一、電算化會計檔案的內容
１．機制會計檔案。包括從會計電算化系統打印輸出的會計憑證、會計賬簿、財務會計報告等紙介質檔案，也包括應當依法儲存的會計檔案移交、保管、銷燬清冊等其他類檔案。
２．機讀會計檔案。包括以機硬盤、軟盤等磁性介質或光盤等其他介質存儲的、只能以數據狀態儲存的會計數據，包括會計憑證、會計賬簿、會計報表（包括報表格式與計算公式）等數據和會計數據庫。
３．計算機系統檔案。包括計算機硬件系統型號、存儲空間和外部設備類型及其增減變化；計算機操作系統及操作系統型號；會計電算化軟件系統名稱、版本號，與之配套的安裝光盤、磁盤、用戶服務卡以及用戶手冊等全套文檔資料。
二、機制會計檔案生成的控制
１．機制會計憑證類生成的控制。會計電算化操作員向會計電算化系統輸入記賬憑證前，首先應認真審覈原始憑證的合法性、正確性；編制記賬憑證時做到科目使用正確，數字準確無誤。審覈記賬員（由複覈人員兼任）應在計算機屏幕上直接對系統內記賬憑證一張一張進行審覈，不能等到期末使用“成批審覈”功能集中審覈；同時，複覈機制記賬憑證並簽章。二者同步完成後，系統內審覈後的記賬憑證方可用來登記賬簿，而機制記賬憑證除由制單人員、複覈人員簽章外，還應由記賬人員及會計機構負責人或會計主管（兼任會計電算化主管）簽章，收付款記賬憑證還應由出納人員及領款人簽章，方可作爲有效的會計檔案保管。
機制記賬憑證的編號應由計算機自動順序產生，必須連續。編號間斷時，應在斷號後第一張憑證上說明斷號原因，並由有關人員簽章。現金、銀行存款、轉賬憑證的分冊科目彙總表每本憑證打印一張，連同該本記賬憑證及其所附原始憑證一起裝訂保管。
２．機制會計賬簿類生成的控制。現金日記賬每天在計算機內登賬並打印輸出後，由出納人員覈對現金庫存，覈對無誤後由出納人員、記賬人員、複覈人員、會計機構負責人或會計主管在賬簿上籤章，按月連續編頁碼並裝訂成冊，以防賬頁的散失或被抽換。年終再將各月現金日記賬按順序裝訂成冊，加蓋封印，妥善保管。同樣，銀行存款日記賬也應每天登賬並打印輸出，絕不能等到期末集中登賬和打印，其審覈簽章、裝訂、保管與現金日記賬相同。此外，出納人員每月月末編制銀行存款餘額調節表，由出納人員及會計機構負責人或會計主管簽章後，與銀行對賬單一起保管。
總賬、其他明細賬定期打印輸出，連續編號，經審覈後裝訂成冊，同樣應由記賬人員、打印人員、裝訂人員、會計機構負責人或會計主管在賬冊封面上籤章並加蓋封印。一般可根據企業實際情況和工作需要按月或按季、按年打印，但最遲至次年１月末應全部完成此項工作。當然，也要根據稅務、審計等管理部門要求，及時打印輸出有關賬簿。
３．機制財務會計報告類生成的控制。企業的會計報表和部分財務結果由會計電算化系統產生，但要求向有關各方提供的財務會計報告應符合《企業財務會計報告條例》的規定。企業在有必要向有關各方同時提供書面形式以及電子數據的財務會計報告時，兩者數據應當完全一致。此外，由會計電算化系統打印輸出的會計資料發生缺損時，應補充打印，並同樣要有關會計人員簽章。
三、機讀會計檔案生成的控制
機讀會計檔案只能以電子數據狀態儲存，而透過會計數據備份的方式生成。根據有關規定，會計檔案的載體以紙介質爲主，以磁、光電等其他介質爲輔，但方向是以方便、可靠而經濟的磁性或光電等介質取代紙介質。《會計電算化工作規範》已經允許在徵得同級財政部門同意後，企業採用磁性介質等存儲會計數據，不再定期打印輸出會計賬簿（總賬、現金日記賬和銀行存款日記賬除外）。而《會計檔案管理辦法》第１２條也規定，“具備採用磁帶、磁盤、光盤、微縮膠片等磁性介質儲存會計檔案條件的，由國務院業務主管部門統一規定，並報財政部、國家檔案局備案”。