審計線索對審計來說是極爲重要的。在手工會計中，審計線索包括會計憑證、會計賬簿、會計報表等會計資料。這些資料都反映在書面上，審計人員利用這些資料就能夠從原始憑證開始，透過記賬憑證、會計賬簿追蹤到會計報表，或者對報表之間、報表與賬簿之間的會計數據的勾稽關係進行審查，透過這些可見的審計線索檢查證、賬、表數據所反映的經濟業務的合法性，透過每個會計人員手寫筆跡的不同，確定每一責任人完成業務的正確性。總之，在手工會計中，會計人員對經濟業務的詳細記錄都躍然紙上，審計人員所需的審計線索，都可以透過這些書面記錄加以審計。審計人員進行審計，完全可以根據需要進行順查、調查或抽查。但是，在電算化會計中，計算機的使用改變了會計記錄的存儲與處理，表現在如下幾方面：
1．會計憑證的存儲與處理。原始憑證或記賬憑證一經輸入計算機，便以檔案的形式存人機內的數據檔案。並且原始憑證一旦轉換到機器可識別的輸入介質上，就不再在數據處理過程中使用;在某些系統中傳統的原始憑證可能由於採用直接採集數據的設備而不復存在(如在聯機實時處理系統中即如此)。
2．賬簿的存儲與處理。總分類賬爲檔案所代替，而在主檔案中可能看不出計算彙總數據所依據的明細數據。明細分類賬採用滿頁打印方式，因而導致兩類數據之間的日常覈對只能在機內進行。賬簿登入時，透過計算機登賬程序自動執行，使用的是哪一種記賬程序難以判斷。
3．報表的編制採用按事先定義的公式到賬簿檔案，其他報表檔案中取數計算、數據來源、公式定義、編制結果、打印格式等均採用機內檔案的形式。由於磁性介質修改不留痕跡的特點，使審計人員很難相信打印輸出的會計報表，正是根據企業單位提供的公式定義檔案加以編制的。假如有人在歪曲公式定義檔案之後編制失真的財務報表，然後對公式定義檔案復原，在這種情況下，審計人員便不能根據機內的公式定義檔案作出判斷報表的編制是否正確。
以上情況表明，由於計算機採用磁性材料作爲存儲介質，處理過程都在機內檔案之間進行，因而使審計人員難以像在手工操作環境下那樣對經濟業務進行追蹤審查。因此，電算化會計資訊系統設計時要注意留下充分的審計線索，使審計人員在電算化條件下也能跟蹤審計線索，順利地完成審計任務。在現階段，儘管財政部在有關會計電算化制度中，規定所有憑證、賬簿、報表仍然應當打印輸出，使審計人員在審計工作中增加了審計的線索，但應當看到的是，這些書面的記錄是否與會計軟件的正確處理結果同出一轍，尚有待於進一步的驗證。
二、對審計內容的影響
在會計電算化的條件下，審計的經濟監督職能並沒有改變。但由於會計電算化資訊系統的特點及其固有的風險決定了審計的內容要發生相應的變化，包括對計算機處理和控制功能的審查。這是在傳統的手工審計中所沒有的。因此，電算化會計資訊系統的審計內容就應當包括系統的`開發與設計、會計軟件的程序、數據檔案以及內部控制的審計等。
在電算化會計資訊系統申，由於會計事項由計算機按程序自動進行處理，諸如手工會計中因疏忽大意而引起的計算或過賬錯誤的機會大大減少了。但如果系統的應用程序出錯或被人非法篡改，則計算機只會按給定的程序以同樣錯誤的方法處理所有有關的會計事項。錯誤的結果將是不堪設想的。系統也可能被神不知、鬼不覺地嵌人非法的舞弊程序，不法分子可以利用這些舞弊程序大量侵吞企業的財物。系統的處理是否合規、合法，是否安全可靠，都與計算機系統的處理和控制功能有直接關係。在會計電算化條件下，審計人員要花費較多的時間和精力來了解和審查計算機系統的功能，以證實其處理的合法性、正確性和完整性，證實系統的安全可靠性。對計算機系統本身的審查，要求審計人員具有計算機及電算化會計的知識和技能。當一個系統已經完成並投人使用後，要對它進行改進，這比在系統設計、開發階段進行困難得多，代價也要昂貴得多。因此，除了要對投人使用後的電算化會計資訊系統進行事後審計外，應提倡在電算化系統的設計、開發階段，審計人員要對系統進行事前和事中審計。電算化會計資訊系統的設計應有審計人員參加。他們在系統設計開發的各個階段注意審查和考覈下列問題：(1)系統的功能是否恰當、完備，能否滿足用戶覈算和管理的要求；(2)系統的數據流程、處理方法是否符合會計制度、法規、法令和財經紀律；(3)系統是否建立了恰當的程序控制，以防止或及時發現無意的差錯或有意的舞弊；(4)系統是否保留了充分的審計線索，能否爲日後順利開展審計提供必要的條件；(5)系統的安全保密措施和管理制度是否健全，能否爲系統日後安全可靠地執行提供保證；(6)在整個設計和開發過程中是否遵守執行了系統的開發控制。審計人員還應參加系統的調試、檢測和驗收，儘可能及時地發現系統存在的問題並提出改進意見。由於我國審計機關的人員有限，且審計任務繁重，要求每一個電算化系統的開發都有審計機關的審計人員參加是不實際的。審計機關只能對大型的或將要廣泛使用的電算化會計系統進行事前和事中審計。一般各單位的電算化會計系統可由其內審人員參加設計、檢測和驗收，完成事前或事中對系統處理和控制功能的審查。
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