中藥學院前身爲南京藥學院生藥系，80年代初改名爲中藥系，1985年經國家教委批准，獨立籌建南京中藥學院，1986年根據國家教委決定，與南京藥學院合併，成立中國藥科大學，改稱中國藥科大學中藥學院。1998年12月，中藥研究所併入中藥學院。
中藥學院現設有7個教研室、3個研究室和3個本科教學實驗中心，並附設中藥標本館與藥用植物園。現有學生2300餘名，其中本科生1700名，碩士生、博士生600餘名。本科生的培養設中藥學和中藥資源與開發專業，其中中藥學專業爲國家特色專業建設點、江蘇省品牌專業；中藥資源與開發專業爲江蘇省品牌專業建設點。在中藥學專業內分設中藥分析、中藥製藥、中藥生物技術三個專業方向。中藥學院設有國務院學位委員會批准的中藥學一級學科博士點，生藥學二級學科博士點，中西醫結合基礎（藥學）二級學科博士點，學校自主設立的天然藥物化學二級學科博士點。其中，中藥學學科爲國家一級重點學科培育建設點，生藥學學科是國家級重點學科，天然藥物化學學科是藥物化學國家級重點學科的重要組成部分。我院設有中藥學博士後流動站，並是我校藥學博士後流動站的重要組成部分，各學科方向均可招收博士後研究人員。
學院現有教職工110餘名，包括教授18名，副教授36名，講師47名，其中長江學者特聘教授2名，博士生導師13名。已故的著名中醫藥學家、中國科學院學部委員葉桔泉教授在學院執教終身；已故的徐國鈞院士是我國生藥學學科的開拓者之一，他創立的中藥粉末鑑定學具有國際先進水平。
學院承擔了多項國家重點科技攻關項目、國家“863”重大專項和國家自然科學基金重點項目、“重大新藥創制”國家重大科技專項及省部級重點科研項目，獲得了包括國家科技進步一等獎在內的多項國家和省部級獎勵，研究開發出以關附甲素一類新藥爲代表的一批創新藥物。
