自《內經》以來，中醫基礎理論幾乎一直未能取得實質性的進步。社會變遷，人們的生活方式、疾病譜乃至於自然環境都在改變，而中醫基礎理論卻依然故我。而且隨着現代醫學的不斷進步，中醫臨牀的陣地正在不斷縮小，形勢危急。於是，20世紀七十年代以來，中醫界興起了一股反思的熱潮，希望能找到中醫學駐足不前的原因，對症下藥，振興中醫。時至今日，這仍是中醫理論研究的一個重要方向。本文也嘗試在這方面做一些探討，以拋磚引玉。
科學哲學作爲一門哲學學科，以科學爲分析和研究的對象，對科學活動和科學理論從認識論、方法論及本體論、價值論角度進行考察和分析，旨在提供關於科學認識及其發展的邏輯性、歷史性和社會制約性的模型，探討科學知識的本質，獲取方法、評價標準、邏輯結果和目的等。中醫基礎理論作爲一種科學理論，當然也在科學哲學研究的範圍內，可以用科學哲學的觀點來考察。
根據科學哲學的認識，理論（或假說)能得到經驗證據的確證，就表明該理論具有解釋或說明經驗事實的可行性，從而引起科學家共同體或個人的信任，就被認爲是科學的。121理論的可行性取決於理論自身的邏輯可行性、理論的可檢驗性以及理論的解釋能力和預測能力等幾個方面，以下從這幾個方面對中醫基礎理論加以剖析。
1.理論的邏輯可行性
科學理論或科學假說都是由基本概念、基本命題以及得到解釋的經驗陳述，依據一定的邏輯法則組成的演繹系統。這樣的系統必須是基本概念明晰，基本命題成立，命題之間協調而無矛盾的。因此評價理論的邏輯可行性就是要審視理論內部的結構要素及其邏輯關係。一個邏輯可行的理論，首先是具有邏輯一致性的理論，自相矛盾的和缺乏內在聯繫的“理論”都不是真正的理論，充其量也就是語句或命題的無規則組合。12中醫基礎理論在這方面還有着不足之處。首先是概念的明確性，中醫基礎理論中的許多概念是模糊的，如“心陰”、“心陽”、“腎陰，，、“腎陽，，等，而對“三焦”、“命門，，概念的具體所指更是爭論不斷。
其次，中醫基礎理論中的許多命題是否成立以及其成立的條件也有待進一步考察，主要是理論可檢驗性的問題。
再次，命題之間的協調性也存在着問題。中醫基礎理論的某些內容間缺乏內在聯繫，本來圍繞着同一問題的不同內容之間的相關性差，不能構成完整的理論，這也是導致中醫臨牀上片斷地運用基礎理論的原因之一。
如中醫基礎理論中關於汗有“汗爲心之液”、“血汗同源”、“陽虛自汗，陰虛盜汗”的理論，又有肺主皮毛，司汗孔開合的理論，還有“膀胱氣化失職，津液不能化爲尿液，逆行於上而出汗”13、“脾運化失常，津液旁達於四末而出汗”131等理論，但並沒有一個可以涵蓋以上所有內容並且明確說明不同命題間相互關係的理論，如“汗爲心之液”和“肺主皮毛，司汗孔開合”間有何聯繫？運用於臨牀的時候只能是各說各的，能用哪個算哪個。究其原因，是中醫基礎理論以辨證邏輯爲主要形式，而形式邏輯的成分較少.這是中醫的特色，但一種理論如果沒有了形式邏輯的確定性而過於靈活，就會變得難以掌握並且使可信度降低，還會讓理論的使用者在實踐中無所適從或者對其隨意使用。
2.理論的可檢驗性
理論的可檢驗性是由理論的本質所決定的，理論原本是用來解釋經驗事實的。如果某理論不具有可檢驗性特徵，那麼該理論就不可能具有可行性。因爲理論的可檢驗性表現爲該理論蘊含着若干經驗陳述，這些經驗陳述可以接受經驗的檢驗。這一點也恰好就是理論確證的必要條件，如果由一個理論不能匯出經驗事例，或者經驗事例是不可檢驗的，該理論就不可能獲得確證，也就沒有解釋或說明經驗事實的可行性。例如，“物體受熱會膨脹”和萬有引力定律，都是可以直接或者間接地以某種方式加以檢驗的。
由於中醫基礎理論中的許多基本概念是哲學、辯證思維和意象思維參與形成的產物，並不是完全以客觀物質實體爲基礎一這也是中醫基礎理論區別於現代科學實體論哲學基礎的特點所在，所以中醫基礎理論中存在着一些可以找到需要檢驗的陳述卻無法進行檢驗的命題。例如，要檢驗命題“尿液的生成和排泄依賴於腎中精氣的蒸騰氣化”，首先要明確“腎”、“腎中精氣”以及“蒸騰氣化”的概念；之後，由此命題可以匯出的經驗陳述之一是：腎中精氣蒸騰氣化失常，就會導致尿液生成和排泄的障礙。要想驗證這一陳述，最大的困難是如何確定“腎中精氣蒸騰氣化失常”的狀態，“精氣”看不見摸不着，其“蒸騰氣化”更是難尋蹤跡(包括其內在和外在的表現）這裏，雖然可以得到理論的經驗陳述，但是其檢驗卻是無法實施的。因此，不能照搬現代科學的檢驗思路，但必須結合中醫基礎理論自身的特點提出新的檢驗思路，畢竟理論如果是不可檢驗的，就無從知道哪些是正確的、哪些是錯誤的，難以使人信服和接受，更談不上透過自身的不斷完善來取得發展了。
3.理論的經驗解釋力
理論可行性的關鍵在於它解釋經驗事實的能力，而邏輯可行性與可檢驗性只是解釋力的必要前提。一般地說，科學家考察理論的可行性，首要的是關注理論對經驗事實的解釋能力。從現象E。中逆推的猜測性理論H是否具有可行性，就在於它能否用來推導現象E。以及相關的同類現象El、E2、En。如果逆推理論H是可行的，那麼，應能匯出;
在考察理論的可行性時，對現象的解釋是主要的。這是因爲理論原本就是用以說明現象的，同時科學活動的目的也在於建立既可圓滿地解釋巳知事實又可成功地推導未知事實的理論。所以理論可行性的評價也就主要表現爲對理論解釋力的評價，這種評價只是從邏輯上對理論進行的主觀評價，不同於評定理論真理性的事實驗證。在理論可行性的評價中，有時還出現這種情形：當某一逆推的理論H能夠成功地解釋更多的新事實時，人們也由此得出H是比較可行的。正如庫恩所指出的`：人們評價、選擇某一理論的標準之一就在於，該理論“應有廣闊視野:特別是，一種理論的結論應遠遠超出他最初所要解釋的特殊觀察、定律或分支理論。
以中醫基礎理論肝失疏泄會影響脾的運化功能而引起“肝脾不和”的理論爲例，它應該是由精神抑鬱、胸脅脹滿等肝失疏泄的症狀和腹脹腹痛、泄瀉便溏等脾失健運的症狀共同或先後出現的現象逆推而來，而且似乎也可以再推匯出上述現象。但是，對於爲什麼還會有僅有肝失疏泄的症狀而沒有任何脾臟異常的症狀這一現象的解釋，它就無能爲力了。如果說是肝病未及脾臟，那麼怎麼樣肝病纔會影響脾臟呢？是病久、病重，還是其它什麼情況？還是不甚了了。如果這一點不能解決，那麼這一理論對其來源現象的解釋就不能算圓滿，因爲理論並未闡述清楚現象產生的條件，而僅僅是說明了一種可能性。理論不能夠對現象作出圓滿的解釋，也就更難以期待以此爲起點解釋新的現象和做出預測了。
由上面的論述我們可以做以下設想，要使中醫基礎理論更加科學化，可以先將其整理成爲一個獨立於哲學因素的內部和諧一致的邏輯演繹體系，再研究其可檢驗性與經驗解釋力，去粗取精，去僞存真，結合臨牀實踐，不斷完善，最終成爲更加科學的理論。在理論整理以後，還可以進一步研究將理論量化的必要性與可行性。這種研究的意義在於，從科學哲學的角度審視中醫學理論，探討其與科學理論之間的差異以及向科學理論發展的可能性並具體實踐。即使是得出否定性的結果，也可以爲中醫基礎理論發展的探討作出階段性的結論。最後要說明的是，本文無意機械套用科學哲學的標準，把中醫基礎理論改造成爲完全符合西方科學理論標準的理論。因爲就“什麼是科學”、“什麼是科學的理論”等問題，科學哲學本身也在探討，目前它還不能夠作爲衡量理論科學與否的決定性尺度，而只能算是一個供我們用以審視中醫基礎理論的視角，發現中醫基礎理論的某些不足，加以改進。畢竟作爲人類智慧結晶的任何科學理論，還是應該有其共性的。同時，這種研究也可能反過來促進科學哲學的發展。