村級組織是黨和政府聯繫農民的橋樑和紐帶，是全面建設社會主義新農村、構建農村和諧社會的組織者和依靠力量。但是，隨着農村改革的不斷深化和農村各項政策的調整，大部分村級組織運轉漸趨艱難，捉襟見肘的村級財力、繁重的工作任務和紛繁複雜的農村各類矛盾，嚴重製約着農村經濟和各項事業的發展。村級組織執行中的主要困難和問題表現在：
一是村級收支平衡難。取消農業稅後，村級組織運轉資金主要來自於上級財政轉移支付，但有限的資金遠遠滿足不了目前村級組織正常運轉的需要。據如東縣調查，全縣297個村中,有31.7的村管理資金透支,有64.5的村基本無村級統一經營收入。村級管理資金中除了支付村幹部基本報酬和正常的辦公經費外，還有沉重的村幹退職補助和養老保險（統籌）補助。開展其他工作如全民創業、招商引資、禽流感等疫病防治、糧食直補落實、徵兵、選舉等等基本沒有相應的經費作支撐，村級組織管理事務越多，經費就越緊張，迫於無奈，村級組織要完成上級下達的的各項事務，只得千方百計負債，有的甚至不惜代價去違紀違規挪用專項資金。村社集體經濟早已處於空殼狀態，而且這種狀態隨着時間的推移會日趨嚴重。二是村級債務化解難。村級債務問題已成爲農村問題中的一大焦點、難點。20__年末，如東縣村級賬面債務爲1.17億元,20__年底,仍有債務1.14億元。全縣債務超過70萬元的村28個，50—70萬元的村37個，30—50萬元的村60個，10—30萬元的村111個，5—10萬元的村34個，債務5萬元以下接近“零債務”的村56個。有的村是舊債未了，新債又增。農村村稅費改革前，村級負債可以透過農民上繳的村提留、清收的陳欠和單項集資、攤派來償還，稅費改革後，原有的籌資渠道被切斷，能夠化解的政策措施已全部用足，絕大多數已是化債無門，今後的化解難度更大。
三是公益事業發展難。農村稅費改革後村內生產和公益事業建設資金主要來自於村內事一議籌資籌勞。但真正用於改善農業生產條件的不足50，有的村所籌資金還不夠償還債務，村級生產基礎設施投入和公益事業發展的經費嚴重不足。同時在一事一議籌資籌勞具體操作中，“會難開、事難議、議難決、決難行”的矛盾較爲普遍。農業基礎設施不足，公益事業發展緩慢，嚴重製約農村經濟發展，影響農村幹羣關係。
四村幹部工作開展難。農業稅全面取消後，村幹部工作任務仍然繁雜，除要完成帶頭創業、發展經濟、調解矛盾等工作任務外，還要用大量的時間、花費較大的精力去努力完成上級政府交辦的其他任務。如代理收取有關款項、招商引資、改水、全民創業、發展有線電視、徵兵等等。每一項任務都參與考覈，都與報酬掛鉤，壓得村幹部喘不過氣來，村幹部往往絞盡腦汁，千方百計，百計千方也難以完成，空耗了時間和精力，甚至最後還不得不透過貸款、借錢去墊付。在這種情況下，村幹部難以有更多的時間、更多的精力、更多的資金去爲羣衆服務。
農村基層組織運轉困難的主要原因是多方面的,有對村級組織運轉存在問題認識不足、重視不夠問題，有改革配套政策不到位問題，也有目前村級管理體制和運作機制存在的問題。
因此，針對農業稅全面取消後村級組織建設中存在的問題，建議各級要理智分析，認真思考，採取切實可行的措施，有效地予以解決，從而保證村級組織的正常運轉。
1、加大上級財政對村級的轉移支付力度。目前村級資金矛盾十分突出，而培植財源又是一個長期的過程，在村級經濟尚不發達且無新的增長點情況下，村級組織既要確保正常運轉，化解各類債務，又要進行農村基礎建設，自我調節能力十分脆弱，難度很大。建議上級在政策、資金、項目、投入等方面給予大力扶持。在確保村級組織運轉資金足額到位的同時，各級財政要劃出專項建設資金重點支援村內農業基礎投入。國家對農業的補貼今後應逐步向村級組織傾斜，向水利、道路建設爲重點的農業基礎設施傾斜，拿出具體的政策措施，真正做到財力下傾，缺口上移。
2、完善“一事一議”籌資籌勞政策。農村稅費改革後，農村基礎資金投入機制發生變化。一事一議籌資籌勞成爲村級基礎設施建設和公益事業投入的主要途徑，因此，建議上級爲一事一議籌資籌勞提供剛性有力的政策支援和法律保障。儘快出臺真正符合農村實際的.一事一議籌資籌勞條例法規，實行依法籌集、民主議決、規範使用。
3、進一步理順村級管理體制。基層黨委、政府要真正轉變政府職能，對村級組織實施正確的領導和指導，其主要精力應當用於指導、支援村級組織發展經濟、搞好服務上。要取消向村級組織下達的不切實際的經濟指標任務，如招商引資、全民創業、協稅護稅等等，更不能把應當由基層政府和有關職能部門完成的任務，交給村級組織去完成，憑空增加村級組織不應有的負擔，甚至掏空村級組織的家底。各級、各部門要切實轉換工作職能，轉變工作作風，採取綜合有效措施爲村級組織工作開展創造必要的條件和良好的環境。要合理劃分鎮村財權、事權，屬於村級資金一分錢不截留，不屬於村級支出範圍的一分線不攤派，需要村級組織服務的要明確責任，不能由村統包統攬，不能把矛盾和難題都甩向基層。否則將會繼續步入惡性循環的怪圈，農村稅費改革將會前功盡棄。
4、扶持村級經濟發展。解決農村稅費改革後所面臨的問題和矛盾，歸根到底是要發展村級集體經濟，這是確保村級組織良性運轉的根本出路和最佳良策。要研究出臺扶持發展村級經濟具體的優惠政策，想方設法增加村營收入，如鼓勵村級集體經濟組織開展土地整理，增加的有效耕地面積由村集體經濟組織經營，收入歸集體經濟組織所有；對村集體經濟組織有關項目增加信貸投入，提供稅收優惠。對涉農項目開發資金應直接補助到村等。
5、積極探索多種途徑發展村級公益事業，努力形成多元化的農村公益事業投入機制。要嚴格區分自願捐資與加重農民負擔之間的政策界限，對農民直接受益的村組公路、農田水利等基礎設施，在農民自願、民主協商、規範運作的前提下，鼓勵農民自力更生，辦好、管好自己受益的公益事業。