預算會計改革既借鑑了企業會計改革的成功經驗,又保持了預算會計獨特風格；既保留了傳統做法，又增添了新的內容。總的講，《事業單位會計制度》.與《事業單位預算會計制度》相比發生了較大變化，其變化大體體現在以下六個方面：
一、統一了記帳符號，確立了收付實現制和權責發生制相結合的記帳基礎。
新制訂的《事業單位會計制度》中“事業單位會計準則”第八條和第十六條明確規定“事業單位會計記帳採取借貸記帳法，會計覈算一般採用收付實現制，但經營性收支業務覈算可採用權責發生制”,這就從制度上規定了事業單位記帳方法,革除以往收付、增減、借貸等多種記帳符號並存的格局。採用統一記帳符號，不僅規範了事業單位記帳規則，而且也符合國際通行做法，便於教材編寫、報表口徑、帳冊、憑證印製相統一。
二、歸併了會計科目，建立了統一的會計科目體系。
原預算會計科目均以預算管理形式劃分的。新制訂的《事業單位會計制度》打破了按預算形式設定會計科目的格局,本着簡化、實用的原則設定了統一的會計科目，減少了科目數量，由原來三種預算形式的95個科目簡化歸併爲現行通用的42個科目，並按照資產、負債、淨資產、收人和支出五大類設定了統一的編碼，以便加快電算化進程，有利於電算化操作，同時也符合事業單位精簡、高效、統一的核算要求。
三、打破了預算管理形式，建立了“覈定收支、定額或定項補助”的財政供給機制。
原制度規定行政事業單位採取全額、差額、自收自支的預算管理形式，從而鼓勵了單位創收意識，在一定程度上緩解了財政資金供求矛盾，爲促進經濟發展和平衡財政預算起到了積極作用。但也使一些單位養成惰性和伸手向上的思想，總躺在原體制上吃安穩飯。新制訂的《事業單位會計制度》打破了大包大攬的硬性供給模式，改過去的不同預算管理形式爲“覈定收支、定額或定項補助”的預算管理形式?這一形式無論從量上或範圍上都沒有規定性，具有一定的彈性，預算均視單位事業發展需要和單位創收以及財力狀況而定，財政部門有很大的主動性，克服了以往無論單位創收高低，財政撥款一分不少的被動局面。
四、打通了預算內外界線,建立了“大預算”的管理模式。
原制度在資金管理方式上嚴格區分預算內外，其分配主體也有所不同，預算內則主要透過國家財政分配，而預算外則主要透過單位自收自支，財政加以監督，其資金整體效益難以發揮。新制訂的《事業單位會計制度》本着預算內外資金相統一的原則做了如下規定：首先界定了事業單位開展業務及其活動依法取得的非償還性收人，這裏既包括了財政補貼收入也包括了單位依據法規收取的收人；其次規定了事業單位收人全部納人單位預算，統一覈算，統一管理;其三在收人類別劃分上是按照收入的來源渠道和具體內容劃分的，而不是按預算內外劃分的。這些足以說明在收入上是按照“大收入”、“大預算”的要求框定的，符合綜合財政預算的要求。
五、重新確立了會計要素。
新制訂的《事業單位會計制度》將事業單位會計要素原來的資金來源、資金運用、資金結存三大類分爲資產、負債、淨資產、收入和支出五大類，克服以往僅以資金來源運用總量考察其來龍去脈,沒有從單位資金擁有量和效益去考察，對單位負債和效益狀況不能總括地全面反映的弊端。新制訂的會計要素體系，從會計要素的基本內容上不僅能反映資金來源.、運用及其來龍去脈情況.而且還能反映單位負債總量和償債能力以及單位資金使用效益情況。同時還能透過資產運動增減變化及結餘情況直接考察單位淨資產和基金情況，及時反映出單位一定時期內盈餘水平和負債率。
六、改革了傳統的收支餘報表結構，建立以資產負債表爲主及其附表在內的報表體系。
新制訂的《事業單位會計制度》報表設計上改革了傳統的差額平衡式爲直接平衡式，建立以資產負債表、收入支出表、事業支出表、經營支出表在內的報表體系。透過會計要素將資金劃分爲資產和負債兩大部類，左右兩邊形成對等關係，僅從“資產負債表”列示數據就能分析考察出單位資產總量、負債率、淨資產、償債能力以及當期收支規模，無論從動態還是靜態都能一目瞭然，是一套較爲科學、嚴謹、完整的.報表體系。同時還透過“收人支出表”及其附表全面反映年度累計收支及事業經營收支，內容完整清晰。
總之，新制訂的預算會計制度的實施，是事業單位財務管理建設的重要成果，它標誌着事業單位財務改革在新形勢下又取得了新的突破。新制度對於加強事業單位的財務管理，合理有效利用資金，調動單位的積極性，增強事業單位責任感有重要的意義和作用。
首先，從上述預算會計制度改革的六個方面來看，這次預算會計制度改革的根本目的概括起來就是:使事業單位儘快適應社會主義市場經濟體制的新形勢，進一步明確事業單位的事權和財權及其相互關係，規範財政資金的供應範圍，促使事業單位面向市場、自我積累、自我發展，同時使財務管理制度更健全，充分實現財務管理的制度化、法制化，從而提高事業單位的財務管理水平。
其次，新制度的嚴密性、科學性、規範性與當前新形勢的需要緊密聯繫，有效地建立了事業單位全新的核算機制。概括起來有如下四點：第一，新制度繼承了以往事業單位舊制度中的一些科學、合理的內容，又根據新形勢的要求，發展、創新、創造性的提出了取消全額、差額、自收自支三種預算管理形式，採取覈定收支、定額或者定項補助的預算管理辦法。第二，借鑑企業財務管理改革的經驗、做法，根據事業單位特點，制定了嚴密、系統的會計制度，可操作性強。例如:根據事業單位資金來源多元化的新情況，確立了事業單位大收入概念，將事業單位在財政撥款之外的收人，全部納入單位預算中，統一覈算，統一管理。第三，對事業支出劃分爲事業支出、經營支出、對附屬單位補助支出、上繳上級支出，使事業單位開展正常業務的支出即事業支出能夠單獨、準確的反映，體現了新制度的科學性。第四，新制度的實施對於進一步加強事業單位的財務管理，促進預算事業單位發展，將發揮重要的作用。同時，新制度對於規範和加強事業單位的財務管理，提高事業單位資金使用效益，促進事業單位進一步深化改革起到了積極的作用。