隨着我國制度和稅收制度改革的深入進行，特別是１９９４年實行的分稅制改革，使我國的稅收制度與會計準則、會計制度的分離越來越明顯，因此，將會計收益與應稅所得之間的差異在財務會計系統外單獨反映的稅收會計便應運而生了。所謂稅收會計是覈算與監督稅收資金運動的一門專業會計。稅收會計與財務會計的差異，對於我國加入ＷＴＯ後與世界接軌，有着非常重要的現實意義。
一、稅收會計與財務會計在目標方面的差異
稅收會計的目標是提供稅收業務資訊，保證國家稅收及時、足額上交入庫和公平稅負，從而在一定程度上防止和減少偷漏稅款的行爲，有利於保護國家稅款的安全完整，滿足國家經濟的需要。它根據國家權力的需要，確定應稅所得的範圍，超過成本費用扣減範圍的要依法徵稅，所提供的業務資訊主要服務於國家稅務部門和經營管理者，稅收會計主要是依法納稅服務。財務會計的目標是爲了保證會計計量及其利益分配的公正、合理、合法，向會計資訊使用者提供有用的經濟資訊以及全面、客觀、真實地反映企業財務狀況和經營成果的財務報告。稅收資金屬於國家所有，稅務機關無權支配和使用，它的取得既不需要償還，也不需要向支付者（納稅人）付出任何報酬和費用（稅收的無償性），它既不周轉，也不增值，因此稅收會計不存在成本與盈虧的核算，會計覈算的目的是透過提供綜合的.稅收業務資訊，控制稅收活動，加強稅收管理。企業資金歸企業所有、支配和使用，企業在生產經營過程中，既要考慮資金週轉，又要考慮價值增值，這就要求會計部門爲企業提供有用的經營資訊，並利用覈算資訊控制企業經營活動，最終達到提高企業經濟效益的目的，爲此，企業財務會計必須覈算經營成本與盈虧，以創造盈利，增加收入。
二、稅收會計與財務會計在依據法規方面的差異
稅收會計是以國家現行的稅收法令、條例爲依據，以穩定的稅收收入爲出發點，採用統一稅收制度確認計稅標準，按照一般會計原則處理各種納稅義務，具有強制性，並隨着國家稅法的不斷完善，處理納稅義務的具體也隨之發生變化。財務會計是依據《企業會計準則》、《企業會計制度》來處理會計事項，企業可根據宏觀經濟狀況、經營對象、經營方式、管理制度的不同對某些相同的會計事項採用不同的會計處理方法，具有自主性。稅收會計更多地體現了宏觀經濟發展的要求，而財務會計主要是滿足微觀企業投資者和經營管理者的需要，體現投資者實現資產保值與增值的需要。
三、稅收會計與財務會計在覈算原則方面的差異
稅收會計在處理企業由於納稅活動而引起的資金運動時，雖然不必完全擺脫財務會計的原理和方法，但兩者在存貨計價、工資支出、捐贈支出、業務招待費支出、折舊方法等方面存在着明顯的差異。稅收會計與財務會計的根本區別是在確認收益的實現時間和費用的可扣減性方面，稅收會計是按照收付實現制與權責發生制合併使用，採用分段聯合制作爲覈算原則。而財務會計主要採用權責發生制的核算原則收益和費用。收付實現制要求納稅人只有在實際收到或實際支付時，才能在年度列報損益或列報費用；而權責發生制則是以收入和費用已經發生爲標準來確定當期收益和費用的一種方法，即只要已經發生了收益與費用，不論是否已經實現，均列入當期收益和費用之中。稅收會計爲了保障稅收收入，便於徵收管理，一般不允許估計收益與費用，要求貫徹稅收剛性的原則，在會計期間內的現金稅金、上解稅金、在途稅金、入庫稅金、提退稅金（包括徵後減免退庫）和損失稅金方面，按照收付實現制進行覈算；在應徵稅金、欠繳稅金和徵前減免稅金方面按照權責發生制進行覈算。財務會計只要求達到真實反映企業財務狀況和經營成果的目的，允許企業在一定情況下對收益和費用進行估計，採用權責發生制覈算企業收益和費用，企業按照會計準則進行會計覈算，呈現出較大的靈活性。
四、稅收與財務會計在資訊處理時間和時間依據方面的差異
在財務會計中，有會計分期的假設。會計分期假設的含義是在持續經營過程中所發生的各種業務可以歸屬於人爲劃分的各個期間。這種因會計需要而劃分的期間稱爲會計期間。在會計實踐中，各國企業會計期間的選擇主要由企業自行確定，會計期間既可以選擇等距離的時間，又可以選擇不等距離的時間。企業選定的會計期間決定了企業對外編制財務報表的時間。由於年度以１２個月，因此企業往往選擇會計年度爲１２個月。會計年度不一定與公曆年度一致，我國《企業會計準則》規定，企業會計年度爲公曆年度即１月１日至１２月３１日。可見，會計期間決定了企業對外編制財務報表的時間間隔。
在稅收會計的實踐中，企業的有關處理應與稅法的要求相一致。從各國的情況看，稅收會計的編制是以財政年度爲基礎的，不同的國家由於、習慣、立法機關召開會議的時間等因素不同，財政年度開始的時間也會不同。如法國、比利時、的財政年度與公曆年度一致；英國、日本、加拿大財政年度從４月１日起到次年３月３１日止；意大利、瑞典、挪威從７月１日起到次年６月３０日止；美國從１０月１日起到次年９月３０日止。在財政年度內，國家一方面要組織財政收入，另一方面要安排財政支出。國家不可能等到全年的財政收入在財政年度末收齊後再安排財政支出。而世界各國企業均以會計年度爲基礎確定應交所得稅，但大都採用在財政年度內預交所得稅、年末結算、多退少補的辦法，由於稅收會計的處理期間與企業財務會計的處理期間並不一定相同，因而造成在資訊處理時間與時間依據上可能出現偏差。
總之，稅收會計與財務會計的差異，既符合中國國情，又符合國際慣例，並且對我國加入ＷＴＯ後會計準則、會計制度的進一步完善和會計的，都具有十分重要的意義。