利潤微薄、稅制結構不合理，徵收方式難以靈活調整，遵從成本高，經營環境惡劣
中國社科院財貿所稅收研究室主任張斌坦言，目前我國中小企業要繳納、承受6種稅費或“隱性”負擔：
——稅，包括增值稅、營業稅、所得稅等；
——費，包括教育費附加、水資源費、社會保險費等，據估算，通常交1元稅，就要交0.5—0.7元的費。
——有關部門提供有償服務收取的費用，比如集貿市場收的衛生費，這類收費有些定價不合理，但還不能不交；
——一些執法部門爲了創收進行的罰款和攤派；
——一些執法部門吃拿卡要等貪腐成本；
——爲應對名目繁多的檢查而付出的人員、時間成本等，即遵從成本。
中小企業協會會長李子彬日前對媒體表示，中小企業的實際稅負已超過30%。
按說中小企業和大企業的適用稅率基本相同，這些稅費大企業也同樣要交，爲什麼中小企業的負擔更重？
首先，大企業多處於煤水電、“鐵公基”等壟斷行業，利潤相對豐厚，而中小企業多處於競爭性領域，利潤較爲微薄。同樣的稅費佔各自利潤的比例，大企業要明顯低於中小企業。“再加上我國稅制結構不合理，增值稅、營業稅等流轉稅佔稅收比重超過60%。流轉稅不像所得稅，由於對企業所得徵稅，能做到‘掙的少交的也少’，流轉稅對商品、勞務的.銷售額和營業收入徵稅，往往是‘掙的少交的不少’，這樣一來，會導致中小企業與大企業相比，利潤少，交稅卻不少，進一步加劇了其稅負。”
其次，不少中小企業沒有建立完備的賬冊體系，稅務部門難以對其實行查賬徵收，往往實行覈定徵收，將實際銷售收入按預先覈定的應稅所得率計算繳納所得稅，如果連銷售收入都搞不清楚，就乾脆採用直接覈定所得稅額的定額徵收方式，比如集貿市場往往按櫃檯的延米數定額收稅。“當經濟增速放緩時，如果採用查賬徵收的方式，稅收數量能相應減少，而中小企業多爲覈定徵收，如果沒有及時下調覈定稅率或定額，儘管一些企業的稅負可能低於查賬徵收時的法定稅負，但與過去比企業的稅負會加重。”張斌說。
再次，中小企業的遵從成本與利潤之比要高於大企業。“打個比方，大企業爲了配合接受各種檢查，要付出一定的人力物力成本，中小企業付出的這種遵從成本並不一定比大企業少。”張斌解釋道。