指標（以下簡稱“基本指標”）和項目分類評價指標（以下簡稱“分類指標”）。基本指標是項目庫中所有項目均要進行評價的指標；分類指標是分別對各類專項的不同性質而設定的評價指標。每一類指標按照公式1，分別出基本情況指標得分和特性指標得分。
評價得分=∑（第I項指標總得分×第1項指標權重） 公式1
再根據每類所設的權重比例，並考慮附加分等條件進行修正並代入公式2計算出本項目的最後得分。
評價得分=∑（第1類指標總得分×第1類指標權重）十附加分 公式2
基本評價指標的評價範圍是所有專項項目，每個專項項目不論項目類別均要按照基本評價指標進行評價。基本評價指標對項目的基本情況進行評價，主要包括項目所屬產業、項目主要功能、項目替代成本、資金配套率、項目受益範圍和受益時間等，每項指標有一個基本分，另有具體可能情況的相應係數，二者乘積即爲本項的得分。如項目所屬產業指標以行業係數確定權重，若某專項項目對應項目所屬產業爲科技，其行業係數1．0，本項的基本分爲20分，則此項目本項指標的得分=20×1．0＝20。
分類評價指標按不同分類設立，能體現國家政策，提高財政資金使用效率的指標，這些指標的設立，既要符合項目自身的特點，又要有利於量化測算，比如建設性項目可以設立項目完成情況、項目時間限制、資金使用計劃等分類指標進行測算。又如科技三項及企業挖潛項目可以分爲關於項目可行性論證報告的指標、關於項目單位的指標、關於項目本身的`財務指標等三項指標。總之，各類項目要根據實際情況和評價目的細化後的測算指標，計算分類評價指標的得分。
項目附加分和減分主要是對項目外在性及某些未能列入上述指標體系的特殊項目，以絕對分調增調減，綜合平衡。
每一個項目都要先進行項目基本評價指標的評價，具體到某一類項目又分別應進入各自所屬類別的項目分類評價指標進行評價；然後將項目附加分和減分計入，根據最後的得分在該項目所屬類別內各項目間進行滾動比較，擇優提供資金支援。
三、管理形式
申報與評價。單位申報專項項目採用年度申報與臨時申報相結合的辦法，項目庫的評價分爲定期評價與不定期評價。各財政撥款單位應於每年報送下一年度部門預算時一併報送今後幾年擬進行的專項項目，同時提供項目申請報告及附屬資料。申請報告和附屬資料必須全面、詳細、準確。財政預算部門收到後，將專項項目用專項資金評價指標體系評分，將結果錄入專項資金項目庫。
組織形式。財政部門成立專項資金項目庫領導小組，全面負責項目庫的評價、管理、協調等工作。領導小組組長由主管預算工作的局長擔任，成員由預算主管科室、部門主管科室、專業主管科室及其他有關科室的主要負責同志組成。
職責分工。預算主管科室主要負責對單位上報的專項進行彙總與分類、對專項資金的規模進行總體控制、對評價後的項目進行分類排序、確定資金撥付順序等。專業主管科室主要負責提出項目申請的報送要求。對項目進行評價、接受領導小組及預算主管科室對評價結果的諮詢等。
在當前要強化預算管理的大形勢下，轉變觀念，規範管理，對部門預算的有效實施大有裨益。實施專項資金項目庫的管理體系的時機已經成熟，財政預算管理的法制化、數據化、規範化、高效化都要求專項資金項目庫的建立與有效實施。當然，專項資金項目庫的推行還需要做好多方面的配套工作，比如各單位要在報送預算時就要報送將來若干年的專項資金需求，這對長期存在的隨用隨報的觀念是個很大的衝擊；整個指標體系的核心是要數據化，數據的處理和指標的選擇對規範和量化專項資金的管理都十分關鍵；專項項目庫管理的實施涉及財政部門和各行政事業單位的方方面面，協調和配合工作也不可忽視。專項項目庫管理不是對項目重要性簡單地加加減減，而是將公共財政預算的管理思想融入評價指標體系中間，以前這方面可資借鑑的經驗極爲有限，需要不斷摸索，特別是關於指標體系中各項指標及其權重的設定的合理性及科學性，仍須努力，並在實踐中不斷改進。