隨着經濟的發展和計算機的廣泛應用，各企事業單位已經普遍應用會計電算化來處理賬務。會計電算化的應用給企事業單位內部審計環境帶來了深刻的變化及影響。與傳統的手工做賬相比，會計電算化系統在資訊處理流程、內部控制、資訊存儲和存取方式等都發生了很大變化，從而對企業內部審計線索、審計方法、審計內容、審計人員的素質等諸多反方面都產生了不可忽視的影響。要完善會計電算化下的內部審計工作，必須要轉變傳統審計觀念，重視內部審計，建立健全內部審計制度，在減少損失浪費的同時，提高企業的經濟效益。
一、會計電算化發展的現狀及內部審計的現狀。
1.會計電算化發展的現狀。
會計電算化是會計進入資訊化的基礎，是今後企業決策的重要依據，是會計體制改革的突破口。會計電算化經過這麼多年的發展，已經取得了長足的進步，商品化、通用化的財務軟件得到了廣泛的應用，更多會計軟件的開發已經走向專業化、商品化、社會化的軌道。但由於財務工作本身的特點，以及網絡的迅速發展、電子商務的迅速興起等，一些先進的、現代化事物的不斷出現，對會計電算化資訊系統提出了更高的要求，使得建立符合現代企業發展需求的新型財務系統變得刻不容緩。從總的情況看，會計電算化經過多年的實踐和改進，基本完成手工會計記賬向電腦會計記賬的轉變。隨着新的會計電算化軟件的應用，會計電算化正從簡單的會計覈算系統向綜合的管理資訊系統轉變，形成以會計軟件爲核心，融管理、計劃、分析爲一體的會計電算化管理資訊系統。會計人員素質逐漸提高，操作水平日益熟練，系統的安全性與保密性加強，顯示會計電算化已向優良、穩定、科學的方向發展。會計電算化是一項系統工程，因此在發展過程中有許多工作要做，有許多問題要及時解決，否則將嚴重阻礙我國會計電算化向更深層次的發展。
2.內部審計的現狀。
我國的內部審計建立於1983年，雖然取得了一定的成績，但總體來說仍處於發展初級階段，並且存在着一些問題，如審計的重點仍側重於財務會計、審計手段落後和人員素質、知識結構不全面等。致使我國其他諸如業務審計、管理審計開展較少；很多審計人員面對網絡化的會計資訊系統時顯得力不從心，經營管理方面的知識與經驗比較缺乏。
二、會計電算化對內部審計的要求及影響。
1.對內部審計線索的影響。
傳統的手工會計系統中，審計線索十分明瞭，從原始憑證、記賬憑證、總賬、明細賬、彙總表直至會計報表，每一步都會有文字記錄和驗收人的簽名，審計人員可以從最初的會計憑證開始，對發生的經濟業務進行逐一審覈，直到形成最終審計結果；也可以採用逆查法，從會計科目的餘額開始，逆向覈查，直至原始憑證，從而形成順查法和逆查法等審計方法。
實行會計電算化後，審計線索發生了變化。會計數據的存儲介質和形式、會計數據的生成和傳遞形式都發生了變化，沒有了傳統的文字記錄和賬簿，取而代之的是存儲磁盤，使得從原始數據的錄入和財務報表的輸出都只能透過計算機來完成。傳統的審計線索消失了，審計人員就很難甚至根本無法透過肉眼跟蹤會計業務的處理，也無法用傳統的方法考查會計檔案數據的安全性、完整性和準確性。
傳統的查賬方法已不完全適用在會計電算化系統。爲了更有效地審計會計電算化系統，應將審計需求納入到財務軟件的系統設計和開發中，系統的各種數據檔案都應留下審計線索，除應保證會計據檔案的打印輸出外，還應將會計數據檔案以可審計的形式進行儲存和備份，例如應保留應收、應付款等經濟業務的詳細記錄，而不能只留下更新後的餘額。