目前，我國高等教育在管理過程中普遍存在一些亟待解決的突出的問題。近年來，一向在人們心目中遠離是非紛擾之地的聖潔的象牙塔--高校也頻頻被學生推上行政訴訟的被告席。高校被學生起訴，一方面反映了我們正處在一個"走向權利的時代"，人們的權利意識得到了普遍的提高，越來越多的人，包括莘莘學子們都在"認真地對待權利"並"爲權利而鬥爭"，另一方面也反映了目前我國高等教育在管理過程存在的問題確實十分嚴重。
一、目前高等教育管理中存在的突出問題主要表現在以下四個方面：
1、招生方面
受教育權與平等權是我國憲法所明文確認的我國公民所享有的基本權利。但由於歷史的及其它的種種原因，這兩項基本權利在我國高等教育招生中往往並未得到完整的貫徹。就拿平等權來說，衆所周知，每年高考我國各個省份的高考錄取分數線並不一致。特別是作爲我國的首都和文化中心的北京，就其教育發達程度和國家對其教育投入的經費來說，均遙遙領先於其它省、自治區、直轄市，如果按照實質正義的要求來理解，北京地區的高考錄取分數線應該遠遠高於其它省份，但情況卻正好相反。因此，對北京地區考生的高考低分錄取的政策相對於其它地區的考生來講都是不公平的，甚至山東省的幾位考生還專門爲此訴諸法院。現在，北京地區高考雖改成單獨命題，因此無法與其它省份對比錄取分數線的高低了，但這僅僅是迴避了問題，並不是最終解決公平錄取問題的辦法。
另外，平等權還要求對所有考生自身來說在錄取時要做到人人平等。目前，我國很多高校在招生時對考生的身高、視力、健康狀況等往往都作了一些限制。當然，一些特殊的專業對考生作出一些特定的要求是正當的也是必要的。例如播音、表演等專業對考生的形象、氣質、音質等作出要求，染整專業要求考生非色盲等都應屬於專業本身性質所要求的必要的限制，但如果對從性質上來講對於那些根本無須進行任何特定限制的專業而對考生進行了限制，或超出根據專業性質應予以限制的範圍之外而對考生進行了非必要的限制，或僅僅因爲考生患乙肝等疾病或有殘疾就不錄取或錄取後取消其入學資格，那麼高校就會有對考生進行歧視和濫權侵犯考生的平等受教育權之嫌。
在招生中還經常遇到的一個問題是關於招收保送生的問題，按照前國家教委1988年制定的《普通高等學校招收保送生的暫行規定》，普通高等學校招收保送生，其目的在於完善我國普通高等學校招生制度，更好地爲社會主義現代化建設服務。招收保送生的工作，應有利於培養和選拔德智體全面發展的優秀學生；有利於更好地全面貫徹教育方針，鼓勵和引導學生德智體全面發展。因些，《條例》第二條詳細地規定了保送生的條件，總的要求是被保送的學生必須是德智體美勞方面表現一貫優秀的高中應屆畢業生。不可否認，制定該《條例》的出發點是好的，在《條例》施行之初也曾起過比較好的效果。但在近些年的招生工作中，由於受到當前不良社會風氣的影響及缺乏行之有效的監督辦法，在招收保送生工作中，不正之風已非常嚴重，以致嚴重影響到了招生的公平性，違背了當初制定《條例》的宗旨。
招生工作中還普遍存在着一個透明度低的問題。現在高考錄取招生，一般採用網上錄取的方式，減少了腐化的機會。但對於研究生招生，按照《高等教育法》第19條的規定，碩士、博士研究生取得入學資格所要求的是"經考試合格"。這裏其規定的是"合格標準"，但對於有數個上了分數線的"合格者"是否必須按名次錄取的問題卻沒有規定。於是，便出現了在考研、尤其是考博時，同導師的"關係"極爲重要的情況。甚至圈內人都知道一個公開的祕密：考博一是考外語；二是考"關係"。而且對考研、考博的考生來講，因往往只能查到自己的成績，根本不知道別人的成績和自己考試成績在其中的排名情況，權利被侵犯了往往自己還矇在鼓裏。