近年來的研究發現，除美國和英國等少數幾個國家外，世界上大部分國家的股權不是分散而是相當集中的。因此，當代公司治理研究的重點已轉爲控股股東和小股東之間的利益衝突與代理問題。
控股股東對公司的控制，產生了控制權收益。一方面，控股股東具有足夠的激勵去收集資訊並有效監督管理層，從而避免了股權高度分散情況下的“免費搭車”問題。同時，控股股東在某些情況下直接參與經營管理，解決了股東和管理層之間在投資機會、業績表現上的“資訊不對稱”問題。因此，控股股東對公司的控制有助於增加公司價值，使所有股東都能按照持股比率獲得收益。這種收益可稱爲控制權的公共收益。
另一方面，控股股東也有可能以其他股東的利益爲代價追求自身利益，透過追求自利目標而不是公司價值目標來實現自身利益最大化。例如控股股東有可能透過轉移價格、關聯交易等手段獲取鉅額收益，但這些收益並不按持股比例在所有股東之間進行分配，只有控股股東才能享有，因此可稱爲控制權的私人收益。
在實踐中，控股股東一般透過兩種方式獲取控制權的私人收益：一是透過關聯交易轉移公司資產和利潤，如在公司和大股東之間出售資產、簽訂對大股東有利的轉移定價、爲大股東及其附屬企業提供信用擔保等;二是透過定向發行新股、內幕交易、祕密收購等金融交易歧視小股東利益，這被形象地稱爲“掏空”公司。“掏空”公司行爲在新興市場中較爲普遍，甚至在發達國家也時有發生。
控股股東對公司控制的公共收益和私人收益將對公司價值產生兩種相反的效應。一方面，控制權的公共收益有利於降低傳統的代理問題，從而對公司價值產生正向的激勵效應;另一方面，控制權的私人收益則有可能在企業項目選擇、規模擴張、董事任命等重大經營事項上產生代理成本，從而使公司經營偏離利潤最大化的目標，對價值產生負向的侵害效應。
研究假設
控股股東的存在與公司市場價值的關係。
“當控股股東幾乎控制了公司的全部控制權時，他們更傾向於攫取控制權私人收益，而這些收益並不能爲小股東分享”的論點自1997年提出以來，越來越多的學者發現控股股東不利於公司治理。研究發現，在任何一個存在控股股東與小股東利益衝突的地方，都可能存在控股股東對小股東的掠奪。在西歐和東亞兩個地區，企業主要的代理問題是控股股東掠奪外部投資者。
控股股東與小股東之間的代理問題可能出現在二者有利益衝突的任何地方。在新興市場，這類問題尤其嚴重。中國資本市場是一個典型的新興加轉軌市場，發展時間短，保護投資者的相關法律和司法體系還不健全，股權高度集中，控制權市場基本不存在，這些都爲控股股東掠奪小股東提供了方便。
基於以上研究可以假設：有控股股東存在的公司，其市場價值低於沒有控股股東存在的公司(假設1)。
控股股東的.性質與企業價值的關係。
根據控股股東的所有制性質，我國上市公司可分爲國有控股上市公司、民營控股上市公司等類型。在國有控股上市公司中，由於國家股並沒有真正的“人格化”，國家股的股權代表在公司中並不能完全代表國家的利益。作爲國家股的“代理人”――國有資產管理機構，它在公司治理結構中並不是“積極的監督者”，難以對經營管理者做出正確的評價和有效的獎懲，不能對企業實行有效的控制與監督，有時甚至出現所有權虛置缺位的情況，在總體上易導致內部人控制和由此引發的道德風險，從而會對企業的價值產生負面效應。
與國家股不同的是，民營控股上市公司通常是家族控股，控股股東與經營者通常合而爲一。控股股東必然很關注公司中長期的經營發展情況，並以求得良好的股利回報爲目的。即使管理層自外部聘用，控股股東爲了維護自身利益，也有動力對管理層實施嚴格監管。因此，民營控股股東比國有控股股東更具有“經濟人”人格化特徵，在公司治理中成爲“積極的監督者”。
基於以上討論可以假設：國有控股上市公司的市場價值低於民營控股上市公司(假設2)。
研究方法
市場價值指標的定義和描述。
一個公司的市場價值通常表現爲其市場價格。但是，作爲絕對量指標，人們無法根據其絕對價格做出價值判斷，於是便用一些相對價格指標作爲衡量市場價值的工具，託賓Q值即是其中之一。西方經濟學家透過大量實證研究發現，託賓Q值指標對公司的各種資訊具有較好的解釋和綜合能力,具有客觀性且能夠反映新興市場特點。其定義爲：
託賓Q值=公司市值/公司重置成本
其中，公司重置成本用總資產的賬面價值替代，公司市值定義爲普通股市值和債務賬面值之和。爲使該指標更好地反映我國上市公司情況，筆者結合我國實際對該指標做了一些調整。
首先, 2004年之前，我國所有上市公司的股權分爲流通股和非流通股,其中非流通股又有國有股和法人股之別。截至2004年底,國有股和法人股主要採用協議轉讓、拍賣、質押和股權投資等非上市方式流通,其定價原則基本上以上市公司的每股淨資產價值爲基準。因此,筆者認爲，用每股淨資產值表示非流通股的市值較爲客觀。
其次,流通股又分爲A股、B股、H股及其它外資股。由於H股及其它外資股的股價長期接近於每股淨資產,因此,筆者仍以每股淨資產值爲依據計算H股及其它外資股的市值。
於是，原公式調整爲：
託賓Q值=公司市值/企業重置成本=(年末流通市值+非流通股份佔淨資產的金額+長期負債合計+短期負債合計)/年末總資產
其中，年末流通市值=A股流通市值+B股流通市值+每股淨資產×H股等外資股份數;非流通股份佔淨資產的金額=每股淨資產×非流通股份數。
樣本選擇與數據來源。
研究時間爲1997～2004年，樣本包括所有在上海證券交易所和深圳證券交易所上市併發行了A股的公司。其中，1997～2001年，因部分公司資料不全而被扣除。各年被扣除的公司數爲1997年83家、1998年26家、1999年8家、2000年1家、2001年1家。
實證分析中需要的財務數據和第一大股東持股比例、國有及民營控股上市公司的資料等均來自於上市公司上述各年的年報。
樣本分類標準。
按照第一大股東的持股比例，將樣本分爲兩類：第一大股東持股比例達到或超過50%的公司，以及第一大股東持股比例小於50%的公司。前者簡稱爲有控股股東存在的公司，後者簡稱爲無控股股東存在的公司。該分類標準的依據是嚴格意義上的控制概念，即絕對控制。做此分類的原因，是爲了將典型意義上的“一股獨大”公司與其他公司進行分析比較。
根據控股股東所有制性質，我國上市公司可分爲國有控股上市公司、民營控股上市公司等類型。由於我國大多數上市公司是由國有企業改制而成的，所以國有控股公司在我國上市公司中所佔比例最大，達70%以上。近兩年來，民營控股上市公司的數量迅速增加，所佔比例已居於第二位。因此，本文僅選取了國有控股公司和民營控股公司的樣本進行對比。
計算方法及結果。
根據前述託賓Q值計算公式，計算出每個樣本各年度12月31日的託賓Q值，將同一年度末有控股股東存在的公司的託賓Q值進行算術平均，得出該年度末此類公司的平均託賓Q值。同理可計算出各年度末無控股股東存在的公司的平均託賓Q值。
此外，將同一年度末國有控股上市公司的託賓Q值進行算術平均，得出該年度末此類公司的平均託賓Q值。同理可計算出上述各年度末民營控股上市公司的平均託賓Q值(見圖2)。
對各年度所有樣本的託賓Q值進行算術平均，得出該年度所有上市公司的平均託賓Q值。
分析
從圖1的數值比較中可以發現，有控股股東存在的公司，其市場價值的平均值顯著小於無控股股東存在的公司。這個結果支援假設1。圖3中1997～2004年全部上市公司平均託賓Q值可以看出，各年度無控股股東存在的公司的平均託賓Q值均大於當年的平均託賓Q值;相反，各年度有控股股東存在的公司的平均託賓Q值均小於當年的平均託賓Q值。
本文將無控股股東存在與有控股股東存在的兩類公司的市場價值之差與無控股股東存在的公司的市場價值之比定義爲控股股東的代理成本。即控股股東代理成本=(無控股股東存在的公司的市場價值-有控股股東存在的公司的市場價值)/無控股股東存在的公司的市場價值×100%(見表1)，說明控股股東與小股東之間的代理問題近年來更爲突出。
從圖2可以發現，國有控股上市公司的市場價值顯著小於民營控股上市公司。這個結果支援假設2。從圖1和圖2的比較來看，民營控股類公司的市場價值又小於無控股股東存在的公司。
本文將民營控股上市公司與國有控股上市公司的市場價值之差與民營控股上市公司的市場價值的百分比定義爲國有控股股東的代理成本。即國有控股股東代理成本=(民營控股公司的市場價值-國有控股公司的市場價值)/民營控股公司的市場價值×100。以2000年爲界線，2000年之前代理成本的總體水平高於2000年以後。這說明近年來國有控股股東與民營控股股東之間的代理問題已不及以前年度突出。
上述分析說明，當前中國上市公司主要的代理問題仍然是控股股東與廣大小股東的利益衝突。
結論
本文的實證分析結果與現實情況比較吻合。
中國證券市場是一個新興加轉軌的市場，由於保護小股東的法律體系不夠健全，控股股東的規範意識不強，上市公司內控制度不完善，控股股東佔用上市公司資金、要求上市公司違規爲其提供擔保、透過關聯交易掏空上市公司的現象時有發生，小股東利益受到嚴重侵害。這些控股股東中，有國有企業，也有民營企業。在已退市的公司中，75%的公司是由於控股股東長期佔用其資金，導致上市公司自身營運資金缺乏，債務負擔過重，最終走上退市之路。
很多研究已經表明，從法律上保護小股東和債權人免受控股股東和管理者的掠奪，有利於促進證券市場發展，提高資本配置效率。