（1） 傳統的會計覈算方法及存在的問題
對物流成本的核算，傳統的會計方法是將其計入不同的帳戶。產品從工廠到分銷商或客戶的物流成本，計入“產品銷售成本”，採購物流成本計入“材料採購”，自運費和倉儲費計入“營業費用”，與物流有關的利息計入“財務費用”，相關的人力、水電開支計入“管理費用”等等。但，傳統的會計成本算法不利於物流成本的管理，存在下列問題：
第一， 不能充分體現現代生產特點，準確反映和控制物流成本。隨着生產方式從大批量生產（Mass Production）逐漸向大規模定製生產（Mass Customization）方式的轉變，企業生產活動日趨複雜，產品品種結構多樣，產品批量減少，批次增多，生產工藝多變，從而更多與產量無關的活動如訂貨作業、物料搬運、物流資訊系統的維護等產生的費用大大增加。而成本會計中普遍採用與產量關聯的分攤基礎--直接工時、機器小時、材料耗用額等，這種 “數量基礎成本計算”方法使許多物流活動產生的費用處於失控狀態，從而造成了大量的浪費和物流服務水平的下降。
第二，沒有完全覆蓋企業物流所包含的各項費用。一般情況下，企業只將外包的物流活動如運輸、倉儲等活動記入企業物流費用，而忽視了企業自營的各項物流費用及存在於採購、生產、銷售各環節的物流費用，從而造成了所謂的“物流費用冰山說”一說。正是因爲其沒有覆蓋各項物流費用，因而不利於物流費用的分析和控制。
第三， 不能提供需要的物流成本資訊。首先，傳統的會計方法一般以現有會計科目將其與其他活動產生的費用混爲一體，無法確認出物流活動本身產生的費用，而不同的分配率不能準確地計量出實際物流費用的比率，從而不利於物流成本的確認。其次，物流活動本身是一項跨部門的活動，將物流費用以現有會計科目統一以後，很難確認出不同活動費用的責任主體，不利於跨部門合作各項活動中業績標準的確定，確定各部門的權責，不利於物流活動一體化的實現。其三，隨着我國各個企業業務流程重組活動的展開，需要相關的物流和供應鏈改造活動的成本管理，而傳統會計方法不能完成上述活動成本的核算。
（2） 基於活動的物流成本覈算方法
對物流成本的核算，可以利用基於活動的成本法（Activity Based Costing，簡稱ABC法），也稱作業成本法。ABC法應用於物流成本管理的原理是：物流服務的產生源於物流作業的消耗，物流作業消耗資源並導致成本的發生。突破產品/服務本身的界限，ABC法把成本覈算深入到作業層次；以作業爲單位收集成本，並把“作業”或“作業成本池”的成本按作業動因分配到產品/服務。
根據ABC成本法原理和根據物流管理理論，我們可以按照下列步驟進行物流成本的分析：
第一，界定物流系統涉及的具體作業，即物流活動是由哪些作業來完成的。所謂的作業，指具體的工作單位（units of work）。具體到物流活動中，由於各個企業的規模、類型不同，物流活動的複雜程度和具體作業內容也有所差異，作業單位的具體類型和數量也會隨之改變。如：接收進貨活動可能包括裝卸、檢驗、搬運、分揀等多項物流作業。
第二，確認這些作業各自需要消耗的人工和物質資源。任何一項物流作業的完成，都需要投入相應的人力或者物力資源，而資源的消耗是產生成本的根源。以裝卸爲例，該項作業所用到的資源包括：裝卸的主體——人力資源、裝卸活動所需要的設備——物質資源。資源的消耗即產生成本，人力資源的消耗產生直接人工費用等，物質資源的消耗產生直接材料消耗、固定資產折舊等成本。
第三，確認各項資源所需成本，合計出總物流成本和相應作業的成本。根據資源與成本間的邏輯關係，將物流成本分配到各項作業中去，透過各項分別加總，得到各項物流成本和物流總成本。
（3）基於活動的物流成本覈算程序
在現實操作中，我們可以按照物流涉及的各項組成活動——採購、運輸、收貨和檢驗、裝卸搬運、倉儲保管、流通加工（生產企業中可能沒有）、資訊處理、包裝、訂單管理、配送、回收以及企業內部生產活動中同時進行的`物流活動、運輸保管等環節的損失等，這些環節所涉及到的人工、材料消耗（包括土地使用權、房屋和其他固定資產的折舊、長期投資的分攤）、資金的佔用成本和保險、稅等，從各各會計科目中區分出來，進行統計。
具體步驟如下：
第一，按上述論書在各環節按支付形態將物流成本從記帳憑證中抽出，分別統計。
第二，按管理的需要，設計不同的管理表格，將其填入。如，我們可以根據企業物流範圍（供應物流費用、生產物流費用、企業內物流費用、銷售物流費用、退貨物流費用和廢棄物物流費用）做成一級表格，每個一級表格的具體項目按同一格式設計六張二級表格，每張二級表格的物流作業再細化爲三級表格。僅以供應物流費用表爲例，按物流作業設計二級統計表格，豎列是支付形態，橫行是各項物流作業。如表1：
表1 物流成本覈算表——供應物流（物流作業-支付形態表，二級表格）
物流作業
支付形態 物資流通費 物流資訊費 物流管理費 合計
包裝費 運輸費 保管費 裝卸費 流通加工費 合計
企業物流費︹
供應物流
︺ 本企業支付物流費 企業本身物流費 材料費 資材費
需要指出的是，上述二級表格的物流作業僅僅是一個粗化的劃分，並未具體到實際操作的作業單元。應將包裝、運輸、保管、裝卸、流通加工、物流資訊管理和物流管理具體細化到三級表格部分。可以看出，二級表格的數據源於三級表格，一級表格的數據源自二級表格。三級表格的計算是具體到作業層次的。
第三，按照不同的管理要求彙總分析。
在此階段，主要是根據管理需求，分析不同的數據。如，若管理層需要了解委託物流費用和本企業支付物流費用的比例，只需將相關的費用加總求其比值即可。若需瞭解各個細化的物流作業的費用比例及規模，只需將三級表格中的相同的物流作業費用歸類後加總、求比值即可。由此可見，三級表格是覈算的基礎。因爲其相對而言，要詳盡到每一個物流作業，涉及內容廣泛且複雜，且不同企業的具體物流作業有所區別，可以建立透過建立行業標準達到統一，因而在此不作具體設計。