《事業單位會計準則（試行）》和《事業單位會計制度》從１９９８年１月１日起開始執行，並將據此頒佈實施特殊行業事業單位會計制度。這標誌着我國社會主義市場經濟體制下的事業單位會計法規體系的初步建立和啓動。此次事業單位會計改革涉及的範圍之廣、觸及的層次之深、變化的內容之多，是建國以來最大的一次會計模式性變革。在新舊事業單位會計模式轉換之際，爲使廣大事業單位財會工作者儘快理清改革基本思路，掌握改革基本內容，爲正確的核算操作提供指導，筆者試從七個方面對事業單位會計改革加以介紹。
一、與行政單位會計分離，形成獨立的事業單位會計體系改革前，事業單位和行政單位統一執行財政部１９８８年頒發的《事業行政單位預算會計制度》。隨着社會主義市場經濟體制的建立和發展，事業單位和行政單位的區別越來越明顯。從它們在國民經濟中的作用看，事業單位主要用精神產品和各種勞務形式，以實現社會效益爲宗旨，向社會提供生產性或生活性服務。行政單位主要是行使國家行政職能，從事國家管理。由於二者在國民經濟中的作用不同，造成它們在社會主義市場經濟中的地位和收入對市場的依賴性不同。事業單位是市場經濟的參與者，要參與市場競爭，行政單位是市場經濟的組織指揮者，不能參與市場競爭；事業單位可以根據自身的特點、優勢，從市場中取得發展事業所需的收入，行政單位則不能依靠權力從市場中謀取收入，只能依靠財政撥款來滿足支出需要。由於事業單位收入的相當大部分甚至全部來自市場，也引起會計覈算的許多方面與行政單位不同。所以，就不能像過去計劃經濟那樣，以經費來源都是財政撥款爲標誌，將它們劃歸一種類型，統一執行一個《事業行政單位預算會計制度》，應該分別執行《事業單位會計制度》和《行政單位會計制度》。
二、採用“準則”加“制度”，並用“準則”和“通用制度”規範、指導特殊行業制度的法規模式會計準則在我國會計法規體系中居於承上啓下的中間環節。會計制度對會計工作的規定比較明確具體，可直接據以進行會計操作，而準則比較概括、抽象和原則，具體操作還必須依照準則要求制定的會計制度。我國現行的會計準則分爲企業會計準則和事業單位會計準則。我國的財政總預算會計和行政單位會計，由於計劃性、統一性很強，由財政部直接制定會計制度即可，勿須制定會計準則。而事業單位涉及的行業多，在社會主義市場經濟條件下，其經濟業務的規模、方式、對市場的依賴程度和核算的要求等方面都差別較大，需要依據“準則”制定通用事業單位會計制度和特殊行業事業單位會計制。新的《事業單位會計制度》，就是通用的事業單位會計制度。它依據《事業單位會計準則（試行）》制定，供非特殊行業事業單位執行，並對制定特殊行業事業單位會計制度起示範性作用。特殊行業事業單位會計制度主要有：科研單位會計制度、醫院會計制度、高等學校會計制度、藝術表演團體會計制度等。事業單位會計採用“準則”加“制度”，“通用制度”示範“特殊行業制度”的模式，是這次事業單位會計改革的一項創新，它適應事業單位行業多、差別大的實際情況。
三、會計記帳方法改資金收付記帳法爲借貸記帳法事業單位出於自身發展的需要，各事業單位之間、事業單位與其他經濟單位之間相互投資，創辦經濟實體。這些投資參股業務要求會計覈算增強主體觀念，國有資產得以保值和增值，並且要求事業性收支與經營性收支相對分開，對經營性業務要採用權責發生制和配比原則，以便分別考覈盈虧。上述這些是資金收付記帳法難以作到的。而借貸記帳法是國際上通用的、與市場經濟原則相融合的一種記帳方法，能夠利用其帳戶分類、記帳規則和試算平衡去滿足市場經濟條件下經濟業務的各種要求，並克服了資金收付記帳法帳戶分類、記帳規則和試算平衡不適應市場經濟要求的`缺陷。
四、取消全額、差額和自收自支三套會計科目，制定一套事業單位通用會計科目新的《事業單位會計制度》，設定一套通用會計科目，取消原全額、差額和自收自支三套會計科目，是因爲１９９７年１月１日執行的《事業單位財務規則》，將原事業單位實行的全額、差額和自收自支三種預算管理形式，改爲一種預算管理形式：即對所有事業單位實行“覈定收支、定額或者定項補助、超支不補、結餘留用”一種預算管理形式。作爲通用事業單位會計制度的重要組成部分——會計科目，必然要反映財務管理制度的這一要求，用一套會計科目來覈算一般事業單位的經濟業務。