一是對期貨業的稅收徵管定性問題。資本市場是金融領域的一個重要組成部分，作爲資本市場的一個組成部分的期貨市場，其投資交易也是金融投資領域活動中的一個重要組成部分。與此相適應，期貨業理應列入金融業，按照金融業的標準繳納稅負。但是，由於我國的資本市場成立的時間較晚，加之期貨市場在市場經濟中的特定功能未能爲社會和人們所真正認識和完全瞭解，故在實際稅收徵管中，期貨業未能被等同爲金融業，而是與旅遊業、餐飲業等視爲同類，按照一般社會服務業標準實施稅收徵管，履行納稅義務。稅收徵管上的這種偏差引發了期貨業內外人士的長期爭論而又懸而未決，對於期貨業的正常發展影響較大。
二是多徵營業稅的問題。期貨公司的主要營業收入是代理客戶交易的手續費。期貨公司獲取的這些營業收入，成爲稅務部門實施徵稅的主要對象。但是，期貨公司向客戶收取的手續費還包括代期貨交易所收取、併爲期貨交易所所有的手續費；換言之，期貨公司收取的手續費並不完全歸屬自己所有。手續費中屬於期貨交易所的那部分，期貨公司只是在爲期貨交易所盡代收義務而已。而在實際徵稅中，有的地區並沒有將期貨公司代期貨交易所收取的這部分手續費加以扣除，仍以期貨公司收取的全部手續費來作爲計稅基數的依據。顯然，這種不合理的徵稅辦法，加大了期貨公司不應有的稅負，多徵了期貨公司的營業稅，損害了期貨公司的合法權益。
三是風險基金計提得不到認可問題。期貨市場是金融投資領域內的高風險市場之一。爲有效防範期貨市場的風險，增強期貨公司的抗風險能力，根據《商品期貨交易財務管理暫行規定》的規定，期貨公司可以按手續費收入的5％計提風險準備金，專用於彌補風險損失。然而稅務部門有關檔案規定，期貨公司計提的風險準備金不能作爲費用在稅前扣除，仍應納入徵稅範圍。照此辦理，不僅增加了期貨公司的經營成本，更爲嚴重的是，對本已不足的風險準備金計提所得稅，進一步削弱了期貨公司的抗風險能力，爲防範和化解期貨市場風險增添了壓力。
四是地方稅制的差異導致對期貨公司的`重複計稅問題。稅制改革作爲我國經濟體制改革的一個重要組成部分一直在深入進行。但是，由於全國各地稅制改革進展有別，步調不一，各種特區和特殊稅制存在着較大的地區差異。有的地區完成了國稅和地稅的分離，有的則仍然實行統一徵稅，有的甚至還實行包稅制。地區稅制的實際差異導致了期貨公司及其各地營業部的納稅困惑。有的地區對期貨公司的手續費收入總額進行全額徵稅，存在着交易所和期貨公司重複徵稅的不合理現象；地區稅制的差異也導致期貨公司營業部之間納稅成本不一，如果地區稅制協調不好，同樣也會存在營業部和公司重複納稅的問題。
總之，由於我國現行期貨市場稅收徵管政策尚未完善，對期貨業的稅收徵管存在着諸多不公平、不合理等問題，加大了期貨業的稅收負擔，沒有很好地對新興的期貨市場起到扶持、保護和促進作用。鑑於此，完善期貨市場的稅收徵管政策，已經成爲期貨業久已盼望的心願和共識。
完善現行期貨公司稅收徵管的幾點建議
黨的十六屆三中全會透過的《關於完善社會主義市場經濟體制若干問題的決定》中，已經明確提出要進行稅制改革。《意見》不僅承續了十六屆三中全會的這一精神，而且對“完善資本市場稅收政策”的改革還作了具體部署。學習和領會《意見》精神，針對現行期貨市場稅收徵管中存在的問題，特提出如下幾點完善建議：
首先，期貨業應享受與金融業相同的稅收待遇。期貨業能否被列爲金融業的爭論已因《意見》的公佈實施而得以根本解決。《意見》中已明確將期貨公司定性爲現代金融企業，並要求嚴格按照現代金融企業制度加強管理，把期貨公司建設成爲具有競爭力的現代金融企業。據此，稅收徵管應貫徹執行《意見》的要求，適時進行調整，將期貨公司與金融業列入同類，享受同等的稅收徵管待遇。
其次，公平合理地確定期貨公司營業稅基數。如前所述，期貨公司營業收入中包括代理期貨交易所收取的手續費，這部分手續費並不爲期貨公司所有，並非真正爲期貨公司的經營所得。換言之，期貨公司的真正營業收入應該爲扣除代收部分後的淨收入，並應以此來計稅。期貨業應該比照金融保險業同等待遇，在按照規定向客戶收取業務手續費時，以折扣(折讓)方式收取的，可按折扣(折讓)後實際收取的金額計入應稅收入。故此，在實際稅收徵管中，應將期貨公司代理期貨交易所收取的這部分手續費加以扣除後，再計徵期貨公司的手續費，以真正體現稅法公平合理的原則。
第三，風險準備金應作爲期貨公司的稅收成本據實扣除。期貨市場是金融投資領域內的高風險市場之一。爲有效抵禦因市場不可預測的劇烈變動或發生不可抗拒的突發事件等原因所導致的債權損失，期貨公司設立風險準備金是完全必要的，這也是國際期貨市場普遍通行的慣例。與國際期貨市場的標準和保證期貨市場穩定的實際要求相比，目前期貨公司的風險準備金的數額，普遍遠遠未能達到最低的準備限度，期貨市場防範和化解風險普遍存在着較大的基金壓力。鑑於此，稅收徵管應該與國際通行的規定接軌，明確期貨公司所計提的風險基金不屬於納稅所得，不再徵取稅收，切實貫徹執行財政部《商品期貨交易財務管理暫行規定》，鼓勵和扶持期貨公司提取風險準備金，擴大風險準備金數額，增強市場風險的抵禦力。
第四，統一稅率標準和稅收管轄範圍。資本市場的一個顯著特點，表現在它整體範圍內的經濟活動必須具有統一性。統一性能夠有效地破除地方經濟保護主義，體現了市場經濟的公平競爭原則，有力地促進市場經濟的發展。稅收徵管政策完善的一個重要任務，就是應在全國範圍內統一期貨行業的稅率標準，從而爲期貨行業創造一個公平競爭的市場環境；同時，明確管轄範圍（如期貨公司的營業部，是非獨立覈算的分支機構，不具備企業所得稅納稅義務人資格，不應該按現行制度在屬地繳納企業所得稅），避免出現多頭徵稅或重複徵稅現象。
第五，對具備條件的期貨公司實施所得稅集中徵管。稅收經濟效率原則是稅收徵管中必須遵循的一個基本原則。這一原則的實質，就是在確保稅收徵管目標實現的前提下，以最大的限度降低或節約稅收成本。現行的期貨公司大都在全國各地設有不同的營業部。由於稅收的地方保護主義，這些期貨公司的分支機構必須分別向當地的稅務部門繳納稅負。這一方面增加了期貨公司的人力物力財力成本，另一方面也增加了公司的稅收負擔。對此，建議對那些營業部完全實行“四統一”，管理規範化水平較高、交易額較大的期貨公司，分類實行稅收由中央集中統一徵管，採用網上定期自覺申報，稅務部門重點稽查方式，避免形成稅負不統一、重複納稅現象，以適應期貨市場規範發展的新形勢。