一、高等學校會計覈算制度存在的問題分析
1.高等學校會計基礎選擇問題
會計覈算首先要明確會計基礎。關於高等學校的會計基礎，新制度規定：“高等學校會計覈算一般採用收付實現制，但部分經濟業務或者事項的核算應當按照本制度的規定採用權責發生制”。從上述規定可以看出，高等學校會計覈算應該以收付實現製爲主，部分經濟業務或事項的核算可採用權責發生制。這就存在一個問題：到底哪些經濟業務或者事項的會計覈算可以採用權責發生制呢？新制度中對此並沒有作出明確的規定。然而，從目前我國財政體制改革的要求來看，高等學校有關財政資金收支的經濟業務會計覈算應當採用收付實現制基礎，而非財政資金收支經濟業務會計覈算則可以採用權責發生制基礎。2010年12月財政部修訂印發的《醫院會計制度》（財會[2010]27號）中就作出了明確的規定，醫院會計採用權責發生制基礎，但財政資金收支業務仍然採用收付實現制。本文認爲，財政部有必要效仿《醫院會計制度》的做法，在《高等學校會計制度》中對這一問題加以明確。同時，要求高等學校在財務報表附註中披露非財政資金收支業務或事項覈算具體採用的會計基礎，即權責發生制還是收付實現制。
2.高等學校會計科目設定問題
新制度中設定了“應收賬款”、“預付賬款”、“存貨”以及“預收賬款”等資產負債類科目，這些科目均爲權責發生制會計覈算下的產物。本文認爲，如果高等學校會計覈算採用收付實現制基礎，就無需設定以上會計科目。例如，採用收付實現制，高等學校購買存貨支付的價款，就應該計入“教育事業支出”、“科研事業支出”、“行政管理支出”、“後勤保障支出”、“離退休支出”等支出類科目，而不應該計入“存貨”科目。但新制度中對購入存貨卻作出了這樣的會計處理：借記“存貨”科目，貸記“財政補助收入”、“零餘額帳戶用款額度”、“銀行存款”等科目。如前所述，高等學校財政資金收支業務會計覈算應當採用收付實現制基礎。由於“財政補助收入”、“零餘額帳戶用款額度”科目覈算的是財政資金收支業務，新制度中對於存貨的會計處理容易讓人誤解爲：“存貨”科目覈算也可以體現收付實現制會計基礎的要求。我們知道，如果“存貨”科目覈算能夠體現收付實現制會計基礎的要求，那麼“存貨”科目期末餘額需要在資產負債表日結轉入相關支出類科目，但新制度並未對“存貨”科目作出這樣的會計處理規定。新制度中“應收賬款”科目的核算也體現了權責發生制會計基礎的要求。根據新制度，高等學校發生應收賬款時，應借記“應收賬款”科目，貸記“事業收入”、“經營收入”等科目。由於收付實現制是以現金收到或付出爲標準來確認收入實現和費用發生的，因此在收付實現制下，高等學校只有在實際收到款項時才能確認收入的實現，沒有收到款項就不應該確認收入。由此可見，新制度中“應收賬款”覈算體現的是權責發生制的要求。同理，“預付賬款”、“預收賬款”科目覈算也體現的是權責發生制的要求。然而，新制度有關這兩個科目的會計處理卻讓人難以理解。例如，新制度規定高等學校發生預付款時，應借記“預付賬款”科目，貸記“財政補助收入”、“零餘額帳戶用款額度”、“銀行存款”等科目。這樣的會計處理意味着需要採用收付實現制會計基礎進行覈算的財政資金收支業務也可透過“預付賬款”科目來覈算，而“預付賬款”科目覈算卻並不符合收付實現制的要求。
3.高等學校會計業務覈算問題
3.1固定資產、無形資產覈算問題
（1）不同會計基礎選擇下“固定資產”、“無形資產”覈算問題
爲兼顧高等學校預算管理與財務管理需求，新制度將權責發生制引入固定資產和無形資產覈算，創新性地引入了固定資產折舊和無形資產攤銷制度，這無疑有利於更真實地反映高等學校固定資產和無形資產的賬面價值，符合“實物管理與價值管理相結合”的國有資產管理原則。但新制度同時規定高等學校固定資產和無形資產覈算採用“虛提”折舊和攤銷的模式（即計提的固定資產折舊和無形資產攤銷衝減淨資產“非流動資產基金”，而非計入當期支出），這實質上體現的是收付實現制會計基礎的核算要求。如果高等學校選擇採用權責發生制覈算經營業務，那麼用經營收入資金購買固定資產或無形資產的價款，應直接確認爲固定資產或無形資產成本而非計入當期支出，但計提的折舊或攤銷則要計入當期支出。所做賬務處理應爲：按照購買固定資產或無形資產支付的價款，借記“固定資產”、“無形資產”科目，貸記“銀行存款”等科目；按照計提的折舊或攤銷金額，借記“經營支出”等科目，貸記“累計折舊”、“累計攤銷”科目。
（2）固定資產折舊年限問題
新制度雖然創新性地引入了高等學校固定資產折舊制度，但僅僅對固定資產計提折舊的範圍進行了界定，而並未對高校固定資產計提折舊的年限作出具體明確的規定。這就意味着在省級財政部門、主管部門未對高等學校固定資產折舊年限作出統一規定的情況下，各高校可自行決定固定資產折舊年限，這在一定程度上導致了高校會計資訊不可比。需要看到的是，雖然新的《醫院會計制度》（財會[2010]27號）和《科學事業單位會計制度》（財會[2013]29號）中也沒有明確規定固定資產折舊年限，但該制度實施後財政部和教育部曾單獨發文對其進行了統一規定。例如，對於傢俱、用具，醫院規定折舊年限爲5年，而科學事業單位規定折舊年限卻爲10~15年，不同行業同類固定資產折舊年限規定相差較大。因此，爲提高高校會計資訊可比性，加強高校固定資產價值管理，財政部和教育部應儘快明確各類固定資產折舊年限。
3.2不同會計基礎選擇下“在建工程”覈算問題
新制度規定，“在建工程”科目覈算高等學校已經發生必要支出，但尚未完工交付使用的.各種建築（包括新建、改建、擴建、修繕等）和設備安裝工程的實際成本。高等學校與施工企業結算工程價款時，按照實際支付的工程價款，借記“在建工程”科目，貸記“非流動資產基金——在建工程”科目；同時，借記“教育事業支出”、“科研事業支出”、“行政管理支出”、“後勤保障支出”、“經營支出”等科目，貸記“財政補助收入”、“零餘額帳戶用款額度”、“銀行存款”等科目。實務操作中，高等學校在與施工單位辦理工程竣工結算時，還需要扣留施工單位5%的工程質量保證金。因此，如果採用收付實現制會計基礎進行覈算，那麼“在建工程”科目覈算的並非確認的工程成本，而是高校實際支付給施工單位的工程價款。這樣一來，尚未支付的那部分工程價款也就無法體現爲“非流動資產基金——在建工程”，與新制度中“在建工程”科目覈算的相關規定明顯不符。
二、進一步完善高等學校會計覈算制度的相關建議
1.對明確高等學校會計基礎的建議
會計基礎選擇直接影響到會計覈算，因此新制度中有必要對會計基礎加以明確。建議新制度明確規定，財政資金收支業務會計覈算採用收付實現制，而非財政資金收支業務會計覈算既可採用收付實現制，也可採用權責發生制基礎。在新制度無法具體規定哪些業務或事項採用權責發生制的情況下，建議規定高等學校對採用權責發生制覈算的業務或者事項，應當在財務報表附註中進行披露。
2.對明確高等學校會計科目設定的建議
會計基礎決定會計科目設定及會計覈算行爲。爲便於高校會計覈算，建議新制度具體明確規定到底哪些科目是專門適用於權責發生制會計覈算基礎的，同時規定爲採用權責發生制基礎設定的會計科目不能用於採用收付實現制覈算的有關經濟業務或事項。
3.對解決高等學校會計覈算問題的建議
3.1對解決高等學校固定資產、無形資產、在建工程覈算問題的建議
新制度中有關“固定資產”、“無形資產”、“在建工程”科目的會計處理體現的是收付實現制的核算要求。由於新制度引入了固定資產折舊和無形資產攤銷制度，即將權責發生制引入了固定資產、無形資產覈算中。建議對“固定資產”、“無形資產”、“在建工程”科目分別作出採用收付實現制基礎和權責發生制基礎的不同會計處理規定。採用權責發生制覈算固定資產、無形資產、在建工程，應在資產取得時，借記“固定資產”、“無形資產”、“在建工程”科目，貸記“銀行存款”等科目；計提固定資產折舊和無形資產攤銷時，借記“教育事業支出（非財政專項資金支出）”、“後勤保障支出（非財政專項資金支出）”、“經營支出”等科目，貸記“累計折舊”、“累計攤銷”科目。
3.2對解決高等學校固定資產折舊年限問題的建議
從醫院和科學事業單位固定資產折舊年限規定可以看出，不同行業同類固定資產折舊年限也相差較大。爲統一規範高等學校固定資產計提折舊行爲，確保各高校會計資訊可比且真實可靠，財政部和教育部可參照醫院和科學事業單位的做法，單獨發文統一規定高等學校各類固定資產的折舊年限。而在目前財政部和教育部尚未發文進行統一規定，但新制度又要求對固定資產計提折舊的情況下，各高校可參照《關於執行〈科學事業單位財務制度〉有關問題的通知》中對固定資產折舊年限的規定並遵照稅法規定的可以稅前抵扣的最低折舊年限要求，結合本校固定資產實際情況，確定各類固定資產折舊年限，待財政部和教育部統一發文規範高等學校固定資產折舊年限後再對其進行相應的調整。