近年來，各級管理部門做了大量工作，社保基金管理逐步規範，監督得到加強，基金安全程度明顯提高。但是，由於醫療保險制度啓動較遲，仍然存在制度不健全、管理不規範、監督不到位等問題。尤其是一些縣級醫療保險經辦機構崗位設定不合理，內部控制薄弱，管理鬆懈.
針對這些問題，要求經辦機構必須加強內部會計工作及與會計相關的控制，形成完善的內部牽制和監督制約機制，以堵塞漏洞、消除隱患，保護基金安全與穩定執行.
一、內部控制建設應遵循的原則
1.合法性經辦機構內部控制制度的建立，首先必須遵循國家法律法規，力求將每一項經濟業務活動控制在合法合規的範圍內.
2.適應性要符合醫療保險經辦機構規模大小、行業特點等實際情況。內部控制制度不是一成不變的，應隨着政策的調整、業務流程的變化、資訊化管理手段的進步，不斷地修改、完善內部控制制度，以適應社會保險管理服務的變化.
3.制衡性對各項業務的處理要能體現出互相監督的作用，從組織機構的設定上確保各部門和崗位權責分明、相互制約，透過有效的相互制衡措施消除內部控制中的盲點.
4.有效性在崗位、部門和單位三級內控管理模式的基礎上，形成科學合理的內部控制決策機制、執行機制和監督機制.建立合理的內控程序，保障內控管理的有效執行.
5.完整性各項業務管理行爲都有相應的制度規定和監督制約.所有部門、崗位和人員，所有業務項目和操作環節都在內部控制的範圍內.
二、內部控制制度建設存在的問題
第一，對內部會計控制的重要性認識不夠，無章可循或有章不循的現象較爲嚴重；第二，縣級醫療保險經辦機構普遍存在人手不足、一人兼數職的現象，無法建立有效的制衡監督機制；第三，資訊系統管理滯後，醫保數據資料缺乏監控，計算機系統操作、管理權限設定及執行比較混亂，沒有形成相互制約的機制，對數據資料的錄入、變更沒有有效的監控措施，非常容易發生問題；第四，各崗位長期由一人負責.
三、完善內部控制制度的對策
第一，切實提高單位負責人對建立和完善內部控制制度重要性的認識。只有單位負責人不斷提高自己執行財經法紀的自覺性，切實加強對本單位會計工作的領導，理順會計工作關係，才能保證本單位內部會計控制的合理設定和有效執行.
第二，構築嚴密的經辦機構內控體系。寓內控辦法於業務操作流程之中，建立崗位之間、業務環節之間相互監督、相互制約的機制。縣級醫療保險經辦機構人力有限，應當透過設定合理的崗位分工，實現有效的內部控制.
第三，進一步完善計算機管理系統，嚴格劃分業務操作、技術維護等方面的職責，資訊管理人員不得介入實際的業務操作.
第四，實行定期輪崗制度。定期輪崗，能使工作人員全面熟悉業務，也能暴露出內部控制制度執行中的一些漏洞.
四、縣級醫療保險經辦機構的內部控制設計
1.資訊系統系統管理員不得經辦具體業務；建立數據錄入、修改、訪問、使用、保密、維護的權限管理制度，加強對資訊系統數據的監控，建立數據遠程備份機制，確保數據安全；對於涉密資訊需要在網上傳輸的進行加密處理，加強網絡和計算機病毒防護，確保網絡安全.
2.結算業務待遇審覈人員根據醫院上傳數據及患者就診資料進行審覈並提出結算申請報復核人員複審；複覈人員對結算申請及相關資料進行復審後報主管領導審批；主管領導對結算申請審閱後作出准予結算或退回重審的.批覆；會計對準予結算的結算申請按照財務要求進行審覈，對發現錯誤的退回業務重審，對審覈無誤的打印支付憑證，交由出納開具支票、支付款項.
3.徵繳業務對新增單位、新增或減少參保人員，由參保單位報送資訊表，由基金專管員審覈簽字後報主管領導批覆，交計算機錄入人員錄入數據。基金專管員根據各單位實際情況制定徵繳計劃，打印委託收款憑證及專用收據。經辦人員不得直接收取現金。出納收到繳費單位繳款憑證後在財務記賬聯、業務記賬聯蓋“轉賬收訖”章，並將業務記賬聯退回基金專管員登記業務臺賬，出納根據財務記賬聯登記銀行賬。會計與基金專管員每月應至少對賬一次。會計應當定期對基金專管員保管的專用收據進行盤點.
4.財務第一，會計與出納應當相互配合，認真審覈原始憑證，對無單位負責人簽字（章）、無經辦人員簽字（章）、接受單位名稱錯誤、大小寫不符或金額有塗改的憑證不得支付；結算起點以上對公結算必須使用轉賬支付方式；單筆支付現金5萬元以上、轉賬30萬元以上，須報會計主管備案，並由會計主管填制《大額提（轉）款單》，隨支付憑證交付銀行，單筆支付（含上繳、轉存）50萬元以上還須單位負責人在繳款憑證或《大額提(轉)款單》簽字後方可辦理。要嚴格按照收支兩條線的規定使用資金.第二，財務印鑑應當指定專人分別保管使用，不得由同一人保管全套印鑑；財務人員應當定期更換財務軟件和業務軟件的密碼.第三，會計應根據需要制訂資金支出計劃，申請財政專戶撥款，撥入指定的支出戶存款帳戶備用。撥款計劃書需由會計主管、單位負責人簽字確認.第四，出納負責辦理現金、銀行存款的收付結算業務；出納不得兼管稽覈、會計檔案保管、債權債務賬目登記工作；及時與銀行對賬，如有未達賬項應逐筆查明原因，月末編制銀行餘額調節表；與會計交接憑證時，應填制“出納報告單”並經雙方覈對無誤.第五，會計應當認真審覈原始憑證，填制和保管記賬憑證。月末根據登記完整、覈對無誤的會計賬薄記錄編制財務報表.第六，會計主管複覈原始憑證的真實性和記賬憑證的正確性，對填制錯誤、不符合財務制度的憑證退回制單人員重新辦理.