中國農業可持續發展是一個複雜的系統，我們必須從系統學的角度來考察中國農業可持續發展指標體系。在宏觀上，我們必須考慮到中國農業可持續發展是一個複雜的系統，應根據系統的整體性、動態性、層次性、多樣性等特點，以及系統與要素之間的關係、系統與環境之間的關係來確定建立中國農業可持續發展指標體系的原則和方法。在微觀上，我們必須考慮到中國農業可持續發展指標體系也是一個大系統，具有很強的層次性，在這個大系統中包含着多個子系統，各個子系統包含着許多單個的指標。根據系統的相干作用原理和多樣性特點，我們在建立中國農業可持續發展指標體系時，儘量做到十分全面且不重複。所以，我們在建立中國農業可持續發展指標體系的過程中，必須遵循系統學原理和規律。
1建立全面、科學的中國農業可持續發展指標體系的原則和方法
1.1堅持六個原則
1.1.1堅持系統性原則。我們應把中國農業可持續發展看作爲一個包含社會生產、經濟發展、資源合理利用及保護生態環境的大系統，從這個系統中研究社會發展、經濟發展與資源的開發利用、生態環境保護之間的數量關係界限。透過所設定的指標體系，來反映其中客觀現象的內在聯繫，從而克服就經濟生產孤立地研究經濟生產的傳統統計模式。
1.1.2堅持特殊性原則。同所有系統都具有特殊性一樣，中國農業可持續發展，也具有自己的特殊性。因而，由於各國國情不同，其經濟、技術發展水平不均衡，可持續發展在不同發展水平國家裏有不同的具體內涵和評價標準，因而各國可持續發展指標體系中應有許多不同的實際內容。另外，農業可持續發展有別於工業等其它領域的可持續發展，其指標體系應包含其特定的指標指數。可見，中國農業可持續發展指標體系應該體現上述兩種特殊性。
1.1.3堅持“發展是硬道理”和“兩個根本轉變”的原則。經濟發展是中國農業可持續發展這個系統的核心因素，自中國農村改革以來，農業經濟有了長足的進步，但是與西方發達國家相比仍有很大的差距，人均GDP低，農民人均收入低，且中國農業經濟高速發展走的是一條高投入、高消耗、低產出、低質量的粗放型發展道路，這種發展模式與農業經濟在中國國民經濟中的支柱地位是不相適應的。中國農業要持續、穩定、健康地發展，必須走可持續發展的道路，實現從計劃經濟向社會主義市場經濟、從粗放型經營生產向集約型經濟增長方式的轉變。因此，中國農業可持續發展指標體系應以經濟發展指標爲核心，同時體現“兩個根本轉變”。
1.1.4堅持“計劃生育”和“保護環境”原則。人口和環境是中國農業可持續發展系統的兩個十分重要的因素，中國人口衆多且文化素質低，這種狀況在廣大的農村表現尤爲突出，會給中國農業的發展帶來許多社會問題、資源問題和環境問題。因而實行計劃生育、控制農村人口數量、提高農村人口素質，爲中國農業的可持續發展提供各類進階人才，是我國農業工作中的一項長期政策。另外，由於中國城市環境污染的蔓延和農村的自我污染，農村的生態環境受污染的程度日益嚴重，影響了農業經濟的發展和農民生活水平的提高。所以，中國農業可持續發展指標體系必須體現“計劃生育”和“環境保護”兩項基本國策。
1.1.5堅持合理利用資源原則。自然資源是中國農業可持續發展系統的基礎因素，在我國，自然資源總量是豐富的，但人均量很少，我國耕地資源就是一個明顯的例子。而且我國農業資源還存在利用率低、閒置和浪費的比重大等問題，這就要求中國農業可持續發展指標體系必須體現合理利用資源的重要性。