隨着財稅制度改革的深入，收益和應稅所得差異有逐漸擴大的趨勢，這爲日常會計覈算和稅款徵收增大了難度，其突出表現，一是所得稅納稅申報表調整項目過多，會計人員很難按稅法的意圖填列納稅申報；二是所得稅會計只反映兩者差異形成的結果，沒有反映形成的過程；三是許多稅務處理在會計覈算中無法得到合理的反映。
一、會計收益與應稅所得差異的
由於財務會計與稅法服務的對象和目的不同，會計收益與應稅所得不可能強求一致。財務會計根據權責發生制確定會計收益，其目的是儘可能精確地的經營成果，以利財務會計對外報告的要求，爲投資者和債權人提供決策的依據。而稅法則是根據國家實現其權力的需要，確定應稅所得，以保證國家機器正常運轉所需要的財政收入。從形成原因分析，會計收益和應稅所得差異主要有以下幾個方面：
1、時態性差異。我國會計覈算體系直接面對WTO規則和國際市場，正與國際會計準則接軌。因而，會計覈算體系的制定，具有明顯的超前性和突發性。而在稅法制定方面，國際上並不存在統一的標準，也就不存在與國際接軌的。我國現行的稅法制度，是從原有的稅收制度中逐漸演化而來的，考慮了國情的需要。很明顯，從時態上看，會計覈算體系改革的步伐已經遠遠超過稅法改革，從而形成較大的時滯差異。這種差異由於其存在的客觀性和複雜性，在較長的時期內還無法協調一致。
2、制度性差異。這是由於兩者制定的基礎和標準不同而引起的。在財務會計制度下，會計收益（稅前會計利潤）等於會計收入扣減相應的會計費用；在稅收制度下，應稅所得等於應稅收入減去法定扣除項目。在各項目確認的基礎和標準上，兩者存在明顯的不同：稅收制度對應稅收入的確認同時存在兩個標準，即權責發生制和收付實現制，如經營性應稅收入確認主要按權責發生制，投資性應稅收入按收付實現制；扣除項目實行標準扣除制（標準內據實扣除，超過標準的'部分不允許扣除）。財務會計制度的確認通常只按權責發生制，費用確認也採用據實扣除制。在市場經濟條件下的應稅收入和會計收入都應是透過市場實現的物質利益，但現實中，納稅人住往在僅生產出產品、尚未實現銷售（或會計上已作了銷售收入處理）、並沒有產生實質性的物質利益流入的情況下，按稅法規定必須納稅。這樣的處理，儘管確保了稅收收入，但對納稅人的生產經營及現金流轉很大。筆者認爲對這種差異應在不違背立法意圖的前提下儘量減少。
3、意圖性差異。由於兩者服務對象和目的的分離，稅法以服務於國家利益爲主要出發點，執法的強制性爲其主要持徵；會計以服務於企業主體利益爲主要出發點，穩健性和靈活性是其主要特徵。在現實中，口徑不同是兩者最主要的表現。這種差異的存在可能產生兩種後果：一種是與國家產業政策相符，稅法給予納稅人合理的稅收籌劃空間，納稅人可以充分利用，如稅收優惠期限；另一種是與國家立法意圖相違背，這就是企業通常所說的“合理避稅”，而透過稅法的健全，這種差異可以不斷減少。
二、會計收益和應稅所得差異協調的必要性
1、會計人員身份雙重性的要求。企業的日常會計覈算和納稅申報，主要由會計人員完成。一方面，會計人員在日常的會計處理上，並不考慮納稅調整的要求，而以會計準則爲依據，客觀公正地反映企業的財務成果，滿足企業對外提供會計報告的要求；另一方面，企業會計人員在會計覈算的同時要提供所得稅的徵收依據，納稅時再根據稅法的規定，透過填制所得稅納稅申報表，進行賬外調整，計算出應稅所得和應交所得稅，滿足納稅的要求。由於會計人員身份的雙重性，在實務操作中，爲了提高日常會計覈算和稅款徵收的效率，減少會計覈算工作量，他們迫切要求對會計收益和應稅所得的差異進行協調。
2、提高稅收徵管效率的要求。稅法的制定，無論理論上多麼完善，具體都要落實到稅收徵管上。在所得稅的徵管上，根據成本效益原則，徵稅成本和納稅成本的提高，稅收徵管效率會下降；若稅收成本接近應納稅額，此時稅收徵管已經沒有必要。在現行稅收制度下，所得稅的徵收制度仍然是納稅人自行申報、稅務機關審查覈定，必然存在會計收益與應稅所得之間的調整。如果兩者差異過大，會使調整項目過多，納稅人需要增設相應的賬簿體系才能滿足納稅要求，造成納稅成本高；另一方面，由於企業和稅務機關利益的相對獨立，徵稅機關還需進行相應的審覈，兩者差異越大，審覈成本越高。
3、資訊資源共享的要求。資訊相對於其他經濟資訊而言，具有可靠性強、獲取成本低等特點，它能全面、系統地反映的財務狀況和經營成果，就成爲稅款徵收的主要依據。現行會計收益與應稅所得之間的差異過大，並且在賬外進行調整，實際上就等於放棄了現成的會計資訊，這種調整的合理性和可靠性值得懷疑。兩者差異的協調，可使會計資訊同時滿足納稅和徵稅的要求，不僅有利於降低稅收成本，而且使納稅依據的可靠性增強，會計資訊的相關性提高。
三、會計收益與應稅所得差異協調的對策
會計收益與應稅所得差異的協調是涉及所得稅稅收制度、會計制度和稅收徵管制度的配套改革，是一項複雜的系統工程。儘管在當前的情況下，兩者協調的難度極大，但筆者認爲局部的協調仍是必要的和可行的。由於持續經營下會計覈算體系相對比較健全，而所得稅制度相對比較滯後，因而調整的基本思路是，所得稅法律制度改革應適應會計制度改革的要求。從看，兩者差異的協調主要包括以下幾點：
一是所得稅體系中應稅收入確認標準應採用權責發生制，成本費用扣除應採用據實扣除制。從表面上看，這樣做會在一定程度上減少所得稅稅基，減少財政收入，但我國所得稅的原則是效率優先、兼顧公平，而收入、費用確認標準的統一，可以實現納稅成本和徵稅成本的降低，減少對納稅人的衝擊，從而提高稅收徵管效率。另一方面，差異的減少，也有利於會計資訊發揮相應的作用。
二是所得稅法律語言的會計化。我國在制定具體的稅收措施時，只考慮了納稅對象與其經濟活動的，而忽視了這些對象與內容的載體特徵，即會計語言的特徵。如對於會計上的非貨幣性交易，稅法上稱爲資產置換，兩者經濟內容完全一致。因而在稅收立法上，必須重視法律語言的會計化，相同的經濟內涵儘可能採用同一會計語言，避免不必要的差異，以減少稅款徵收的難度和主觀隨意性。
三是規則制定部門應加強溝通。我國會計收益與應稅所得之間的差異，很大一部分是由於兩種規則制定者之間缺乏必要的溝通造成的。我國會計制度的制定者爲財政部會計司，稅收法規的制定者爲國家稅務總局，它們之間的溝通與合作尤其重要。作爲會計制度的制定者，一方面要滿足會計報表的報送要求，另一方面也要儘可能滿足提供納稅基礎資料的需要；作爲稅收制度的制定者，一方面要滿足納稅、徵稅的需求，另一方面也要儘可能與會計保持一致，使得納稅調整項目減少到最低程度，以減少實際徵收的難度。
四是賬外調整項目納入正常會計覈算體系，所得稅會計中對差異的處理，在賬簿記錄上有兩種方式，一種是設定明細賬，另一種是設定備查賬，但都沒有具體的規定。備查賬太多，無法與正常的會計記錄銜接；明細賬不規範，也不利於稅務資訊的交流。只有規範明細記錄，減少備查調整事項，才能透過會計記錄系統地反映納稅、徵稅的全貌。