國庫事後監督對於促進會計覈算規範化， 防範國庫資金風險，發揮着重要作用。支庫實行同級外部監督的新機制， 保證了事後監督的獨立性、權威性、專業性，有利於完善監督制約機制。但隨着國庫業務的不斷髮展，國庫資金風險點明顯增多.風險程度相應加大， 因缺失現場監督環節、監督手段落後等原因， 對某些會計覈算業務風險點難以開展有效監督。
一、支庫會計覈算業務存在的監督難點
監督手段落後.監督國庫覈算系統執行環節效率低下 當前支庫事後監督覈查手段落後，難以適應新形勢下國庫事後監督工作的需要。事後監督人員只能依賴於手工計算、翻閱、勾對，監督的範圍也僅侷限於憑證要素等內容，工作量大， 工作效率低，難以達到預期效果。目前國庫會計覈算系統監督難點主要有兩個方面。一是《中國人民銀行國庫會計事後監督辦法》要求對國庫會計覈算系統執行參數和賬務參數的設定和變更、操作人員的權限設定等內容進行監督。但因尚未執行事後監督系統，無法移植覈算系統的參數和數據，難以對系統偏好設定變更情況進行監督 二是《濟南分行事後監督操作規程(試行)》要求事後監督人員監督國庫部門是否完整、及時、準確地收納、劃分、報解預算收入。但在手工監督的條件下，面對數百張繳款書.難以計算各級次預算收入情況，無法審查預算級次的劃分是否正確。缺乏對國庫會計覈算系統業務處理環節的有效監督。
票據交換業務處理環節存在較大風險隱患。票據交換是國庫資金的重要進出13，也是主要的資金風險點。票據交換業務的監督難點主要有兩個方面。一是《中國人民銀行國庫會計事後監督辦法》要求監督票據交換提出的金額、收款人、收款賬號與撥款退庫等原始憑證的相關要素是否相符。但在實際操作過程中， 現行的同城清算系統的提出彙總表中無收款人名稱欄， 而且國庫部門提出的貸方票據均未錄入收款人賬號，無法與撥款憑證進行覈對。提出彙總表未錄入賬號和戶名，風險極大， 如撥款憑證人民銀行留存聯與提出聯收款單位不一致，極易發生資金風險。
二是國庫部門處理退票時， 由於沒有建立退票通報機制，退票款項的到賬時間和退票帳戶的準確性， 國庫部門難以跟蹤到位，極易造成基層徵收機關或納稅人以爲稅款已入庫. 國庫部門以爲款項退回到賬，產生盜用稅款風險。
經收處延壓稅款現象隱蔽性較強。根據《國家金庫條例實施細則》和《商業銀行、信用社代理國庫業務管理辦法》有關規定. 國庫經收處不得以任何借VI延解積壓預算收入，經收處收納的'預算收入應當天最遲次日辦理報解入庫手續。但日常監督中發現經收處延壓稅款現象仍然存在， 而且形式多樣， 隱蔽性較強。如透過在不同聯次繳款 書上加蓋不同日期的業務印章、不及時透過稅庫銀聯網系統傳輸稅票資訊清單等形式延壓稅款.事後監督人員僅依靠繳款書或稅票資訊清單等資料難以發現。稅款在途時間過長，環節過多，容易產生資金風險。
預算收入退庫資金流向難以監督。 《國庫會計管理規定》規定：退庫必須按照國家規定退給原繳款單位或個人， 任何部門、單位或個人不得截留、挪用退庫款項。
《中國人民銀行國庫會計事後監督辦法》要求監督有無將退庫款項退給非退庫申請單位或個人現象。實際操作中國庫部門將款項提出後.對所退庫款是否到位，是否退給申請單位難以跟蹤到位.事後監督部門也難以監督。目前個別稅務機關強制申請單位將退庫款項劃轉到某金融機構開立非基本帳戶存放，退庫申請單位不能自主支配使用，存在一定的資金風險.預算撥款憑證使用不規範應予重視。與銀行會計制度要求相比，財政部門對空白憑證的管理較爲鬆散，預算撥款憑證管理存在一定的風險。從已發生的盜用國庫資金的案件來看，許多是利用預算撥款憑證做案的。財政部門對預算撥款憑證僅作一般憑證管理，不按憑證編號順序，手製撥款憑證和機制撥款憑證混合使用， 五聯的撥款憑證.僅在第二聯付出憑證加蓋預留印鑑，容易產生重撥或更換憑證的風險。
二、規範國庫會計覈算。加強監督檢查的建議.改進監督手段，儘快推廣執行國庫事後監督系統。
透過把國庫會計覈算系統的一些重要參數複製到國庫事後監督系統，對部分重要國庫賬務數據進行再次覈算、校驗，提高監督的效率和質量。同時國庫事後監督系統應注意同支付系統、同城票據交換系統、稅庫銀聯網系統的數據相容，保證事後監督系統能對多種業務系統數據進行覈對。
完善同城清算系統， 建立退票通報制度。一是完善同城清算系統，在提出彙總表中增加收款人戶名欄，要求經辦人員在辦理撥款、退庫業務時嚴格覈對提出聯和留存聯內容是否相符，同時必須錄入收款人賬號和戶名， 以減少風險隱患。二是建立退票通報制度。國庫部門在出現退票時應與稅務部門聯繫，再由稅務部門通知基層徵收機關及納稅人對退票款項進行跟蹤落實，確保退票資金到位。
加強監督檢查，化解稅款在途風險。一是建立稅庫通報機制。稅務部門每天及時與國庫部門對賬。發現稅款未及時入庫.應告知國庫部門，及時查明原因。二是國庫部門應加大對國庫經收處監督檢查力度。不定期對經收處收納、劃分、報解預算收入業務進行現場檢查.發現違規行爲及時進行處罰，促使經收處認真履行國庫經收職責.不得以任何理由延解、佔壓預算收入。
把好退庫關，化解退庫風險。一是由於退庫的主要環節在稅務機關，稅務機關應把好退庫關，確保退庫操作規範。建議相關部門不定期對徵收機關的退庫業務進行專項檢查，防範退庫風險產生。二是國庫部門應加大對退庫資金在途環節的監督，嚴格執行銀行帳戶管理的有關規定.審覈退庫資料時應要求退庫申請單位提供基本帳戶資料.國庫部門將款項直接轉入基本帳戶. 由退庫申請單位自主支配。
建議財政部門加強預算撥款憑證管理。一是財政部門應將預算撥款憑證納入重要空白憑證管理。使用預算撥款憑證時除在第二聯加蓋預留印鑑印章外，還應在各聯加蓋撥款專用章.防範塗改或更換憑證的風險。二是財政部門應建立分級責任制度，對調撥資金及超過一定金額撥款實行由主管局長、局長、分管市長進行審覈並簽字確認。