選擇和使用效益審計標準需要審計人員作出合理判斷。標準的缺失與多重性是影響審計人員進行審計判斷的原因。由於效益審計的個案性，審計標準必須在審計實踐中逐個解決，對於成熟的效益審計實踐，要及時加以 總結 ，建立案例庫或模型庫，以便爲以後或其他單位進行類似的審計工作提供範本。
一、效益審計標準是當前開展效益審計實踐的關鍵
效益審計標準是評價審計對象效益狀況的判斷尺度，審計標準是與審計判斷直接相關的。所有的判斷都是建立在標準之上的。對於效益審計也不例外，審計要做出判斷，就必須有一個參照物，這就是審計標準。
在效益審計的各個環節都需要運用標準：一是收集證據；二是總體效益狀況評價；三是分析問題，包括管理等工作行爲、制度合理性等等；四是尋找原因；五是提出建議等方面。這些都需要建立審計標準幫助審計人員作出審計判斷。因此說效益審計標準貫穿於審計的各個環節中，也是當前開展效益審計實踐的關鍵。
在審計實施過程中，根據審計項目的實際情況，需要對審計評價標準進行必要的拓展和修正。如果項目沒有合適的標準，就不能實施效益審計。因此，制定合理的、切合實際的審計評價標準，能夠統一審計組內部和審計機關管理部門之間的思想認識，有利於審計執行的組織和協調，爲與被審計單位管理部門進行交流、蒐集審計數據奠定基礎，爲建立審計證據蒐集程序提供依據。
效益審計質量的好壞、對社會影響的大小以及受被審計單位及相關單位的重視程度等無不取決於審計的目標、方法、評價指標或衡量標準是否得到社會的公認。效益審計中有一個通行的原則就是效益審計應當克服和消除由於不同的審計人員而得出不同的審計結論的問題，達到這一效果的唯一途徑就是每一項效益審計都應首先確立一個明確的目標體系；其次確立得到包括被審計單位在內的社會公認和普遍尊重的指標和標準以及爲取得證據而設計的 科學 合理的審計方法。
二、數字化環境下效益標準量化與模糊化的矛盾及對策
在數字化環境下，效益標準量化是一種要求。在審計過程中，取得證據是開展審計的基礎工作，在 計算 機審計中，被審計單位的業務或行爲是以數據的方式體現在各種數據載體中，取得證據實際上是根據特定的需要對數據的採集、彙總和提煉，取得證據和進行評價就需要審計的標準同樣是與審計證據相對應的量化的形式。
普遍存在的審計標準被模糊化現象也是客觀存在的，即：政策、規劃、政府組織從本質上講就是某種精神、意圖與資源的複雜集合體，是個多面體，不可能被簡化爲一個公式或一組可計量的標準。這是其固有的複雜性，無法簡單地對待它們。效益審計因此可能走向兩個極端：其一，效益審計就是簡單地描述現狀，反映既定和公認標準是否得到滿足，強調與通常由政府制定的一般標準的符合程度，這容易使效益審計沒有了自身的特點；其二，與前一種情況相反，審計人員追求技術更成熟、因果性更強的分析和更有實驗基礎的效益審計。
對於審計人員來講，標準是越清楚越量化越好，越清楚越容易形成結論，但是對於被審計單位來講，標準就是目標，目標過於清楚了反而要受制於它們，尤其是在業績較差的時候。因此，有時他們並不想非常清楚，這就形成了矛盾。
針對以上情況，筆者建議，在系統論思想的指導下，將效益審計標準作爲一個嚴格完善的系統來研究和運用，應將審計標準按重要性和滿足審計目標需要的程度以及審計標準細化的程度進行層次劃分，在審計標準系統中層次性高的標準偏重於模糊性分析，層次性低的`標準偏重於符合性判斷。
爲了解決審計人員與被審計單位之間的矛盾，在審計標準的選擇上要考慮組織和文化因素，而不應簡單地套用既定的效率或效果的簡單模式。對於什麼是良好管理，要進行更廣泛的測試。對被審計單位的審計如果建立在他們自己的規則或制度上，這種審計標準就不容易被他們否定和反對。不必要按照同一個水平使用分析技術，如純粹的 經濟 性或效率性，也不要故意使規劃和政策效果研究的概念和計算過於複雜化。
另外，審計人員的知識及技術水平也影響審計模式的選擇。如果審計人員的知識及技術水平不高，他們更傾向於採用“檢查”而非“分析”模式。
三、效益審計標準的缺乏與多重性是當前存在的主要問題
對於效益審計標準，審計人員認爲這是最頭疼的事情，非常神祕，無法把握。因此，有的人認爲，當前開展效益審計缺乏必要的效益評價標準，只有等待建立完善的標準體系以後才能進行效益審計；有的人就乾脆稀裏糊塗地羅列了一大堆不着邊際、互不相干、莫名其妙的指標“體系”，有 企業 的、有事業單位的、有政府的、有微觀的、有宏觀的、有經濟的、有環境的、有社會的等等。好象不窮盡所知道的所有指標，就對不起效益審計一樣。即使不羅列指標“體系”，也要在腦子中形成一大堆應該可以稱爲經濟節約、效率高以及效果好的理想標準，並且經常感到遺憾，世界各國目前還沒有制定出一種適用於所有情況的一般公認的標準。這就是當前審計人員中普遍認爲效益審計標準的兩種觀點，即效益標準的缺失與多重性，也是效益審計標準在審計實踐中呈現出的兩種特性。
是什麼原因造成的這種現象？與簡潔明確的財務審計標準，即財務 會計 準則和制度相比，效益審計標準確實是讓人摸不着頭腦。究其原因，實際上是由於搞審計的人大多是財務人員出身，對財務會計非常熟悉所致。這就像讓一個工程概預算的編制人員去審計其他單位的概預算，他就不會陌生，駕輕就熟，而對於純粹財務會計出身的人來講，就感到非常神祕、無從下手了。
其實，效益審計標準的選擇是再簡單不過的了。效益審計是圍繞審計目標進行的，在審計標準的選擇上同樣可以根據審計目標的要求來確定。當前我國效益審計實踐尚不深入，筆者暫將效益審計標準分爲以下五個方面：一是效果性標準；二是經濟性標準；三是效率性標準；四是良好行爲標準；五是良好制度標準。
例如，建設污水處理廠的目標是改善水環境（目標），水環境是否得到改善就成爲評估污水處理廠的首要標準（標準）。於是，那些反映水環境，如河流、湖泊的指標值及其變化就 自然 成爲效益審計的標準（註解）。目標是有層次的，如果水環境的指標難以取得，或者影響因素很多，如河流污染不只是與污水處理廠有關，那麼退而求其次，驗證污水處理廠的污水處理效果，比如PH、SS、BOD5、CODCr、TP、NH3-N、TN等水質指標（轉化）。污水自然離不開對處理成本、設備使用率、勞動生產率以及經濟效益等相關指標的處理，於是形成了一套完整的效益審計標準體系。
效益審計標準是個分層次的系統，受審計對象目標決定的審計標準是其核心部分。如果簡單地用“三E”表示的話，可以分爲效果性標準、效率性標準和經濟性標準。有關“效果”的標準又是核心的核心，因爲它是與效益審計的總目標直接相關的。經濟性、效率性是效果目標的約束性目標，不能爲了效率而效率、爲了經濟而經濟。因此，有關經濟性、效率性的審計標準是效果標準的輔助標準。當然，這僅僅是個原則而已，不是任何時期都這樣的，審計要與當時的環境相適應，當鋪張浪費成爲社會通病時，經濟性必然處於審計標準的核心地位。
爲了分析存在的問題、找出原因、提出建議，要對審計對象的行爲和制度的優劣性進行分析和判斷。因此，還有各種各樣的關於行爲優劣和制度好壞的審計判斷標準。
四、在實踐中完善效益審計標準是一條可行之路
我國公共部門數量衆多、類型複雜、工作性質各不相同，加之長期忽視管理工作，沒有建立起完整、嚴密、有效的評價、考覈體系，這給開展公共部門效益審計帶來了困難。因此，需要根據不同的被審計單位、不同的審計目標，對效益審計評價體系進行開發，逐步建立起一套完整的、有效的審計評價指標和指標體系。
開展效益審計主要是圍繞着審計對象的目標進行的，針對不同的審計對象，審計關注點不同。如對於國家行政管理的審計主要是關注財務制度、合同和保證各項支出 經濟 性的制度規定以及行政管理職能的實現情況。對於公共服務組織的審計則關注經濟性和效率性。對於公共服務的職能的審計主要關注政策執行的效果。在某個具體的效益審計項目中，審計人員在審計的各個階段需要做好以下幾個方面的工作：一是確定審計目標，將審計目標分解；二是在審前調查中，總體把握被審計單位的情況，瞭解業務流程，瞭解其所屬的相關行業的情況；三是請外部專家參與，明確審計中應重點把握的環節以及需要專家經驗的判斷；四是利用 計算 機審計，建立效益審計案例管理系統，在管理系統中，將審計判斷中用到的評價標準進行重點開發和管理。
不同的審計對象有不同的目標，代表不同的含義。效益審計標準實際上是對審計對象目標的註解、轉化和展開，使之變成可以進行取證與計量的各項質量數量指標體系。該指標體系必須與審計對象目標聯繫較爲緊密，能夠很好地說明目標的實現情況。
選擇和確定效益審計評價標準，必須從被審計單位的實際出發，圍繞審計目標，緊扣審計主題，力求做到全面、客觀、 科學 、適用。既要考慮某部門某行業的一般考覈要求，又要考慮被審計單位的特殊方面；既要考慮審計期間通用的考覈標準及水平，又要考慮被審計單位專門的具體標準和規定；既要考慮理論的必要性，又要考慮實際的可行性。
由於效益審計的個案性，審計標準必須在審計實踐中逐個解決，對於成熟的效益審計實踐，要及時加以 總結 ，建立案例庫或模型庫，以便爲以後或其他單位進行類似的審計工作提供範本。
審計機關應在目前普遍開展的專項審計、經濟責任審計和審計調查的基礎之上着手建立、積累行業性和專項性的審計標準，將重大審計項目的方案、計劃和審計案例予以歸檔和建檔，逐漸將一些常規審計項目的方法和標準予以基本規範，形成較爲成熟的審計方法庫和標準庫。定期以行業審計方法指南的形式發佈，供廣大審計人員借鑑和採用。