一、高校內部會計控制存在的問題
(一)內部會計控制制度不健全，執行乏力
1.制度不健全。一是制度老舊、過時，出現滯後現象，現行制度中對業務規程的控制制度多，對人員的責任控制少，尤其是對管理層的控制更少，如有的高校制定的崗位責任制，只規定了工作範圍、職責權限，但沒有制定違反責任制的獎懲內容，這就起不到約束作用;二是內部會計控制制度的制定程序不規範，會計控制制度缺乏系統性、完整性，不同制度之間存在矛盾或重疊的現象。因此，內部會計制度不合理、不健全，會計控制形成盲區和死角，內部會計控制制度本身存在缺陷。
2.內部會計控制制度執行乏力。內部會計控制制度形同虛設，執行情況較差;內部審計缺乏獨立性，未能真正發揮監督作用，內部會計控制制度執行情況、考覈和獎懲力度疲軟，人爲削弱了執行內部會計控制制度的自覺性。因此，要加強對高校管理層的內部控制宣傳，提高他們自覺執行內部控制的意識。
(二)內部會計控制的監督力度不夠
一是有些高校的內部會計控制缺乏有效的監督機制。有些單位未設立專門的機構或人員對內部會計控制執行情況進行監督檢查，而由內部會計控制執行部門自己進行監督檢查，各級財政部門對高校內部會計控制的建立及執行情況的監督檢查力度不夠等，導致監督力度的欠缺，影響內部會計控制制度在高校經濟工作中發揮重要作用。權利和責任要同時賦予，並要有監督的機制。二是高校內部審計有待加強，傳統的內部審計思路與市場經濟發展要求不相適應。在高校內部審計工作發展中，存在着對內部審計工作的.重要性和作用認識不足的問題，反映在職責定位不清晰，工作制度不規範，審計觀念陳舊，審計方法和手段單一、落後、人員少，素質偏低等問題，甚至有領導認爲，高校不是生產經營單位，內審作用不大，可能會阻礙高校改革並導致審計與其他相關職能部門的矛盾，會束縛財務部門工作的正常執行，在某種程度上，對傳統的簡單的“事後”審計監督思路提出了挑戰，因而導致高校內審思路狹窄，不能適應現階段高校經濟發展的需要。三是高校由於經費來源以財政爲主，長期以來受計劃經濟影響和以往資金管理模式的影響，學校事業支出不要求對培養成本進行覈算，也無需考覈學校的辦學效益，經濟意識和防範意識不強，外來風險及財務風險加大，缺少防範措施。
二、高校內部會計控制的改善措施
(一)提高認識，高度重視，增強內部會計控制觀念
一是按照《行政事業單位內部會計控制規範》(試行)第六條的規定“單位負責人對本單位內部控制的建立健全和有效實施負責”。單位負責人應當加強其內部控制知識的掌握，強調真實性意識;強調不相容職務分離的意識;強調授權審批意識，樹立內部控制意識。單位負責人在內部控制體系的建立、體系的執行和監督管理三個方面應當發揮領導作用、承擔總責任，只有領導層高度重視，才能從本單位的實際出發，制定出一套行之有效的內部會計控制制度，並認真貫徹執行。二是負責內部會計控制的高校財會人員，提高對會計內控制度建設的認識，轉變觀念，樹立正確的內部會計控制意識，要加強職業道德修養，增強工作責任心和使命感，履行崗位職責，帶頭建立與完善有效的內控制度，促進高校內控制度的建設，形成良好的執行機制，使內控制度能夠更好、更全面地得到貫徹與落實。
(二)建立健全和完善內部會計控制制度、加強執行力度
1.健全內部會計控制制度。《會計法》第二十七條規定“國家機關、社會團體和企事業單位必須建立健全內部控制制度，以確保會計資訊的真實可靠，國家財產安全穩定。”內控的對象是經濟活動，“以預算爲主線，以資金爲核心”結合高校的實際情況，制定出具體的標準，建立起涉及高校經營所有方面和所有環節的內部會計控制制度。要符合有關法律、行政法規、地方法規、規章、規範性檔案以及內部制度。單位對會計控制的要求是:嚴格按照法律規定進行會計機構建立和人員配備，落實崗位責任制，確保不相容崗位相互分離;加強會計基礎工作管理，按法定要求編制和提供財務資訊，建立財會部門與其他業務部門的溝通協調機制。
2.健全內部會計制度。一是預防控制爲主，事後監督爲輔。如機構組織控制、會計職責、崗位控制、會計單據憑證、簿記、報告控制、會計程序、政策準則控制等。二是注重內部控制方法。適合單位的內部會計控制方法有:不相容職務相互分離控制、授權批准控制、會計系統控制、全面預算控制、內部報告控制。三是注重選擇關鍵控制點。可選擇貨幣資金控制、實物資產控制、工程項目控制、收支審批控制等關鍵點。
3.加強內部會計制度執行力。貫徹落實內部會計控制制度，要有專門機構及人員負責內部會計控制制度的執行情況的監督檢查，發揮紀檢監察審計的作用，建立財會部門與其他業務部門的溝通協調機制，透過制定完善制度、實施措施和執行程序，合理保證行政事業單位的經濟活動在法律法規允許的範圍內，進行確保內部會計控制制度的貫徹實施。
(三)加強內部會計控制的監督檢查，建立完善的監督和評價機制
單位建立健全內部監督制度，內部監督是單位對內控建立與實施情況進行監督檢查，評價內控的有效性，對於發現內控缺陷，及時加以改進。對會計監督的執行與否及執行的有效程度都對內部會計控制作用的發揮有着重大的影響。
1.財務部門建立健全內部會計控制監督檢查制度。建立內控制度的監督檢查制度，並使之成爲自我約束，自我完善的機制。建立不相容崗位相互分離制度，合理設定內部控制關鍵崗位，明確劃分職責權限，實施相應的分離措施，形成相互制約、相互監督的工作機制;建立內部報告控制制度，全面的反映活動情況，及時提供業務活動中的重要資訊，按照國家統一的會計制度編制財務會計報告。
2.建立健全內部審計控制制度。內部審計部門要建立健全內部審計控制制度，對單位內部會計控制制度和控制系統的健全性、有效性進行檢查、測試、評價，及時地反饋檢查情況，及時提出完善內部會計控制制度的建設性意見，落實及檢查內部會計控制制度從而保證高校的內部會計控制制度更加規範。