一、當前金融機構內控中存在的主要
1.銀行內部組織結構的控制應按照決策系統、執行系統、監督反饋系統相互制衡的原則來設定，但在實際操作中並未完全達到這一要求。
首先，內控本身有其固有的侷限，它要受成本效益原則限制。管理層在設定內部結構時，必然要權衡爲強化內控而付出的成本和收益。銀行在設計制度時受成本的制約，不可能是最好的內控制度，只能是恰當的制度，既要考慮設計的性，又要考慮執行時的效益性。如果某項設定投入多而當期並不能帶來相應的效益，即使能強化內控，也很有可能會被放棄。
其次，部門之間相互割裂、相互牴觸、牽制乏力的現象比較普遍。如會計部門不能制約資金組織部門的資金成本，有可能造成存款“唯量是圖”，存款結構越來越不合理，與銀行利潤目標嚴重背離。很多銀行上下級行各部門自成體系，各自爲政，部門之間缺乏相互協調和監督功能。如按要求計劃資訊部門可以透過報表、項目電報等監督制約信貸部門，會計部門可以透過賬表制約計劃部門。但實際操作中無相互協調的責任機制，各部門之間的監督作用未能發揮，甚至出現了透過調整賬表來隱瞞其它部門的違規行爲，往往造成重大後果後才被發現。
2.銀行內部授權授信的控制要求建立合理的以書面形式確認的授權授信制度，按照業務工作程序和授權，健全完善各種審批手續。各級主管要在授權的範圍內實施管理，各項權力要在制衡的條件下正確使用。但實際情況往往並未如此。
目前銀行採用的多是一級法人下的分支行長負責制，即銀行內部的經營管理由行長負責。行長既是國有資產所有者代表，又是法人代表；既是銀行經營決策者，又是銀行經營管理運作的執行人。法人治理結構基本上就是行長一個層次。內控中對領導幹部的權力缺乏應有的控制機制。行長的個人決策行爲、業務行爲、責任行爲沒有操作性強的規範的制度制約。
3.按《加強金融機構內部控制的指導原則》，銀行機構要建立起科學的銀行計算機系統風險控制制度，但在實際操作中這一點難以做到。
計算機等高新技術在銀行業的廣泛運用推動了其，同時也帶來了許多新的`風險，向內部控制工作提出了挑戰。現行內控制度很大程度上已不能再適應計算機支援下的銀行會計業務，帶來諸如計算機技術員和會計業務員權責分工等一系列原內控制度所未涉及到的問題。會計部門缺乏既懂業務又懂微機的複合型管理人才，對數據處理系統的管理不得力。
4.內部稽覈監督管理職能未能充分發揮。現行稽覈制度下稽覈部門缺乏必要的獨立性和權威性，不僅難以實施有效、及時的監督檢查，難以真實地向上級行反映情況，而且難以嚴肅處理違規違紀問題。
稽覈力量配備不足，人員素質不能適應工作需要。一些行不重視稽覈工作，配備的稽覈人員數量少，且有部分是兼職，造成執行者也是控制者的情況，加大了控制難度。
稽覈頻率偏低，覆蓋面不夠。稽覈部門無法從整體上把握全行的業務動作和經營狀況，無法及時發現經營中存在的問題，也難以提出有針對性和建設性的意見。
5.現行會計內控制度缺乏系統性、可操作性，且加強會計結算與嚴格執行制度之間存在矛盾。