一、高校內部財務制度建設的主要理論
（一）按照事業發展計劃以及目標編制年度財務收支預算
高校要注意對不同性質的收入來源進行區分，對收入進行科學合理地組織；按照資金用途以及支出性質來強化支出管理；對於事業基金、專項資金、專業基金、結轉和結餘管理必須單獨覈算，並且專款專用。
（二）加強管理學校資產、成本費用以及負債
高校內部財務制度建設必須重視財務管理的真實性、科學性、均衡性以及有效性，減低風險；建立內部控制制度、基本建設投資制度、經濟責任制度、財務清算制度以及財務資訊披露制度，定期報送財務報告以及財務分析。
二、高校內部財務制度建設的實踐
高校內部財務制度是高校加強財務管理監督以及實施財務工作的直接根據。財政部門、主管部門、審計部門以及高校必須切實依法實施監督職能，和高校產生合力，有效保證財務制度的貫徹執行。
（一）行使監督檢查職能
財務部門需要定期對高校財務管理制度予以檢查，是否得到有效地執行，管理措施是否得當，管理制度是否到位落實。對於高校專項補助撥款的應用情況必須加強監督，發現問題時必須及時處理。
（二）實行重大財務事項報告制度
高校必須嚴格實行財務制度。比如存在會計覈算方法的變化、重大財務制度的實行以及重大預決算方案的改變，都需要及時彙報給財政部門，同時還要自覺地接受檢查。
（三）主管部門以及財政部門的審批制度
高等學校建設重大項目、購置重要設備時，必須嚴格按照財政管理制度的規定，必須進行報批以及招標採購等程序，高校需要實施必要的可行性論證，對資源予以合理配置。
（四）實踐過程中需重視的問題
第一，財務管理制度以及辦法的.制定必須按照國家法律、法規以及檔案等規定，同時還需要和學校的實際情況相結合。第二，財務管理制度和辦法必須合法化，且有利於貫徹執行，必須按照學校的財力物力情況，且對學校的長遠發展以及工作全局等因素予以考慮，要按照情況變化、執行期間出現的問題給予及時修訂。第三，財務管理制度的修訂或是制定以及出臺，必須由財務部門或是制度建設小組提出建議，主持起草，廣泛聽取各方面的意見，進行反覆修改，得以妥當可行分析後，最終交由領導決定透過並予以實施。
三、結束語
總而言之，在高校現階段迅速發展的新形勢下，加強高校內部財務制度建設，有助於強化財務監督與管理，對高校的財務活動予以規範，有助於提升財務管理質量與水平，提高資金利用率，從而保障我國高等教育事業的穩步推進及持續發展。