全國中小河流治理工作自2009年啓動以來，成效較爲顯著。但某些中小河流治理項目存在基礎資料缺乏、設計理念滯後、後期實施困難等問題。對於受到人類活動影響較大的採砂河道，河道現狀情況更爲複雜，設計工作的難度也更大。
1.認真蒐集資料
設計工作前期應該認真蒐集相關資料，包括已有的文字資料和現場調查資料。已有的文字資料主要爲流域綜合規劃、流域防洪規劃、土地規劃等檔案。現場調查的內容主要包括以下7個方面的基本情況：一是河道歷史特別是近期洪水的水位、流量，是否出現過險情，險情出現位置以及原因分析等。二是河道內外的採砂活動是否有規劃，採砂活動是否處於可控狀態，採砂活動是否對河道的防洪安全產生影響等。三是調查清楚河道內外工程可能影響的範圍內土地權益的歸屬，爲工程佈置提供參考，土地徵用困難是阻止後期工程實施的最大障礙。四是河道內現有的或擬建的水閘、橡膠壩、堰體等對水位和流量起控制作用的水工建築物，需要明確建築物的位置、堰頂高程、孔口尺寸等。五是河道兩岸向河道內排水或從河道引水的渠道、涵管、閘門等建築物，需要調查清楚建築物的數量、位置、高程、孔口尺寸等。六是穿越河道的電力、石油、熱力、供水管線等，應對管線的權屬、等級、規模、管頂高程、安全要求等進行全面的調查，在設計工作中進行相應的遷建或採取相應的保護措施。七是調查清楚橋樑等級、結構型式、樑底高程、橋孔跨度、橋墩尺寸、橋墩抗衝深度等。對於採砂規模較大並且需要採用外調土築堤的河道，還需要對取土料場進行調查。
2.合理確定防洪標準
首先應根據保護對象的級別和受災後的影響嚴重程度，按照《防洪標準》（GB50201-2014）分段確定防洪標準。另一方面中小河流治理應服從流域綜合規劃或防洪規劃要求。防洪標準的確定除了應滿足治理河段自身的防洪要求外，還應與大江大河干流及其主要支流的防洪標準相協調，統籌協調治理河段與下游河段防洪標準的關係，防止洪水風險轉移。
3.科學佈置堤線
堤線佈置對河道的行洪能力、工程投資規模都有重要的影響，考慮工程佈置方案時應首先對堤線進行科學、合理的佈置。在滿足河道行洪的前提下，河道堤線的平面佈局應儘量維持河道的自然形態。近年來部分河道因無序的採砂活動，河道斷面產生較大變化，岸線位置發生移動，但相應的土地權屬卻沒有重新認定，現狀河道內的土地性質可能是耕地或城市土地。
4.嚴格進行河道水面線計算
水面線是河道治理工程設計的重要依據，應根據河道的.具體情況對水面線進行分析計算。應根據具體的減糙措施選擇合理的設計河道糙率，並充分考慮在工程執行期內糙率的變化趨勢，對於採砂河道，更應考慮到採砂遺留的砂坑對設計河道糙率的影響。計算水面線時應充分考慮到河道內現有的橋樑、堰體等節點建築物對水面線的影響。採砂河道現狀河底高程可能低於設計的河底高程，但應注意到設計河底高程以下的河道斷面屬於無效過水斷面，計算水面線時過水斷面應考慮到將這部分斷面扣除。
5.因地制宜確定工程措施
應根據河流現狀和主要問題，在綜合考慮河流特點、地形、地質、施工條件、環境影響等因素的基礎上確定工程措施。河道堤岸防護措施應儘量採用有利於生態和景觀的措施，避免硬化、渠化河道。充分考慮河道河勢演變的規律，採用安全的抗衝措施。在選擇工程措施時應考慮地下水對施工質量、施工安全的影響。對於高地下水位的河道，應列計充足的排水費用和避免過深的基坑開挖設計方案。
6.根據現場情況合理變更設計
近年來的人類活動對於河道的影響較大。如果工程批覆後未能及時實施，現場地形就有可能發生較大變化，比如造成現狀河底高程低於原設計資料中的河底高程，這將影響河道內的可用土方量和防護工程的安全，需要根據具體情況對設計進行適當的變更，以確保工程的順利實施和工程安全。