一、以績效考覈的層次性體現其激勵作用
高校績效考覈的最大優越性就在於它的激勵性。業績越多，貢獻越大，薪酬就越高。這樣彼此就會有差別。有差別纔會有競爭，有競爭纔會有發展。所以，績效考覈必須體現其差別，以促進這種激勵功能最大限度地發揮。
1.指標體系的層次性。高校績效考覈是人力資源管理的一種激勵手段，即根據職務要求，對教職員工的實際業績實施考評和獎懲。作爲考覈依據的指標體系應強調對每個崗位的特殊性與特殊要求。考覈指標的設計必須體現具體的層次特徵，根據不同崗位的工作特性可分爲若干系列，每個系列又可分爲若干個層級，可以透過客觀的定量測定，制定不同的量化指標體系，促使指標考覈體系直觀化。爲了便於鑑別，可比性指標體系必須符合易於區分的原則，使不同崗位工作的教職員工在指標要求方面拉開距離，從而爲公正實施對員工的評價、考覈、獎懲奠定基礎。
2.考覈辦法的層次性。高校工作崗位繁雜多樣，績效考覈辦法也不盡相同，應在對不同崗位、不同專業、不同職務的教職員工在業務素質、工作業績、紀律制約等方面提出不同要求的同時，對不同崗位採取不同的業績考覈辦法。以教師科研成果的考覈爲例，高校學科之多，差異性之大，其科研的性質、方法、難度也千差萬別。衡量成果的辦法、標準、尺度也應有所不同，不可千篇一律。倘若用同樣的標準去考覈各個學科的教師，顯然有失科學與公平。其科研考覈辦法應視其學科性質、地位及其所創造經濟與社會價值的不同而有所不同。還有，一些高校在教師科研分值的評價中存在着單純追求期刊級別、文章篇幅和字數的現象，應將其質量和應用價值擺在重要位置，改變產量與質量的錯位現象。
3.薪酬結構的層次性。高校績效考覈實行以來，校內崗位津貼等薪酬的劃分存在太過細，級差小的現象，不能充分體現業績和貢獻的不同，當然也影響到激勵作用的發揮。由此看來，薪酬結構的層次性就顯得非同小可。在業績的衡量及績效薪酬的分配中，教學人員與管理人員之間、管理人員與技術人員之間、教授與講師之間，不同類別崗位要適當拉開差距，要注重教職工工作年限、任職年限的`差別，更要注重其工作表現及其實際業績貢獻的差別，以平衡各類人員的利益關係。必須顧及部門、身份以及崗位的不同因素，在績效工資的兌現中體現其層次和差別，以強化其公平性和激勵效果。鑑於後勤崗位的特殊性，可以摹擬市場化的機制進行運作，摸索出一套大家都能接受的薪酬結構,以全面調動大家的積極性。
二、透過透明度體現公平性
在高校績效考覈中，考覈者與被考覈者的溝通是關係到績效管理能否真正發揮其應有作用的關鍵因素。因爲相互間的溝通可以有效避免由於資訊不暢造成的誤解和牴觸，確保評價和考覈的公平性和有效性。這種溝通是建立在一定的透明度基礎之上的。然而，目前高校的績效考覈往往忽略了溝通環節，考覈的透明度和互動性不夠。教師作爲被考覈者，往往只知道考覈結果，而對考覈的目標、內容和標準等知之甚少，只是被動地接受上級管理者的考覈和評價。這一方面使得考覈的透明性和權威性受到質疑；另一方面，由於缺乏教師的參與，考覈缺乏互動性，也不利於考覈指標的改進和完善。
1.提高考覈規定的透明度。提高考覈規定的透明度就是要將所有的考覈制度與考覈規則公開化，讓每個教職員工都心知肚明。學校績效考覈方案出臺後，應對所有參與評價的各級管理者及教師組織績效評價程序、評價標準、評價執行等相關法規的培訓，提高考覈規定的透明度。一方面，使大家對績效評價系統做到心中有數；另一方面，可使考覈執行者增強責任感，自覺照章辦事，降低錯誤的發生率。
2.提高評價結果的透明度。績效考覈應該注重考覈者與被考覈者之間的雙向交流，特別是考覈結果出來後，這種交流更加重要。據悉，大部分院校的績效考覈都採取給員工打分的辦法，打分的結果大部分不予公開。有的院校考覈結果出來後，打印出來只給被考覈者本人的打分結果，接着是會計造表，銀行取錢。除考覈者以外，誰也無從知曉其他人的得分狀況。這樣會大大削弱考覈作用和激勵力度。績效考覈應該是公開的，不能當作一種機密，應該實行考覈結果公示制度，廣泛徵求大家意見。考覈結果公示完畢，考覈者還應就其評語進行耐心細緻的解釋及思想工作，與被考覈者進行雙向交流,傳遞正反兩面的評價資訊,肯定其積極的一面,在予以應有的開導和鼓勵的同時，指出差距和努力方向。還可以藉此機會，瞭解被考覈者的想法和要求,徵求其意見和建議，促使績效考覈政策的改進與完善。
3.透過監督確保透明度。鑑於績效工資制度操作實施過程中存在的各種問題和有待完善之處，很有必要採取適當的監督措施，以確保高校績效考覈實施過程的透明度和公平性。學校可以成立以紀檢部門牽頭的績效考覈管理檢查監督機構，對績效指標的制定、指標體系質量和數量的把握、績效指標的完成、績效考評的操作情況進行全方位監督，檢查實施績效考覈的公正、公開和透明度；檢查實施績效考覈的真實性和合理性；檢查考覈評價結果的公佈情況，確保績效考覈管理的合理執行。同時，及時發現考覈過程中出現的問題，找出原因，予以糾正。如發現有明顯失職和作弊行爲，即對相關責任者予以通報和批評，以有力促進績效考覈工作的逐步完善。