1 要做好基建前期工作
1.1 強化基建項目預算管理
首先，基建財務管理意識比較薄弱，財務人員對基建工程方面的知識不熟悉，難以對基建工程實施監管和控制。按照國家投資、基建管理政策的有關規定，進行醫院的重大基建項目決策立項的程序，防止決策程序擅自立項的行爲發生。基建財務在反映基建經濟活動的同時，一定要嚴格執行國家的財經制度，嚴格執行批准的基建計劃，要建立計劃和預算相結合的制度，防止以計劃代替預算、重計劃輕預算等情況的發生，合理確定預算並對預算執行情況進行監督檢查。開立基建專戶，統一管理基建資金，堅持專款專用。儘可能減少中間環節，杜絕擠佔、挪用、截留、轉借資金的現象發生。付款程序要規範，有的票據領導簽過字，財務沒有審覈票據後是否附有合同及資料就付款，有時造成多付工程款。
1.2 基建項目的招投標管理
醫院基建項目實行招投標制度。按照國家規定公開、公正、公平地選擇施工企業，防止暗箱操作，從源頭上保證工程項目質量，爲提高投資效益打下基礎。
2 控制財務風險，發揮工程監理的重要作用
一是實行合同管理制度。按照國家有關規定，基本建設項目應實行合同管理制度，像建設工程的勘探、設計、施工、工程監理都要依法律、行政法規訂立合同，明確質量要求、履約擔保責任和違約處罰條款。作爲財務人員要當好院領導的參謀。需要強調的是工程預付款應按照合同規定支付，而根據有關規定，對工程進度款最多付至施工合同款，餘款待工程全部竣工驗收並經決算審計後再結算，以保證醫院基建資金安全。
二是基建賬務處理的科學管理。覈算方面醫院會計與基建會計混爲一體，財務處理不規範，會計科目混亂，成本覈算弱化。比如基建方面的支出，統一歸集在“在建工程”科目上，收到的財政撥款也在“在建工程”上反映，成本覈算不明確，不利於基建財務人員對基建支出的全面把握，不便於憑證的查閱，日後的審計及決策。沒有按照《基本建設財務管理規定》開設基建專戶，與醫院會計帳戶混在一起，有時擠佔基建資金，不能有效地保證基建資金的專款專用。從一項工程的.第一筆款項支出開始，在財務總賬和基建專戶賬同時建立該工程明細科目進行覈算。出納根據合同把關支付工程款。基建會計在月初爲上級領導報送所有工程款支付進度報表，領導隨時可瞭解，做到心中有數。基建會計和財務總賬會計逐一覈對往來基建科目餘額，做到賬賬相符。對於財政撥付的專項資金要在報表中單獨列示，專款專用。
三是嚴格遵守開支範圍和標準，合理節約使用建設資金。根據《基本建設財務管理》的規定，結合基建項目的實際情況制定較詳細的財務開支規定，所有基建工程每筆開支的合法票據還必須有主管院長、基建負責人、經辦人簽字，財務覈對賬目後方可付款。要明確開支報銷的程序，各職能部門的職責及開支權限。
3 竣工後的決算管理和交付使用
固定資產的財務決算管理基本建設工程竣工決算由施工單位在合同約定的期限內完成並交醫院基建處，經基建處初審簽字後交財務部門，財務部門委託造價審計機構進行審計，審計結束後將審計報告和竣工結算，交基建財務人員辦理結算。財務人員認真整理相關工程資料，覈對賬目，做到賬賬、賬證、賬實相符，對應往來賬目清楚，填寫固定資產移交表，經主管院長、基建負責人、交付單位、接收單位簽字後，辦理固定資產移交手續。增加醫院固定資產。覈銷醫院財務總賬與基建專戶的往來賬目。
4 基建財務管理中應注意的其他問題
(1)提高會計人員的綜合素質，強化基建財務的會計覈算。
設立合理的機構，開設基建專戶，建章立制。建設指揮部下設工程部、辦公室，新設基建財務科、內部審計科、材料採購科，各部門各司其職，並制定各部門工作職責和制度。工程部對外招聘基建方面的專家，確保工程高質量，安全完成。根據《基建建設財務管理規定》設立獨立的財務管理機構，單獨開設基建專戶，專款專用。並選派業務水平高、會計職業道德好的人員負責財務工作，設財務科長、會計、出納各一名。建立科學的、完整的基建會計覈算體系。選用合理的基建財務軟件，結合事業單位的特點，進行完善會計科目、報表體系，合理設定項目的成本覈算的對象，細化覈算。如投資項目明細按建設投資項目和施工單位設定，建設項目分人防工程，消防工程，暖通工程，土建工程，排水工程，住院樓、醫技樓、門診樓、行政樓等。建築工程投資、設備投資、應付工程款都按項目供應商覈算。“建築工程投資××建設項目××施工單位”。待攤投資下設：建設單位管理費，土地徵用及遷移補償費，勘探設計費，借款利息，水電費等。基建項目的每一筆支出都科學地在基建帳戶明細科目上反映。有利於成本項目的細化覈算，控制成本，基建會計的專業性強，財務人員要加強業務培訓，掌握基建工程方面的知識，要熟悉工程預決算中各種定額和費用標準，多渠道、多層次地提高素質和業務水平，拓寬知識面，隨時瞭解市場行情、工程造價、進貨渠道等資訊，還要熟悉有關的法律、法規、方針、政策。
(2)充分發揮內部審計部門和社會審計機構的監督作用。
在醫院的基本建設項目中，內部審計部門的監督作用要貫穿始終，實行全過程、全方位的監督管理。針對基建資金管理的特點，建立內審機構，加強和完善內控制度，防止舞弊，及時發現各個環節存在的問題，向醫院領導提出相應改進措施。建立健全財務監督制度，加強工程開工前和施工中的監督管理，建立醫院部門監督、財務人員監督和羣衆監督相結合的監督體系。內部審計人員必須認真履行職責，重點對基建計劃和預算的編制、資金的籌集和按工程進度付款、工程合同和材料招標採購、工程竣工決算等環節實行審計監督。委託社會中介機構進行審查，讓具有專業素質的工程造價師和審計師參與進來，合理確定項目投資總額，確定建設成本的真實性、合法性，儘可能地減少了醫院的經濟損失。嚴格遵守基建開支範圍和標準。根據《基本基建財務管理》規定，結合實際情況制定較爲詳細的財務開支規定，根據建設項目總概算安排，嚴格按開支標準和範圍加以控制，尤其是單位管理費，所有基建工程每筆支出都要有合理票據。加強項目開支管理，才能保證項目按計劃、按時、保質保量完成，節約開支，提高效益。