第一條 爲保護臺灣投資者在大陸投資的合法權益，實施《海峽兩岸投資保護和促進協議》，根據有關法律、行政法規制定本辦法。
第二條 臺灣投資者以其直接或間接所有或控制的第三地公司、企業或其他經濟組織作爲投資者(以下簡稱第三地投資者)在大陸投資設立企業(以下簡稱轉投資企業)，可根據本辦法提出申請，將該第三地投資者認定爲視同臺灣投資者(以下簡稱轉投資認定)。
第三條 商務部會同國務院臺灣事務辦公室，各省、自治區、直轄市、計劃單列市及新疆生產建設兵團商務主管部門(以下簡稱省級商務主管部門)會同同級臺灣事務辦公室負責臺灣投資者經第三地轉投資認定和管理工作。
第四條 本辦法中的“臺灣投資者”是指以下自然人或企業：
(一)持有臺灣地區身份證明檔案的自然人;
(二)在臺灣地區設立登記的企業，包括公司、信託、商行、合夥或其他組織，不包括大陸和臺灣地區以外的國家或地區的自然人、企業或機構在臺灣地區設立登記的海外分公司、辦事處、聯絡處以及未從事實質性經營的實體。
第五條 本辦法第二條中的“第三地”是指大陸和臺灣地區以外的國家或地區，第三地投資者應依照該國家或地區的法律設立。
第六條 本辦法第二條中的“所有”是指臺灣投資者擁有第三地投資者超過50%的股權。
第七條 本辦法第二條中的“控制”是指未滿足本辦法第六條要求，但存在以下情形之一的：
(一)臺灣投資者實際擁有第三地投資者的董事會、股東會等權力機構超過半數以上的表決權;
(二)臺灣投資者有權任免第三地投資者董事會等權力機構半數以上的成員，且第三地投資者的經營決策等事項由該權力機構決定;
(三)臺灣投資者有權決定第三地投資者的運營、財務、人事等事項;
(四)商務部會同國務院臺灣事務辦公室規定的其他情形。
第八條 兩個以上符合條件的臺灣投資者在同一第三地投資者中擁有股權、表決權，可合併計算其在第三地投資者中的股權、表決權及相關影響，適用本辦法第六條、第七條的規定。
第九條 本辦法第四條(二)中的“實質性經營”應同時符合以下條件：
(一)在臺灣地區有業務經營場所;
(二)在臺灣地區有納稅記錄;
(三)在臺灣地區僱用員工。
第十條 臺灣投資者申請轉投資認定，應向轉投資企業所在地省級商務主管部門提出申請，並報送以下材料：
(一)《臺灣投資者經第三地轉投資認定申報表》，臺灣投資者委託他人申請的，應提交經公證的臺灣投資者簽署的委託書;
(二)臺灣投資者爲自然人的，提交經公證的身份證明檔案;
(三)臺灣投資者爲企業的，提交經公證的臺灣投資者設立登記證明檔案、擁有或租用經營場所的證明檔案、上一年度該企業繳納所得稅的證明檔案(虧損的企業提供徵稅機關關於虧損情況的證明檔案)和員工保險繳納證明;
(四)臺灣投資者、第三地投資者和轉投資企業之間所有和控制關係的說明和證明檔案;
(五)負責認定和管理的部門要求提供的其他檔案。
第十一條 自收到全部有效材料之日起，省級商務主管部門會同同級臺灣事務辦公室在20個工作日內進行審覈，符合本辦法要求的，向臺灣投資者出具轉投資認定證明;不符合的，出具不予認定意見。省級商務主管部門應將《臺灣投資者經第三地轉投資認定申報表》錄入外商投資審批管理系統，透過該系統向商務部電子備案。
臺灣投資者獲得轉投資認定證明後，轉投資企業憑認定證明向有審批權的商務主管部門申請頒發或換髮外商投資企業批准證書或臺港澳僑企業批准證書;轉投資企業由商務部批准的'，經商務部授權，可由轉投資企業所在地省級商務主管部門爲其換髮外商投資企業批准證書或臺港澳僑企業批准證書。
商務主管部門在頒發或換髮批准證書時，應在外商投資企業批准證書或臺港澳僑企業批准證書中第三地投資者名稱後標註“(臺灣投資者經第三地轉投資)”。
第十二條 在獲得轉投資認定後，發生以下變化的，臺灣投資者應及時將變化情況向原出具認定證明的商務主管部門報告，並提交有關變化的情況說明及證明檔案。
(一)臺灣投資者不再滿足本辦法第四條、第九條規定;
(二)臺灣投資者對第三地投資者的所有或控制關係不再滿足本辦法第六條或第七條規定;
(三)商務部會同國務院臺灣事務辦公室規定的其他情形。
收到情況說明及證明檔案後，商務主管部門會同同級臺灣事務辦公室在10個工作日內取消對該臺灣投資者經第三地轉投資的認定，換髮外商投資企業批准證書或臺港澳僑企業批准證書，刪除“(臺灣投資者經第三地轉投資)”的標註。
第十三條 獲得轉投資認定的臺灣投資者如遇到投資爭端，援引《海峽兩岸投資保護和促進協議》中關於投資爭端解決的規定，向大陸的兩岸投資爭端解決機構申請調解解決的，應向大陸的兩岸投資爭端解決機構提交商務主管部門出具的轉投資認定證明和根據本辦法第十一條規定加註的轉投資企業外商投資企業批准證書或臺港澳僑企業批准證書。
臺灣投資者經第三地轉投資書面認定意見上載明的認定日期與向大陸的兩岸投資爭端解決機構提交投資爭端解決申請日期間隔超過1年，或者未超過1年但期間臺灣投資者及其與第三地投資者之間所有或控制關係發生變化的，臺灣投資者應向大陸的兩岸投資爭端解決機構提交商務主管部門出具的關於轉投資認定的確認意見。
第十四條 臺灣投資者提請轉投資認定確認的，應參照本辦法第十條有關要求，向省級商務主管部門提交自認定日期到提出確認申請期間，臺灣投資者以及臺灣投資者對於第三地投資者的所有或控制關係是否發生變化的說明及相關檔案，省級商務主管部門會同同級臺灣事務辦公室在10個工作日內完成審覈，出具確認意見。
第十五條 本暫行辦法自2013年2月20日實施，由商務部會同國務院臺灣事務辦公室負責解釋。