一、茶葉初制加工廠
茶葉初制加工廠屬於農業初加工企業，生產的產品屬初級農產品，除自產初級農產品享受免稅政策外，其他初級農產品均應繳納增值稅。但就初製茶葉加工企業類型來分析，各類型初制企業納稅計算又不相同。
第一類茶葉初制企業是投資種植茶葉，擁有自已的茶園，對自產茶園的茶葉進行初加工、生產自產初級農產品毛茶的初制加工廠，這類企業銷售自產農產品屬於增值稅條例第16條稅法上規定的“農業生產者銷售的自產初級農產品免徵增值稅”範疇，按稅法規定不應繳納增值稅。
第二類茶葉初制企業是沒有種植茶葉，向外收購茶青（茶葉鮮葉）進行初制加工，生產各類初級農產品毛茶的初制加工廠。這類初制企業銷售生產的茶葉農產品不是自產而是收購後生產，應繳納增值稅。如果該初制企業是小規模納稅人，其應納增值稅直接用不含稅銷售額乘6%的徵收率，即：
應納增值稅=銷售額 × 徵收率
如果初制企業是一般納稅人，應納增值稅計算則比較複雜，要求先計算出增值稅的銷項稅和進項稅。銷項稅按銷售的毛茶不含稅銷售收入乘初級農產品稅率13%計算。進項稅計算包括收購的原材料、加工過程中耗用的輔料、動力、包裝物，購銷原料及產品的運輸費等都要計算，收購的原料茶青按農產品收購發票上的買價乘13%扣除率計算增值稅進項稅，運費按取得的合法運輸發票上的運費金額乘7%計算增值稅進項稅，其他包裝物、輔料、動力等則按取得的增值稅專用發票抵扣聯上的稅額抵扣。沒有取得增值稅專用發票的不得抵扣。
應納增值稅則按銷項稅減進項稅的差額納稅，即：
應納增值稅=銷項稅 — 進項稅
第三類茶葉初制企業是擁有茶園，但自產茶葉不能滿足生產需要，既生產部分自產毛茶，又對外收購部分茶青加工毛茶的初製茶葉加工廠。這類初制加工廠生產經營涉及到兩種情況，一是生產部分自產毛茶，二是生產部分外購毛茶。前者是免稅業務，後者是應稅業務，按照增值稅條例上規定“兼營不同稅率的貨物或應稅勞務，應當分別覈算不同稅率貨物或者應稅勞務的銷售額。未分別覈算銷售額的，從高適用稅率”。所以，這類初制企業首要的`是對自產和外購生產的毛茶銷售額分別覈算，這樣自產毛茶納稅才能按按前面第一類初制加企業所述“農業生產者銷售的自產初級農產品免徵增值稅”情況處理，外購茶青生產的毛茶則按前面第二類初制企業所述情況繳納增值稅。如果說不將自產和外購分別覈算，按稅法規定自產免稅部分也會視同外購從高適用稅率納稅。
在初製茶葉加工企業中有些由於規模小、甚至是個體企業，會計覈算不健全，或沒有設定會計賬簿，進行會計覈算。這種情況下，稅務部門往往會按稅法規定，對個體經營或會計覈算不全企業採用覈定徵收辦法，徵收增值稅。
二、茶葉生產農場或林場
農、林場茶葉種植、生產規模往往比較大，生產經營上大部分是初制、精製一條龍生產，即初制生產毛茶後又用毛茶生產精製茶，當然也有少部分農、林場只從事初制加工生產毛茶。由於農、林場的茶園是投資種植，如果只從事茶葉初制加工的農、林場，則生產的毛茶屬於自產農產品，如前所述，無論是一般納稅人，還是小規模納稅人均不需要繳納增值稅。但從事一條龍茶葉生產的農、林場，其生產的精製茶屬於產品，應當繳納增值稅，茶葉工業產品增值稅率爲17%，該類企業如果是小規模納稅人，其應納增值稅直接用不含稅銷售額乘6%的徵收率，即：
應納增值稅=銷售額 × 徵收率
如果是一般納稅人，其銷售精製茶的銷項稅應按工業產品17%的稅率乘不含稅銷售額。其進項稅計算只計算當期加工產品耗用的動力、燃料和包裝的進項稅額，而原料進項稅、即生產精製茶耗用的毛茶進項稅計算有所區別，因爲耗用的毛茶是自產農產品，不是外購農產品，用自產毛茶直接加工精製茶，耗用的原料毛茶不能抵扣進項稅，故耗用原料的進項稅不予計算，如果是外購原料毛茶加工精製茶則應計算進項稅，但在覈算注意與自產毛茶加工精製茶分別覈算。進項稅計算出來後，如前所述第二類初制加工企業一般納稅人相同，應納增值稅則按銷項稅減進項稅的差額納稅。