經過三年多時間的努力，財政部於１９９７年５月和７月分別發佈了《事業單位會計準則》和《事業單位會計制度》，並規定該準則和制度於１９９８年１月１日起在全國範圍內實行。將財政部原制定發佈的自１９８９年１月１日起實行的《事業行政單位預算會計制度》（以下簡稱《原制度》），與這次新制定發佈的《事業單位會計準則》和《事業單位會計制度》（以下簡稱《新制度》）作一比較，可以歸納出事業單位會計在以下１０個方面發生了重大的改變：
１．會計工作的法規體系有所改變
原事業單位會計工作的法規體系爲：《會計法》→《事業行政單位預算會計制度》；新事業單位會計工作的法規體系爲：《會計法》→《事業單位會計準則》→《事業單位會計制度》。也即事業單位的會計法規在會計制度這一層次上已與行政單位會計法規相分離，並採用“準則”加“制度”的規範模式。事業單位會計制度與行政單位會計制度相分離的主要原因，可以歸納爲這樣幾個方面，即事業單位與行政單位：
（１）性質不同。即事業單位屬於公益性質，行政單位屬於政權性質。
（２）經濟業務活動的內容不同。即事業單位主要從事事業活動，生產精神產品；行政單位主要從事行政活動，維持社會運轉。
（３）財務管理的要求不同。即事業單位可以嚴格實行“覈定收支，定額或者定項補助，超支不補，結餘留用的預算管理辦法”，預算一旦確定，一般不予調整；但行政單位則可能不一定能嚴格實行如事業單位的這種預算管理辦法，可能需要根據行政管理情況的變化，適當增加預算的彈性，國家不能一天沒有行政管理。
（４）對市場的依賴程度不同。即事業單位，尤其是有條件走向市場的事業單位，其對市場的依賴程度要比行政單位大，也即事業單位可能會有一筆數字較大的事業收入；但行政單位沒有相應的“行政收入”，只有財政撥入經費。
（５）收支情況複雜程度不同。即事業單位收入來源多渠道，如有財政補助收入、上級補助收入、附屬單位繳款、事業收入、經營收入等渠道，支出使用多用途，如有事業支出、經營支出、對附屬單位補助、上繳上級支出等用途；而行政單位收入的來源主要依靠財政撥款，一般只有撥入經費和預算外資金收入，支出也主要是用於行政管理方面的支出，一般只有經費支出，行政單位一般要求與所屬經濟實體脫鉤。事業單位實行“準則”與“制度”規範模式的主要原因，可以歸納爲：
（１）事業單位涉及的行業較多，如科研、教育、文化、衛生、體育等，各行業在經濟業務內容、活動方式、對財政撥款的依賴程度、會計覈算的要求和會計管理水平等方面差別較大，必須有較高層次的會計準則規範，以確保各行業會計資訊的真實性和可比性。
（２）會計準則由於其層次較高，因此，內容不可能具體，爲便於實務工作者實際操作，就有必要再根據準則制定制度，制度就比較詳細具體，基層單位可以依照其規定具體操作。改革後的事業單位會計工作的法規體系更加完善。
２．會計與財政的關係有所改變在《原制度》中，將會計覈算與財務管理的內容混合在一起，如“第四章貨幣資金的核算與管理”，“第五章全額預算收支的核算與管理”，“第六章預算外收支的核算與管理”等等，內容雜亂。在《新制度》中，着重規範了會計覈算工作，突出了會計覈算的方法，而將財務管理的要求全部納入《事業單位財務規則》和有關行業財務制度中。這樣，《事業單位會計準則》和《事業單位會計制度》與《事業單位財務規則》和行業財務制度兩者相輔相成，相得益彰。透過改革，會計與財務的關係得到了理順。
３．會計主體有所改變在《原制度》中，將事業單位的會計主體認爲是預算資金活動，即“以預算資金活動作爲記賬主體”。這使得事業單位變成了是國家財政的一個報銷單位，事業單位加強自身經濟管理的觀念淡薄。《事業單位會計準則》第四條明確規定“會計覈算應當以事業單位自身發生的各項經濟業務爲對象，記錄和反映事業單位自身的各項經濟活動。”這就從概念上明確了事業單位是一個會計主體。事業單位會計主體的確立，有利於事業單位加強自身的經濟管理，提高資金使用效益，同時也有利於事業單位以主體的身分參與市場競爭，謀求自身發展。可以認爲，事業單位會計主體地位的確立，是這次事業單位會計改革的最主要的內容之一，事業單位會計要素的改變、會計覈算平衡公式的改變、預算內外資金覈算方法的改革以及會計報表的改變等，都在某種程度上體現了事業單位的會計主體地位。