市場經濟使社會經濟各個方面發生了變化，在競爭激烈的市場經濟下，尤其對於行政事業單位而言，必然會涉及較大的經濟往來、資金流動，事業單位的財務管理內部控制制度顯得尤爲重要。然而我國當前事業單位的內控制度顯然並不成熟，還有很大的改進空間。
一、事業單位及其財務管理的目標
事業單位是國家出資興辦的非營利性質的機構，以服務社會公益爲主要目的，涉及教育、文化、科技、衛生、醫療等領域。事業單位財務管理目標可分爲基礎、發展及終極目標。傳統經濟中事業單位鮮少從事營利性經濟活動，其資金主要靠國家財政撥款而來，由此事業單位財務管理的基礎目標即是將其資產管理好，資金合理運用且最大幅度造福社會，並確保單位能夠正常運作。事業單位財務管理的發展目標一方面應順應社會發展，另一方面要促進自身發展。事業單位不再侷限於以國家撥款爲資金來源，逐漸以開展社會公益事業的方式向社會及市場尋求籌資之路，事業單位應充分結合自身與社會實際，爭取以較小風險及較小成本來實現較大籌資。新型經濟下的事業單位財務管理的終極目標爲績效最大化，應突破傳統的預算資金收入管理，轉向績效爲引導的良性循環模式。國家對事業單位財務管理定期進行考覈，主要就是圍繞其才財務管理的三個目標展開的。
二、事業單位財務管理內控制度的現狀
(1)財務管理內控意識薄弱。事業單位雖爲公益型的國有單位，大部分只有財務制度，沒有內部控制制度，在經濟活動出現問題時，缺乏決策、判定獎懲的標準。部分單位領導層認爲財務人員只是負責具體的財務執行情況，無權參與單位的決策和管理過程，否認財會人員在內控方面的作用。在當前財務管理中，大部分財務人員缺乏內控意識，仍沿襲傳統的管理制度，認爲內控制度並不重要，以單位領導的意志來處理財務事宜，只是單純的處理類似收付現金、銀行支付、收支記賬、開發票等基礎工作。財務人員對單位內部的資金使用情況進行記錄，然而缺乏行之有效地管理，更多的是着眼當前，沒有制定能使單位長久正常經營的理財管理。此外，部分事業單位的財務管理已具有內控意識，然而此前並無內控的經驗，而使內控制度落實不到位或者停留於空想。
(2)財務管理相關人員素質不高。多年來我國事業單位財務管理的內控意識薄弱，對財務部門也不夠重視，導致工作人員的綜合素質不高。首先，事業單位人員流動性較小，其財務人員也較少變更，絕大部分財務人員是在一個單位就職到退休。身處於瞬息萬變的科技時代，財務管理早已今時不同往日，而事業單位內大部分在職的財務人員其財務知識仍拘泥於傳統，對財務管理的重要性沒有概念，缺乏內控意識，也缺乏學習新知識新事物的積極性，因此他們的工作多停滯不前。
(3)財務管理內控制度監管力度不足。自古嚴師出高徒，事業單位理想的財務管理內控制度，需要有國家到位的監管制度來輔助。而實際上，當前我國對事業單位的監管制度力度不足，事業單位的財務管理內控制度更是虛有形式。一方面，缺乏相應的監管制度，對財務人員的工作方式沒有要求，財務人員的工作較爲隨意，缺少進步的動力。另一方面，制度要求事業單位收支平衡，這就使得各單位想方設法將從財政取得的撥款在年終用盡，對事業單位的財務花銷的監管力度不到位，更有部分事業單位因規模小，財務人員配備不到位，內部沒有形成牽制，造成漏洞，如公款私用等，使事業單位乃至國家利益受損。
三、事業單位財務管理內控制度的創新途徑
(1)提升事業單位的內控意識。事業單位財務管理內控的合理開展，其基礎在於事業單位內部正確的內控意識，能認識到內控的重要性，並明確內控的主要目的。就當前現狀而言，大部分事業單位顯然不具有應有的內控意識。事業單位的日常財務管理由財務人員負責，而單位負責人才具有對重大事物的決定權，因此，強化事業單位的內控意識，應先從強化單位負責人的內控意識開展。對此，國家可對各個事業單位的主要負責人進行關於內控知識的講座，讓各單位負責人瞭解大的內控方向，以逐漸強化事業單位整體的內控意識。
(2)建立健全財務管理內控制度。財務管理內控已愈發重要，而國家尚缺乏建立健全的內控制度。對此，國家應制定易於實行且合理到位的內控制度，首先應明確事業單位其內部部門的職能及人員職責，以合理分工，進而明確財務管理內控制度的工作內容。同時，內控制度應具有內部核查制度，以保證事業單位的資金的來源合法且數額真實，事業單位的內部支出符合效益性。此外，各事業單位應建立健全適應其實際情況且符合國家內控制度要求的財務管理制度，並明確每一筆資金的流向。
(3)健全財務管理內控的監管制度。當前我國的.事業單位普遍缺乏健全的監管制度，對此應對事業單位的部門設定進行適當的調整，主要應增加對財務管理內控進行監管的部門，可透過增設內部審計部門來實現。內部審計部門的主要職責在於對事業單位的財政業務和內控制度進行獨立的評價，瞭解當前業務和制度的狀態，發現其中存在的不足，提供相應的改正建議，以使事業單位經濟成本最小化，效益最大化。同時，爲使內部審計達到更好的效果，內部審計部門應具有一定的獨立性及權威性。
(4)提升財務管理相關人員綜合素質。事業單位財務管理內控制度的創新，不僅需建立健全的監管制度，同時應提升從業人員的綜合素質。結合當前社會的發展特點，大量的新鮮事物層出不窮，經濟也發生着翻天覆地的變化。對此，事業單位應加強對財務人員的管理，對在職人員進行定期培訓，培訓適應新時代的專業知識內容，以更新及知識水平，同時對其進行思想上的教育，以提升其素質水平。制定相應的考覈制度和獎罰制度，考覈制度可包括日常工作、培訓效果和思想水平三方面進行，獎罰制度主要以避免相關人員濫用公款，做假的賬等現象的發生，且一旦發生應當嚴懲。