首先，要對單位內部結構和外部環境展開調查。任何一個單位總是處於一定的經營環境之中，經營環境的變化必然會對單位形成一定的外部機會與外部威脅。這些外部環境主要包括、、文化、人口、技術等。儘管外部機會與威脅不在單位內部控制範圍之外，但在設計內部會計控制制度前必須對此有所瞭解，這樣制定出的內部會計控制制度纔能有效規避外部風險，實現內部會計控制的目標。
同時對本單位的經營方式、組織體系，資金、物資、設備、技術的狀況，資訊溝通和管理過程等情況也瞭解清楚，並有針對性地制訂和加強會計控制制度，才能發揮作用和效力。
其次，要劃分單位內部結構。一般而言，單位內部結構可劃分爲行政領導體系、構成要素體系、經營體系和管理體系等四個系統。這四個系統的組成部分和內容又劃分爲若干所屬的子系統。如行政領導體系可分爲董事長、總經理、各個職能部門和分支公司經營的所屬系統；構成要素體系可分爲人力、資金、物資、設備、技術、資訊溝通的所屬系統；經營體系分爲銷售、採購、生產、儲運、運輸等系統；管理體系可分爲會計、統計、審計、監控、電腦管理等系統。當然，還可細分，如內部會計控制系統又可分爲現金、銀行存款、有價證券、應收貨款、固定資產、無形資產、債權、債務、資本、成本、費用、利潤等控制系統。
根據劃分的各個所屬控制系統，將系統執行過程中的關鍵環節確定下來，作爲內部控制要點；同時找出每一個關鍵環節控制要點的有效方法和操作規範，將各個環節按照先後活動的過程次序進行編排，予以連接起來，就可以制定出一個完整的程序。
再次，要劃分合理的職責。合理的職責劃分，可以防止、發現或糾正不正常情況的出現。對會計工作涉及的各項職責進行合理的劃分，是使每個人的工作能自動地相互檢查另一個人或更多人的'工作。判斷職責劃分是否合理，主要是看能否及時地發現某一員工在履行其職責過程中可能出現的錯誤和舞弊行爲。在進行職責劃分時應注意兩點：第一，應將處理每一筆業務的全過程分爲幾個環節或幾個步驟，然後將一筆業務執行包括的各個環節指派不同的人員或部門分別完成。如銷售業務，應將銷售的授權審批、貨物的發運、銷售發票的開具等工作分派給不同的人員。完成任何一項業務都要有兩個或兩個以上的人員或部門共同進行，同時又相互牽制。不同人員或部門的相互協作和相互監督就可以防止不正常情況的出現，一旦出現也能及時發現並糾正。第二，在職責的劃分中，應注意不相容職務的分離。如一項業務的授權、執行以及相關資產的保管應指派不同的部門或人員。如採購部門人員負責貨物的採購，會計部門應記錄已收到的貨物，倉庫應負責該貨物的保管工作。在記錄該項採購交易前，會計人員應確定採購是否經過授權審批，所訂購的貨物是否已實際收到。同時，會計記錄又爲明確存於倉庫貨物的受託責任提供了依據。在手工會計系統，應收款總賬與明細賬應有不同的人員來記錄，而記錄現金收入和支出的人員不應負責調節銀行帳戶等。
最後，形成內部控制制度。在確定程序、、職責和操作規範後，要將內部會計控制制度的各項原則貫徹到各個有關控制系統的程序、方法、職責和規範中去，用文字形式分別在有關的內部會計控制制度中予以說明。這樣，就能夠形成一整套嚴密的內部會計控制制度管理體系。
建立內部會計控制制度，是單位，特別是經營管理體制的重要組成部分。嚴密的內部會計控制制度對於防止單位舞弊的發生、保障資產安全、改善經營管理等具有十分重要的意義，也是單位經營管理的內在。在建立內部會計控制制度時，除了要堅持基本原則、步驟、方法外，還應當注意下列事項：